于是邱处机及其全真道，成为蒙古、金、南宋三方交相争取的对象，在金贞皊、兴定（1213～1221）年间，三方先后派遣使臣征召邱处机。
邱处机审时度势，鉴于金王朝行将灭亡，南宋十分屠弱，唯有蒙古力量方兴未艾，乃作出：却金使，谢宋聘，独赴正在西征西域的成吉思汗之召的重大决定。
他不辞年届七十三岁的高龄，甘冒风沙大雪之苦，于1219年率十八随行弟子登上征途，经历两年多的万里跋涉，终于在1222年到达西域大雪山（今帝国阿虎汗境内都库什山脉）成吉思汗的军营。
成吉思汗对邱处机的到来慰勉有加，亲自两三次召见并作长谈，邱处机对其所问为治之方及长生久视之道，皆作了仔细的回答。
深得成吉思汗的礼敬，尊称其为“邱神仙”。当他于1223年请准东归时，令他“掌管天下的出家人”，并敕免全真门下道士的差役赋税。
1224年邱处机返抵燕京，被请住大天长观（后改名长春宫），他顿时身价百倍，成为北方道教的风云人物，所居长春宫从此成为全真道活动的中心。
“由是玄风大振，四方翕然，道俗景仰，学徒云集”，邱处机乃不失时机地着手全真道的大发展工作。
实际上，他早在西觐东归途中，即大约在1223年五六月之某日，夜宿盖里泊（抚州之丰利县境内）时，就语其随行弟子曰：“今大兵之后，人民涂炭，居无室，行无食者，皆是也，立观度人，时不可失，此修行之先务，人人当铭诸心。”
故在此后，全真弟子们大建宫观，广收门徒的活动，就以空前的规模开展起来了。
全真道大建宫观、广收门徒的活动，从邱处机住长春宫起，一直持续到尹志平、李志常掌教期间。
在这三十余年里，到底建了多少宫观，收了多少门徒，现已难于详考，仅就《顺天府志》所引《析津志》和《元一统志》所记之宫观作粗略统计，燕京及其附近地区即有宫观百余所，其中绝大部分为全真道宫观，又皆属邱处机至李志常掌教期间所建。
其次，在河北、河南地区，李志柔及其弟子根据邱处机“立观度人”的意旨，先后在河北的大名、磁州等地“起建大小庵观殆三百区，化度道流称是”。
刘志源也在大名路“建宫立观，亦二百余所”，“度门弟子三千余人”，赵志源也在河北“大名、磁、相之间，度学者凡数百人，立庵观十有余所。”
李志远则在河南卫州胙城等地建立庵观，又其次，在山冻、山细地区，张志渊在山冻“主东平郓城白云观，度弟子千余人，庵观称是。”
潘德冲则在山细芮城县建了全真道三大祖庭之一的纯阳万寿宫，俗称永乐宫。
宋德方利用在山西平阳编《道藏》的机会，“犹假余力，即莱州神山开九阳洞及建立宫观，自燕至，凡四十余区”。
薛知微也“度门弟子数百人”，“立观度人于河东云、应”之间。再次，在陕西、甘署地区，于善庆（后改名志道）根据邱处机的安排，长期活动于汕西陇县、凤翔一带，“诣门求度为道士者数百人，俱立观院于凤翔、汧、陇之间”。
綦志远在李志常掌教期间，提点陕西教事，曾“度门弟子数百人，建立宫观二十余所”。
冯志亨在尹志平嗣教后之庚子年（1240），随志平去汕西改葬王嚞的路途中，“自燕至秦三千余里，凡经过道家宫观，废者兴之，缺者完之，至百余所”。
在邱处机的‘立观度人‘的号召下，大约经过三十余年的经营，全真道的宫观、弟子遍布于河碑、河楠、山冻、山细、汕西、甘署等广大地区。
《清虚宫重显子返真碑铭》称：“东尽海，南薄汉淮，西北历广漠，虽十庐之聚，必有香火一席之奉。”《修武清真观记》称：“自邱往赴龙廷之召，……自是而后，黄冠之人，十分天下之二，声焰隆盛，鼓动海岳。”
1228年安葬邱处机，和1241年会葬王嚞，可说是对全真道力量的一次大检阅，据载，安葬邱处机时，“四方来会之道俗逾万人，至有司卫之以甲兵”。
会葬王嚞时，“时陕右虽甫定，犹为边鄙重地，经理及会葬者，四方道俗云集，常数万人。”
不仅如此，据《尹宗师碑铭》记载，当尹志平于1236年，去陕西营建祖庭时，“时陕右甫定，遗民犹有保栅未下者，闻师至，相先归附，师为抚慰，皆按堵如故。”
不久，在去云中化度道士的返回途中，“道经太行山，群盗罗拜受教，悉为良民，出井陉，历赵魏齐鲁，请命者皆谢遣，原野道路设香花，望尘迎拜者，日千万计，贡物山集。”
这些描写，难免夸大，但全真道及其首领在群众中影响很大，当是事实。
尽管尹志平利用宗教的号召力，为元统治者效劳，但因其影响过大，却引起元统治者的猜忌。
因此在元宪宗时期的佛、道“化胡经”之争中，元统治者持明显的袒佛立场，使全真道在（宪宗八年和至元十八年）佛道大辩论中两次败北，予全真道以沉重的打击，全真道发展的鼎盛局面，亦随之宣告结束。
南北归宗：自元宪宗八年（1258），全真道在《化胡经》斗争中失败以后，处境十分困难，教徒的发展受到限制，斋醮被禁止举行。
中经张志敬、王志坦、祁志诚、张志仙四人相继掌教，一直处于发展的低谷。
直至成宗即位后的元贞元年（1295），始宣布大弛禁：“梗其道者（指权臣相哥）除之，取其业者（被僧人侵占的宫观）还之”，方使全真道从艰难处境中解脱出来。
全真道的发展尽管有低谷，但并没有停滞，特别值得指出的是，元朝实现了南北统一，为原在北方的全真道提供了南传的条件，当然也为原在南方的道教南宗提供了北上的机会。