魏忠贤被崇祯击垮后，阮大铖当然明白魏忠贤集团肯定是完了，可他对本朝“党争”之来龙去脉甚为清楚，崇祯是否会因此对“党争”各集团一并打击，却一时间吃不准。于是他写了两封疏，其中一份独攻魏忠贤集团，一封则叫《合计七年通内神奸疏》，写泰昌元年到天启七年间的整个党争过程，并攻东林党和魏忠贤集团的党争，他将两书送到北京友人杨维垣处，要杨维垣看大势所趋而递交其中合适的一封。谁知有所谓交友不慎，杨维垣恰好指东林与魏忠贤集团同为邪党，正与编修倪元璐互攻，一见此疏自然喜出望外，于是选了能帮自己忙的《合计七年通内神奸疏》呈上。
结果自然是满朝舆论大哗。
这其中的关键问题在于，当时朝中之东林几为魏氏一扫而空，新君崇祯继位后扑杀魏党，东林诸公均寄希望于籍崇祯之力东山再起，在这个关键时刻，阮大铖却指控东林集团和魏忠贤集团均是通内乱国的党争派系，若阮氏此疏得用，则非但大批在野东林人士仕途复起之望就此断绝，就是在朝孑遗者亦处于随时获罪的境地，而东林党孜孜以求重掌大局之心就更别提了，势必全盘覆灭。是故东林诸君其时对杨维垣、阮大铖之切齿，犹过于阉党，就此种下了东林党对其念念不忘，十数年来一直对其进行狠狠打击的根源。
于是朝野之东林同仇敌忾群起而攻之，最后在魏大中之子魏学濂的指控下，虽然查无实据，但刚起用为光禄卿的阮大铖，依然被以“阴行赞导”的罪名被定入“逆案”，论赎徒为民，终崇祯一朝十七年，均废斥在野。
这就是阮大铖名列逆案的大致过程。其实撇开人品不论，阮大铖之名列“逆案”，实在是很有些冤枉的。
阮大铖被硬拽进“逆案”后获罪在家闲住，郁郁不得志，于是整天以诗文会友。他本就极具才气，获罪的理由确实又很牵强，原又是东林一脉，所以游宴倡和的诗友中倒有相当部分是东林名士，还有不少明末的遗老、死节之臣或抗清英雄，如范景文、史可法、文震亨、钱秉镫（澄之）、王思任、茅元仪、张岱等。
其中明末史学、散文大家张岱在携三位友人去拜访他时，就曾对他的际遇有“圆海被谤山居”之叹（19），以为其名挂“逆案”实属被“谤”；而陈子龙的弟子、抗清义士夏完淳则说得更为直接，干脆称之为“奇祸”、“枉案”：
阮圆海之意，十七年闲居草野，只欲一官，其自署门曰：无子一身轻，有官万事足。当事或以贵抚或豫抚任之，其愿大足矣，圆海原有小人之才，且阿珰亦无实指，持论太苛，酿成奇祸，不可谓非君子之过，阮之阿珰，原为枉案。十七年田野，斤斤以[十]七年合算一疏（指阮大铖获罪之《合计七年通内神奸疏》），为杨左之通王安呈秀之通忠贤，同为通内，遂犯君子之忌，若目以为阿珰，乌能免其反云乎（20）。
后来大顺军逼安徽等地，阮大铖转入南京，金陵本是脂粉之地，才子佳人云集于此，而阮大铖的诗文才华，堪称冠绝当时，是以与南方士人交接来往，过得也还算不错。
关于阮大铖的诗文才华水准，古人之论暂且不提，只从近代大家的评述看，也足可见确实不可小觑。陈寅恪之父、近代著名诗人陈三立（散原）曾于阮大铖《咏怀堂诗集》书衣之上手书评曰：“芳洁深微，妙绪纷披，具体储、韦，追踪陶、谢。不以人废言，吾当标为五百年作者。”而章太炎则说：“大铖五言古诗，以王、孟意趣而谢客之精炼，律诗微不逮，七言又次之。然榷论明代诗人，如大铖者鲜矣。（21）”大有云其五古水准，明清两代无人能过之意。
以此二人之造诣，曰可以标为五百年来一作者，曰明代诗人如大铖者鲜矣，斯言几可盖棺定论。
然而其人除诗文之外，尚善音律词曲，目前知道他所作的戏曲有《春灯谜》、《燕子笺》、《双金榜》、《牟尼合》、《忠孝环》、《桃花笑》、《井中盟》、《狮子赚》、《赐恩环》、《老门生》等十余种，前四种至今尚存，合称《石巢传奇四种》。
张岱是当时的戏曲鉴赏大家，虽然对阮大铖其人颇有看法，但在看过阮大铖戏班的演出后，于《陶庵梦忆》中盛赞其“簇簇能新，不落窠臼者也”，曰：“阮圆海家优，讲关目，讲情理，讲筋节，与他班孟浪不同。然其所打院本，又皆主人自制，笔笔勾勒，苦心尽出，与他班卤莽者又不同。故所搬演，本本出色，脚脚出色，出出出色，句句出色，字字出色”，说到后来竟然一口气连用了五个“出色”，可见其确实出色，绝非是出于情面的客套之语。
阮大铖才思兼具，写作速度极快，更能自编自唱，他流传下来的这几部戏中，《牟尼合》三十六出，十六日完成；《春灯谜》三十九出一个月作成；《双金榜》四十六出，写了二十天。明末工于诗、书、画的著名文人曹履吉，于《牟尼合》序中云阮大铖创作时“自唱自板，抵十五六日，迄用有成。语语由衷，半字不寄篱下。总若天风自来，悉成妙响。……唯是妙处，令人设身易地，痛痒自知。虽剥尽四库灵文，不知何处下手？纤毫无用，于此独见天心。正是百子专门，海内始知大龙独步。视之黄钟音首，到此别开洞天，而乐府之精微乃尽”。
《长物志》作者，东林大儒文震孟之弟、苏州驱逐东厂缇骑“五君子”事件的领头人文震亨，记其戏曲于当时的流行状况则道：
石巢先生《春灯谜》初出，吴中梨园部及少年场流传演唱，与东嘉、中朗、汉卿、白、马并行，识者推重，谓不得为串插巧凑，离合分明，而谱调谐叶，实得词家正宗嫡派，非拾膏借馥于玉茗《四梦》者比也。今岁避暑姑熟，十六日而复成《牟尼合》一传，绰影布稿，镂空成叶，首尾关合，肢节生动。南中一时歌茵舞席，卜夜达曙，是非不欢。……（阮大铖）一洗此习，独开生面，觉余心口耳目间，靡所不惬。触声则和，语态则艳鼓颊则诙，捃藻则华，（此处笔者手中书上有一字空白，疑为排印脱漏）义则侠，结想则幻，入律则严，其中有灵，非其才莫能为之也。
阮大铖《春灯谜》又叫《十错认春灯谜记》，颇为著名，其中父子、兄弟、夫妇、朋友等等竟然无一不错认，堪称奇人奇文奇事。他在此本自序中谓己“差胜”汤显祖者有二，其一便是指汤显祖不识音律，故其词曲虽文采斐然，唱起来却比较拗口，而自己精于音律，“凡棘喉齿之音，早于填时推敲小当，故易歌演也”，是以此点要强过汤显祖。文震亨在盛赞阮大铖之余，也评论说有的词家“徒骋才情，未谙声律，说情说梦，传鬼传神，……几案尽具奇观，而一落喉吻间，按拍寻腔，了无是处”（22），虽然没有直接点出汤显祖的名字，但其中“说情说梦，传鬼传神”两句，一看便知是在说汤显祖的“玉茗堂四梦”之《牡丹亭》、《邯郸记》、《南柯记》、《紫钗记》。观当时人之风评，无论是政敌还是朋友，亦大多都肯定阮大铖在戏曲上的成就不输于汤显祖或过于汤显祖，因此阮大铖自序中的话虽颇有自矜之意，但却是不争的事实。
就这些当时名人名家的记叙看，阮大铖戏曲于金陵传播的盛况，确实颇有洛阳纸贵、一时无双之势。是以明末天启后昆曲的盛行，实不可抹杀其中有阮大铖的一份功劳。
不过这一来阮大铖不免风头太过，所谓木秀于林则风必摧之，于是阮大铖再次引起了东林一脉的攻杀。
抗清义士王思任曾说阮大铖“时命偶谬，丁遇人疴，触忌招諐，渭泾倒置”。他还真是一点没说错，阮大铖确实“时命偶谬，触忌招諐”，就是归于田舍“于桃花扇影之下，顾曲辩挝”也能得罪人（23），可说背运到家了，真怀疑他是不是入了墓库运。
他这回招惹上的是赫赫有名的“明末四公子”中人——陈贞慧、侯方域等一大群混迹秦淮河上的风流公子哥儿，还有东林党创始人顾宪成的孙子顾杲、大儒黄宗羲、礼部员外郎周镳等朝野清流名人。
于是就有了当时南方文人中轰动一时的“留都防乱”一案。（未完待续）