义军连日的英勇战斗激励着全台的人民。在鬼子的全力围攻下，暂时归于沉寂的只是一时一地，但台中地区抗日烽火仍在继续燃烧，战斗此伏而彼起。
而且台中抗日军民没有退缩，还一度采取攻势，盯着新竹组织反击，与日军进行了持续争夺。
新竹是台北联系台中地区的重地，也极具象征意义。新竹在，台中尚稳，新竹一失，对台中抗日军民的心理也是一大冲击。保持新竹，就成为保持与台北的维系、更兼保卫台中地区的主动选择。
台湾民主国任命的台湾知府黎景嵩，先前曾派副将杨载云率一营自台中北上支援，未及救援新竹已陷，部队便驻扎在新竹以南。
台北失陷，但义军却风起云涌，不断袭击敌人，有力迟滞了日军进攻，也让黎知府感到恢复新竹有望，便抓紧时间召集所属台湾、彰化、云林、苗栗四县官绅会议，筹款守御，并开设筹防局招募义勇。
很快，台湾县知县史道济募勇五百人，署苗栗县知县李烇募勇千人，署云林县知县罗汝泽募勇一千五百人，“营制、营规一依湘、楚旧章，约略变通之”，按湘楚军的营制，编成数营，杨载云也添募陈澄波一营，黎知府又把栋军傅德升（曾参加保卫新竹战斗）、郑以金二营也划给杨载云指挥。
这样，在部分老湘楚军的基础上，竟然编成了一支颇有规模的军队，成军后，也借湘楚军名号扩大影响，就命名为“新楚军”，命副将杨载云担任统领。
杨载云（也有记为杨紫云或杨再云的），原籍湖北，从军来台，积功至副将。善于带兵，作战英勇，加以积极地编练新楚军，让这些新募之勇很快学会了基本的阵法战术，士气也很高，有了一些战斗力。
吴汤兴的新苗军也有扩大，已发展为六营，除卫中队营一营随身差遣外，其余徐骧一营扼扎北埔，邱国霖一营扼守尖笔山沿山一带，张兆麟一营分守三环水流东，陈超亮一营驻防深井，黄景岳一营仍守苗栗。
黎景嵩对待义军一视同仁，还下令将苗栗县库存不多的钱粮作义军粮饷，并发给军装。县库见底，就发布告示筹饷，命士绅富人借款暂济燃眉之急，承诺“一俟筹有巨款，即如数备还”，鼓励大家增强信心，支持抗战，“现已派新楚劲勇数营开往前敌，会同义军，共图恢复，力扫倭氛。”
经过努力，这一时期，新苗军与新楚军终于能够比较紧密地配合作战，史称：义军与清军联舟抗日的形势，再度在台湾府一带形成。
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当然，支持长期抗战，需要持续的财力物力保障。光粮饷一项，台湾府就很难有这个力量承担。何况，义军还缺少军械弹药。
从当时起就有一种观点，认为新竹日军一千余人，处于新苗军、新楚军和新竹以北各庄义军的包围之中。假如黎景嵩能够主动与台南联合，集中台湾、台南二府的抗日力量，请刘永福全面主持作战事宜，不仅收复新竹指日可期，而且战局必有转机。
其实，这是对形势的不正确估计。
即使能打下来，打下来怎么办？
日军决不是孤立的的一支，而是随时可以从台北增援。日军总数可是两万多人，从人数上都不在下风。何况，如果从军械装备数质量、兵员战斗素质上，皆不可同日而语。仅凭抗日军的血勇，是难以一战而定的。而且，那只会让鬼子高兴。
大支义军围困敌一个大队，却被优势之敌突破解围，反而遭受重大损失，说明了这一点。集中兵力决战不是以弱胜强的有效方法，“拖”才是要点，持久消耗敌人才是正确战略，在打法上，游击战才是真正发挥优势、克敌之短的有效战法。从后来我国的抗日游击战，到近年中东某些国抗击入侵的战例，都表明了这一条。
后又有人批评黎景嵩未能与台南黑旗军及时地联手，致使收复新竹之战功败垂成了。特别指黎心胸狭窄，担心刘永福占功，又夜郎自大，不愿求援台南。
其实，未能及时联合，绝对是个错误，但至于为何，恐怕还是战略指导的错误，还有过于自信（下节我们再讨论）。
客观说，联合起来尚不见得能一战成功（甚至仍然可以认为可能性很小），何况是将抗日力量逐步投入战斗呢？
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侵台日军只以为大批正规清军退走以后，台湾唾手可得。但仗往后越打竟然越艰苦。
日军也没有想到，义军不光是神出鬼没打游击、搞袭扰，他们还会集中起来打大仗，敢于向日军占据的城镇主动发起进攻。
在日军将主要力量投入到台北新竹间，攻击此地的抗日力量时，新竹日军确实取守势。此时，黎景嵩抓住时机，命令抗日联军各部克期收复新竹。
于是7月10日，北面几支义军即将与台北出动扫荡的日军打响时，南面抗日联军又对新竹发动了距上次时隔半月的第二次进攻。
但是，黎景嵩对形势的估计更加过于乐观，以为新竹指日可下。
而且，由于部队不注意保密，被汉奸获取并报告日军，造成机密失泄的重大失误。
一切只缘于抗日军军事素养还是不足，个别军官疏忽大意，违反了一般军事行动常理。
本来台湾已经是鱼龙混杂，新楚军营官陈澄波还提前通知沿途地方供应，“驻稍后，冀香山接待，先使告香山总理（查清代陈朝龙纂辑《新竹县采访册》等史籍，总理为掌管一村庄之职，相当于村长。香山在新竹西十里）。总理则告新竹人，转报日军。于是，师未行而期泄。”[洪弃父《台湾战纪》，见《中日战争》]
一个人的过错，可能毁了一场战斗。由于陈澄波的不慎，结果，让一名村长与县城的汉奸合伙给鬼子透风了。
能这么快组织起一个深入到村级的汉奸网，也可见鬼子还是专门做了不少工作。
新竹防守的近卫步兵第二联队长阪井重季得到这份重要情报，立即派出侦察队，加强戒备，严禁四门出入。然后四门内外加强部署，严阵以待，专等抗日联军来攻。
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10日，联军凌晨出发，分三路接近新竹城。按预定计划，各路分别自东、西、南三面攻击：傅德升攻东门，陈澄波攻西门，吴汤兴攻南门，杨载云继后策应；吴汤兴部将徐骧、赶来参战的姜绍祖则各从间道（抄小路、钻隙突进）先进，阻敌增援或迂回攻击。
有攻击、有策应，还有穿插部队，这个进攻部署，显示出义军在部署和协同上还是很符合章法的。
上午八时，抗日联军开始攻城。
陈澄波泄密坏事，带兵作战也一般。本来他这一路自虎头山一带向西门进攻，进至隙仔溪，首先尝到苦果——陈军所部突然遇敌埋伏，双方就在那里相持到傍午，陈澄波毫无进展，麾军退去。
杨载云作为后应，率新楚军从驻地经大埔前出，吴汤兴军则自鸡卵面山出动，合军进攻南门。
日军早有准备，等杨、吴军越过城南山头，大部分下到山腰时，日军炮兵猝然发射黑心的榴霞弹，这对正面山坡上的义军杀伤力极强。杨、吴军只有为数不多的火炮还击，根本压制不住敌人，始终无法靠近南门，只好退回，转而会合傅德升军从东南路进攻。
日军也已抢先占据了城东二里的十八尖山。吴汤兴率先出战，杨载云、傅德升军左右并进，冒着日军炮火奋勇争先，一举夺下十八尖山，据山用抬炮向城中射击。日军再用大炮轰击，趁义军至山后坡避炮，敌人冲上来，重新占领十八尖山。义军又沿山两侧冲出，击敌半腰，日军抵挡不住，再次退下山去。
山头反复易手，“新竹人从屋上观，错愕叹两军壮烈。……谓：‘来军有大炮，则克矣！’我军卒以无大炮，乏子弹，被驱下山。”[洪弃父《台湾战纪》，见《中日战争》]
由于武器上的劣势，无力固守相持并发展进攻，争夺止于十八尖山，这两路义军终未突过外围高地。
在杨、吴等军抢攻十八尖山的同时，徐骧率一百人绕至北路，将要攻城，便听见枪炮声交加，徐骧登高观察形势，望见杨、吴等军在城东激战，徐军转而迂回到城南，拊敌之背，以牵制日军兵力，保障城东的义军战斗。日军果然出城，想夹击城东，不想黄雀在后，正巧迎面遇上徐骧，只好展开迎战，无法再侧击杨、吴。徐军利用竹林树丛与敌周旋，灵活射击敌人，直至日暮，敌人退回城中，徐军才停止战斗。
另一支间道行进的姜绍祖军此战中更为英勇灵活。前边大湖口激战将敌人打回中坜后，6月0日，日军增兵南下，姜绍祖又在枋寮和敌人打了几仗，但终因力量悬殊而战败。败了回到北埔，继续增募义勇，补充兵力，称继字军，积极联络新楚军及各路义军，准备再战。这次便赶来参加了收复新竹战斗。
在杨、吴军与敌争夺时，姜军从侧翼越过十八尖山，英勇穿插到了新竹东门下。可是，姜军兵力有限，攻击城门时，“将夺城，城上兵吹号发枪，城下军骤至”，日军准备从三面对姜军实施包围。
姜军退至车站，队形被敌人冲断成为两段，有一百七十余人随姜绍祖退向枕头山竹林中，进入一无人居住的空宅。日军发现后，便“麾兵将其包围，以猛烈炮火射击”。姜军固守宅院，对靠近的日军猛射。最后，日军又纵火烧房，姜军“被烧死及枪杀者有五十余人，另有一百一十九人被俘”。[《日清战争实记》]当天，被俘义军将士关押在新竹县监狱，姜绍祖也在其中。
本来日军并未知情，夜里，又一名汉奸——新竹街市的总理（村长）马玉花向日军告密：“姜非寻常匪徒可比，必须将其捆绑，严加看管。”日本人急忙到狱中查找姜绍祖，但为时已晚，他已趁夜同其他七名义军战士“越狱而逃”。[《日清战争实记》]
逃出后，姜绍祖继续跟鬼子战斗。然而不久，在一次遭遇战中，姜绍祖冲锋时不幸中弹，将宝贵的生命献给了台湾这片神圣的国土。
国破身死，殊为痛惜。年仅1岁，青春年华，本应过着无忧无虑的生活，相比来讲这个年龄，尤其还是“富二代”来说，也就是还在上网打游戏耍酷的时候。
青年姜绍祖选择的是另一条道路，一条足以光照后人、永志史册的道路——“闻台北一破，慷慨散家财，募团勇，不顾成败利钝，与日军接战，身先士卒。虽曾被擒而脱虎口，然其志百折不回，再接再厉，竭力抵御，身中数枪阵亡。以翩翩贵胄妙龄，敢冲锋破阵，纵身化为猿鹤，故乡父老至今犹能道其轶事，啧啧称其能军云。”[《甲午战争史》引吴德功《让台记》]
有这样一群先烈，谁还敢说中国无人，谁还敢说大清人民无国家观念？
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义军第二次进攻新竹失利后，仍然坚持在新竹附近活动。
7月16日之后，日军完成了第一阶段对大嵙崁、中坜的扫荡作战，基本上控制了新竹的后路。义军损失惨重，更增加了新竹方面作战的困难。
但杨、吴等军一直在与新竹日军作战。
史书上记载，7月5日，又对新竹发动了第三次进攻。
而根据日军记录整理的最新资料显示，这期间，义军可不止是一次反攻，实际是连续不断地对新竹发动攻击，而且攻击力升级，最后发展成由大炮和步队协同攻击。阪井支队防守到日，不抵抗义军攻势，放弃新竹镇败退而去。[宗泽亚《清日战争》]
5日之战，则可能是攻守逆转，日军卷土重来，重新占据新竹的一战。
战斗从午夜开始，抗日联军虽然“炮击相当准确”，“在长达三千余公尺的战线上，枪声与炮声相合，战斗一度非常激烈。”但敌人的火力太猛，抗日联军虽奋力抗御，然处境不利，伤亡惨重，仅牺牲者即达一百三十余人，战至第二天上午8时多，抗日联军向南撤退。[《日清战争实记》]
这些表述，其实更符合敌攻我守的状态。
所以，关于抗日军能够收复新竹的判断，是有道理的。但牢牢据有，并进一步向台北推进，却是不现实的。
此时，日军已经增兵台湾，并组织兵力，开始了第二阶段的扫荡作战。
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目前的局势是，到7月中旬，日军已经基本上实现了第一期作战的目的。
但是，义军以有限的武器装备，拖住日军将近一月，这本身就创造了非常好的记录，远胜过此前清军打的一些防战。
日军虽然勉强占据了大嵙崁，但后方补给线薄弱、频频受到攻击的情况仍然无法解决，占领的地盘非常脆弱，桦山资纪痛感兵力不足，不得不向大本营请求向台湾增兵。
7月14日，大本营派遣第二师团伏见宫贞爱少将，率混成第四旅团登陆基隆，增援台湾日军。[宗泽亚《清日战争》]侵台日军一下子又增加了近1000人，力量更为增强。
近卫师团依仗增援强势，便决定实施第二期作战计划了。各支队于7月5至7日全部返回集合地，补充粮食和弹药，等解除了后顾之忧，9日，近卫师团便再次疯狂出动，兵分三路，再一轮扫荡台北至新竹间的抗日力量。
司令部率师团本队，包括第二联队第二大队长松原晙三郎少佐率领的松原支队自台北出发，沿铁路之兵站线南进。
步兵第四联队长内藤正明大佐率内藤支队自海山口出发，为右侧队，沿铁路线右侧前进。
1日，驻守在大嵙崁的步兵第二旅团长山根信成少将率山根支队为左侧队，经龙潭陂向新埔前进。
8月1日，近卫师团司令部和松原支队到大湖口。日，山根支队和内藤支队占领新埔。日，内藤支队将骑兵和炮兵留给停留于新埔的山根支队，余部与师团司令部和松原支队一起进入新竹。
日军此番南进，可不是仅为行军，沿途任务非常繁杂，是名副其实的扫荡。日军采取的是“烧光杀光”的政策，见房屋就烧，见不服或反抗的群众即杀。据日军自供：“我军所到之处，烧光家屋，逐杀敌兵，集结于新竹县。”[《日清战争实记》]
日本资料记录：近卫师团开拔南下进行扫荡抗日军，对于在台地逐渐扩大的战事上，当时的近卫师团长北白川宫能久亲王，曾经谈论过对于征讨这些抗日军的不二法门，是以公认的战争法则断然加以处置，但究竟怎么处置呢？就是彻底加以歼灭，以确保日军兵站线的安全。因此，在7月份针对大姑陷河（大汉溪）两岸的抗日军，除绵密搜索各聚落外，施行全面殄灭敌抗日军的败兵。[许佩贤译《攻台见闻——风俗画报．台湾征讨图绘》]
跟随师团司令部行动的松原支队“战功”累累，可以为例。有记录：在攻破大姑陷河右岸时，曾捕获名土勇，上前审讯后，拒不答实，将之枪决。不久后，在7月4日，又捕获1名土贼，讯问后加以斩杀。7月5日往板桥塘街转进搜索时，歼灭土贼80余名，伤者不详等。[许佩贤译《攻台见闻——风俗画报．台湾征讨图绘》]
类似如此的记录相当的多，难以全数罗列。
难怪日军的作战命令，对某一部队或某一地区不仅使用“攻击”、“攻占”，还经常出现“攻灭”这个用词。
为一举灭绝反抗行为，日军采取了血腥的手段，经过这一阶段的扫荡，台北、中坜、大嵙崁、溪河孟一带抗日军根据地遭到毁灭性打击。数千家屋被烧，大量平民百姓惨遭杀害，抗日军所剩不足千人。
日军在行军途中，也处处遭到义军的狙击，损兵折卒。特别是在日军重兵攻陷并破坏过的龙潭陂，义军与日军再次发生激战。
每一寸土地都不是让出的。抵抗，如同烧过的野草，遇雨又重新生发。
至日，剩余的抗日军被迫后撤至客仔山南方一带山地，构筑堡垒战壕，继续抵抗日军进攻。（未完待续）