据现在所知，最早进入帝河以南传道的全真道士是吉志通，他是汕西郃阳人。
“师乔潜道及潘清容，博学多闻。后居武当山，十年不火食。”
于中统甲子（1264）逝世，乔潜道是马钰弟子，吉志通即是马钰之再传，推其居武当山的时间，当在元宪宗时。
比吉志通稍晚，武当山又有鲁大宥和汪真常相继成为全真道士，此后全真弟子日众，武当山遂成为全真道的重要据点。
继武当山之后，全真道继续南传至苏、浙、闽、赣等地区，如居江署仪征的李道纯（或谓居凤阳盱眙），居哲江航州的徐弘道、丁野鹤、黄公望，居浙江黄岩委羽山的赵与庆，活动于江细、福剑一带的金志扬、桂心渊。
以及活动于江细、哲江、福剑一带的李珏至陈致虚一系等，他们大多是南宗道士而加入全真道者。
全真道的南传，使原来互相隔绝、但却同源于钟吕金丹派的南、北二宗（南宗与全真道）增加了接触的机会。由此经过接触，彼此认同，逐渐产生了合为一宗的要求，特别是组织松散、势力弱小的南宗更有会归全真道的愿望。
为了使二宗合为一宗，必须对二宗原来各自尊祀的祖师传系作必要的调整，使之合为一个双方都能接受的祖师系统，以便合宗后共同崇祀，这是二宗合并必不可少的工作。
在这过程中，陈致虚是积极的推动者，他根据二宗已有的成说，在《金丹大要》和《金丹大要列仙志》中，提出了如下的祖师系统。
这种安排，显然是抬高了北宗，降低了南宗，但在当时元室已封王玄甫、钟离权、吕岩、刘海蟾、王嚞等为“真君”、“帝君”的条件下，这是最好的安排，故终被双方所接受，完成了二宗的合并。
时间大约在元代中后期，全真道除合并南宗以外，元代中后期又合并了真大道、楼观道和部分净明道，成为唯一的一个丹鼎大派，与符箓大派正一道平行发展。
自元成宗即位，解除了对全真道的禁令以后，苗道一、孙德彧、兰道元、孙履道、完颜德明等相继掌教。
自苗道一起、每任掌教皆授封为真人、演教大宗师、知集贤院道教事。这是除玄教以外，其他道派掌教皆未获得过的褒封。
他们在此褒封宠遇下，都相继由清静恬淡之士变为道士官僚。他们所居之地，早已不是王嚞为之设计的远离尘嚣的茅庵，而是置诸京城的雕梁画栋的豪华宫室。
平时所为，除为皇室建斋祈福外，则是忙于与通显豪家相往还，陈垣先生称全真道上层的这种变化为“末流之贵盛。”
上层贵盛了，教务随之却退步了。前期人才济济的景象不存在了，渐显出人才凋零的景象，前期那股朝气不见了，渐显出衰老的暮气来。
全真衰落：入明以后，全真道步入衰落时期，这有它本身活力大半丧失的原因，也有明王朝所施政策的原因。
明太祖为《大明玄教立成斋醮仪》所作的御制序文中说：“禅与全真务以修身养性，独为自己而已；教与正一专以超脱，特为孝子慈亲之设，益人伦，厚风俗，其功大矣哉！”
表现出只支持正一，不支持全真的意向，后来的实际作法确是如此，朱元璋及其继任者召见的大多是正一天师及其门徒，道录司各级道官也大都以他们充任，全真道士被召见和受委任者极少，全真道首领并不住在白云观，出现群龙无首的局面。
在上述情况下，全真道分裂为诸多小派进行独自的活动，其正宗为“七真派。”
即宗邱处机的龙门派，宗刘处玄的随山派，宗潭处端的南无派，宗马钰的遇仙派，宗王处一的嵛山派，宗郝大通的华山派，宗孙不二的清静派。
其中以龙门派势力最大，记载也较多，其余六派所知甚少，至清初，龙门派经王常月之中兴，龙门派更盛于其他各派。
除此全真嫡系七派外，又有明初张三丰所传的支派，万历间陆西星所传内丹东派，清嘉、道间李西月所传内丹西派，盖皆属全真道之旁系。
以上派系再经繁衍，在明清时期，又分化出更多的小派，据《诸真宗派总簿》所载，即有八十六派，（含全真、正一两系），每派均有取名排辈用字。
派系分衍愈多，并不表明道教的强大，恰恰反映它的衰微。
全真教的创派祖师乃王重阳，王重阳（1112—1170年），始名中孚、字允卿，后改名嚞，字知明，号重阳。
少时醉心武学，后经吕洞宾传道度化，遂摈弃妻子儿女，学道成仙，创立了全真教，被尊为重阳帝君。
祖籍汕西咸阳大魏村，出生于庶族地主家庭，后迁终南县刘蒋村，幼好读书，后入府学，中进士，系京兆学籍。
金天眷元年(1138)，应武全真教略，中甲科，遂易名世雄。
年47，深感“天遣文武之进两无成焉”，愤然辞职，慨然入道，隐栖山林，金正隆四年(1159)，弃家外游，自称于甘河镇遇异人授以内炼真诀，悟道出家。
金大定元年(1161)，在南时村挖穴墓，取名“活死人墓”，又号“行菆”，自居其中，潜心修持2年。
三年，功成丹圆，迁居刘蒋村，七年，独自乞食，东出潼关，前往山东布教，建立全真道。
其善于随机施教，尤长于以诗词歌曲劝诱士人，以神奇诡异惊世骇俗，在山东宁海等地宣讲教法。
同时，先后收马钰、孙不二、谭处端、刘处玄、邱处机、郝大通、王处一为弟子，遂后建立全真教团，收弟子7人，后世帝国称全真教七真人，也称全真七子。
十年携弟子马钰、谭处端、刘处玄、邱处机4人返归关中，卒于开封途中，葬于终南山刘蒋村故庵(今汕西户县祖庵镇)。
王重阳主张儒、释、道三教平等，三教合一，提出“三教从来一祖风”的融合学说。