困难，越来越大。
台南，黑旗军难以为继。
能战之兵不足十营，军械粮饷俱缺。“局储军械，惟云者士得枪二千数百支、毛瑟枪数十支、林明敦枪数百支，余土枪土药半遭湿蒸，不堪用。”[姚锡光《东方兵事纪略》，见《中日战争》（1）]
这些内情日本方面也掌握得很清楚，详细到“刘永福内无粮饷，外无援兵，仅用功牌送功名，以系将士之心而已。”已经到了靠“给军功章、许功名”维系军心的地步。
因为还有一些汉奸被收买，包括黑旗军中接触核心军情的要害人员，如李维义营中就有一名叫高慧的文书向日本人告密：“刘永福缺乏军饷，是其败之一端”；“兵力不足，是其败之二端”。[《台湾抗战日方资料》，《中日战争》（6）]
台湾内外交困，最严重的问题在于经济。
战前唐景崧迭次上奏，请求拨款，朝廷指示由南洋暂行拨给五十万两。有记载“藩库尚存六十余万两。然自军兴以来，糈饷浩大，旋奉部拨五十万两。南洋大臣张之洞奏请续拨百万两，划交驻沪援台转运局，以资接济。”[《台湾通史》]但实际上，后来这一百万两多数是无法运过台海了。
而且，有管钱管物所谓有实权的官员丧尽天良，趁火打劫（这不是比喻，是真的这么干，甚至省署府库失火的疑案，就是这些人所为），内逃前竟席卷藩库，回来后继续瞒报朝廷，从中贪墨，发国难财。朝廷查出的，如候补同知、藩库厅兼善后局支应任如芬，候补同知机器局苏绍良“朋比为奸，乘台北失守私盗公款”案，将其“即行革职，永不叙用”，虽弹章所举“任如芬得银三十万两，苏绍良得银二十万两”等数字上未能证实，也未记载，可能没这么多（否则就不是革职处分了），但边宝泉所奏“查明贪劣局员罔利营私，声名甚劣”，还是说明有这些劣迹的。[据《清实录》]
可见台湾抗日军民实际并没有全数获得这些资费。开战后，饷需“犹恐不足用，林维源首捐壹百万两，息借民间公款二十万两，而富商巨室倾资助军者，为数亦多。”[《台湾通史》]依靠发动官绅捐款，出钱出力，才算勉强支持。
一旦开战，耗费巨大，根本支撑不了多久。
台湾省本来就不发达，加上还算得上财富之区的台北丧失，连同藩库、军械局、兵工厂尽落敌手，台中、台南贫困，根本无法养战。况且，本来台湾饷械就须仰赖于沿海官民的支援。可现在孤军孤城，各种物资消耗无力补充。
先期，在一片保台的呼声中，沿海督抚如张之洞、谭仲麟、边宝泉等相继函嘱刘水福坚守，答应源源接济饷械。
但后来，刘永福连电告急，并屡次派人，包括他的幕僚罗绮章，还有易顺鼎道台都看不下去了，主动出来，冒险渡海向两江、浙闽、两广总督求援，却没有任何成效。
读到刘永福发给各地的求援告急电报，“台北义勇甚得力，台南饷械极支绌。”“……饷械奇绌，恩赏多少，祈速接济。”“闽、粤饷无济，台南已无法可筹。”一封比一封焦急，看得出形势一天比一天恶化，让人喘不过气来。“恩赏”“多少”，出现这些用词，入眼极为刺目。
后来的电报，已经到了山穷水尽、痛哭求告的地步，“民不许行，我公不救，兵民皆乱，福死何益？痛哭乞援，望切望速。”“今饷械俱绝，民兵将乱，何以战守？”读来，让但怀忠直之心的人有如箭穿心之感。
可怜这一切，考虑的只为中国大局安危。大清朝满朝那么多“忠臣”，竟不如一个当初的“乱军首领”，刘永福再次背负“抗旨不遵”的恶名，在形势最危急之时，仍不忘“福所以死守台南，为大局，非为私也”，“我建孤忠所在，诸公必有以图之”，寄希望于坚持下去，为大局形势能有转机争取时间。
那么多内渡的台湾官员，也还不如一个为大清服务的外国“公务员”税务司麦嘉林，尽职尽责守在台湾，还为刘永福出主意，“请设邮政局，未旬日而征银五千余两”，税务司竟办起邮政局，挣点银子接济抗日饷需。
但是“饷械不至，俄师渺然”，希望中的饷械没有着落，幻想中的俄国外援也没有出现。他还为大清朝廷担心，一旦台湾一失，各国瓜分中国的贪欲恶念会随之而来，“福死奚惜，恐屏藩一弃，各国狡然生心。”
锥心泣血，让人不忍卒读。
除台湾通史上记载的“唯闽粤总督各贻旧枪一二千杆弹药数万粒而已”，督抚们许诺的支援再也不敢也没法兑现，全部食言，无一例外。
这一切，还是因为那个大清卖国朝廷把坏事做绝。自日军进攻基隆之前，清廷即以“现在和约既定，而台民不服，据为岛国，自己无从过问”为由，命令东南沿海各省督抚“饬查各海口究竟有无私运军械勇丁之事，设法禁止，免滋口实。”[《军机处电寄张之洞等谕旨》，《清光绪朝中日交涉史料》]加上日舰拦截、封锁，各地对台只能少量暗济，犹如杯水车薪，无济于事。
后来朝廷还有那么两次指示采取“偷运”的法子，“著张之洞再拨奥枪一万枝，设法解往。”因“惟和约已定，此时运解军械，务宜慎密，免致藉口生事，是为至要”。及至后来，因怕有碍他那个中日友好“大局”，加上被英德等国使坏阻挠，“惟近据英德使臣言上海广东均有军机解往，并有勇丁由粤往台，疑为中国暗中接济，登之洋报。”竟采取登报纸批露的方法捣乱，朝廷怕情况暴露，“而此等谣传，实于和约大有妨碍”，即将前令作废，指示停止解运。[据《清实录》]
一向不讲国际信誉的小日本，竟能用遵守“合同”的国际信誉将大清牢牢束缚起来，如此窝囊，不能不说是一件十分悲哀的事。
于是，包括保台喊得最响的两江总督张之洞，后来竟也以“台向不归江南管辖，来便越俎”为辞，把自己摘了出去，推了个干净，还在电报中暗示刘永福“朝廷命令官员内渡，也包括你”[《张文襄公全集》，《中日战争》(5)]。
罗绮章、易顺鼎筹款的遭遇，就是刘永福的遭遇。
与易顺鼎千辛万苦募集的款项类似，内地组织的捐款最终全部被截留，无法再运上台湾。
想当初康熙“十全武功”之一，何其壮也，虽然“收台”回来只当是装点门面，长期疏于治理，朝廷只知把爪子伸向大陆富庶之地，但毕竟还有一个主权的明证。今康熙的不肖子孙竟如此不争气，严令采取“海禁”这种政策手法，竟是玩起了康熙朝之前、台湾还是郑家经营时，大清曾使用过的那一套。
被自己人背判、让自己人坑，比被敌人攻击还让人心寒窝火。
黑旗军难，真比丁汝昌、比北洋舰队、比威海的遭遇有过之而无不及。
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经过彰化之战，黑旗军折损大半，已是元气大伤。
这个时候，部下又有很多人失去希望，纷纷逃离。
逃跑将军李维义自彰化奔回后，再三提出要到布袋嘴一带据险扼守。这确实是个比较紧要的地方，日后一部日军就是从这里登陆台南的。刘永福于是相信了他，于拮据中发给饷银，让他统镇海中军左营前去防守。然而李维义一到布袋嘴，即“将银席卷，并连各枪支变卖”[《甲午战争史》]，雇船逃往厦门了。
兼护台湾道道台和台南府知府的安平县知县忠满，一直不积极作战，彰化危急时，借故违令不去增援，[事见《台湾通史》]接着也弃军逃往厦门。
部下的叛逃，更使刘永福内外交困，而台南的形势就更为严峻了。
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尽管如此，刘永福仍不放弃，力撑危局。
黑旗军宿将王德标正在嘉义县养伤，“英气不衰，誓吞敌”[洪弃父《台湾战纪》]，刘永福命他在嘉义据守。
采纳文案吴桐林保举，起用杨泗洪统镇海中军正营、后营、前军右营、武毅右军右营兼吉林炮队共五营，“节制黑旗前敌诸军，及各地义勇队，咸归调遣”。[吴桐林《今生自述》，见《中日战争》(6)]
接受文案吴桐林、罗绮章的两项建议，采取“议抚”，招抚各地抗日的义军首领共同抗日；并实行“仿内地保甲,行联庄法,令各乡自近及远，渐次举行。”[姚锡光《东方兵事纪略》]实际上就是发动村庄联防联保，“一庄联十，十庄联百。由合南联至台中，由台中联至台北。倭至则协力攻倭，倭去则严查土匪。”[《甲午战争史》]
除了从彰化突围而出到达台南的徐骧，直接接受黑旗军指挥，继续战斗，台南各地的义军首领纷纷起来响应，其中非常著名的的嘉义大莆林的简成功、简精华父子，嘉义中埤庄的黄荣邦，和恒春阿缑的林义成。
9月1日，刘永福任命简成功总统义军，重新在台南恢复清军与义军联合抗日的体制。
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稍有恢复，台南军民主动迎战，继续北上御敌，以求将战线尽可能推进到台中。新任前敌指挥杨泗洪积极准备，克日率军前出，以期驱逐倭寇。
杨泗洪(1848—1895年)，字锡九，江苏宿迁人。出身于拳技世家，早年投效湘军，积功保至游击。1874年随刘铭传赴台，担任营官。沪尾一战中，杨泗洪“率部挫其锋，敌为却”。累升至记名简放提督，赏“硕勇巴图鲁”勇号，署台湾镇总兵。1891年，邵友濂任巡抚，尽废前任之政，裁撤防军，竟将杨泗洪降为营官。
及日军侵台，杨泗洪决心守土不去，现在又奉命节制黑旗前敌诸军，杨泗洪对刘永福的知遇和信任感泣不已，对推荐自己的吴桐林说：“我当以身报大将军知遇之恩，庶不负先生牙齿力（推荐之功）也。”
9月初，杨泗洪率黑旗军和义军拔营北上。
日，黑旗军进至嘉义北打猫庄，打探到日军占据大莆林街内。下午1时半，杨泗洪下令将大莆林围住。
驻守大莆林的日军近卫骑兵大队和近卫步兵第一联队第二大队，突然“遇警”，急忙商讨对策，敏感地意识到当务之急是“须确保后方的交通”，黑旗军若袭击他里雾，则此处“与后方的联系必定完全断绝”。
步兵第八中队立刻突围奔向他里雾，以回护后方，但途中即遭到黑旗军的堵截。日军伤亡多人之后，只好伏在水田里，待日落后逃出，连夜奔向他里雾。路上遇到三名他里雾奔来的通信骑兵，才知道猜中了：杨泗洪正是釆取声东击西之计，佯攻大莆林，而派黄荣邦乘虚袭击他里雾，包围了日本通信骑兵队。日本骑兵“知寡不敌众，便锁住神庙大门坚守”，[《日清战争实记》]被黄荣邦亲自用大斧劈开大门，义军冲入猛烈击杀敌人，仅有三人活命逃出。第八中队得知他里雾被占，慌忙乘夜又返回大莆林。
4日，没了吃的，第八中队又出动到各村抢粮，抢完后即杀人烧庄。然后，绕过他里雾，与莿桐港的第六中队会合。会合后互相壮壮胆，再组织运输队，由莿桐港往回运送，不料还是在他里雾附近遭到黑旗军和义军的袭击，除二人逃回外，悉数被歼。[《日清战争实记》]
至5日夜，在大莆林的日军已被围困整整三昼夜，与后方的联系已断，半点接济全无，只好决定北撤。
6日晨，日军刚作好撤退的准备，黑旗军和义军即对大莆林发起了总攻。
据日方记载：黑旗军“从嘉义城运来山炮(两门)，以炮击激励士气，弹着亦甚良好。”
激战两个小时，日本士兵携带的子弹几乎都已打光（据统计，当天日兵发射的子弹平均约为每人三百六十发），慌乱向北突围。
杨泗洪率军追击，欲生擒殿后的日本军官，脚部中弹，仍奋力追击不停，不幸腹部又中一弹，被部下救回后，延至8日，溘然长逝。
杨泗洪一惯“每战必先”，刘永福感到极不放心，临行前，告诉他要注意保护自己，“诫其自重”。杨泗洪说：“我如驱饥羊，搏饱虎，利在速战，机在勇决。我苟不先，士气少沮，无能为也。”
将军一去，终于以生命回报了知遇之恩，尽了守土保国的天职。只可惜终于能统军杀敌，却壮志未酬。本来是一将难求，而黑旗军痛失一员勇将，再遭一大挫折。
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管带朱乃昌抢回受伤的杨泗洪，回身力战，继续组织追击，黄荣邦、林义成也带队来援，乘势一举攻过大莆林，众人前仆后继、不顾生死，杨乃昌也在这场血战中阵亡。
此战之后，日军经他里雾奔回莿桐港，又渡过浊水溪，直至北斗镇才停下脚步。分散于前线的其他日军也大面积地后退，以至连台中的云林县都不敢待了。
此后，双方就在浊水溪隔溪对峙。
都司萧三发接替担任前敌指挥，黑旗军巧妙利用地形，暗筑工事设立障碍，敌人数度窜犯均告失利，才知道厉害。“溪中一带沙漠（沙滩），数里无人居处，中多蔗园、林投、芦苇，可为埋伏之所。沙埔暗埋竹钉，桶上铺竹木，马军多陷于泥淖，人马死者甚多。”
近一个月，日军只是“日间越溪而战，夜间即退驻北斗”，不敢过分前出或停驻。
而黑旗军和义军也不断前出袭扰，一度深入到彰化附近，弄得日军十分紧张，以为要有反攻。
但是，台南的粮饷不继，兵力也得不到补充，已经无力再进一步发动攻势。十月上旬，日军开始大举进攻，台南的形势便急转直下，毫无挽回之术了。
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当黑旗军与日军相持于浊水溪之际，日军组成了南进军司令部，任命副总督高岛鞆之助中将为司令官，策划大举南侵。
除近卫师团，日军调来了第二师团全部。著名的“肉弹攻击专家”乃木希典来了。4月份，乃木刚刚晋升为陆军中将，特封为男爵，由第一师团的第一旅团长升调为第二师团长，这个疯子的干劲当然是十足了。
到此，保守估计（除去病员外）日军用于南进的总兵力达到了四万，并有联合舰队配合。
请注意：这个规模，都已经接近辽东奉天南路的用兵数量了。要来对付的，还不是那十几万清军。
日军制定的计划是：
一部为北白川能久亲王率领的近卫师团全部，一万五千人，自彰化经嘉义县，由陆路直扑台南的正面。
另一大部，为乃木希典中将率领的陆军第二师团全部，主力约二万五千人，由海路开向台南。
其中，伏见贞爱率第二师团第四旅团，从基隆登船，在台南前侧面布袋嘴港登陆。
山口素臣率第二师团第三旅团，从现驻地大连湾登船，从台南的后背面枋寮港登陆。
乃木师团长及第二师团司令部也从基隆登船，在中部的中港或枋寮港登陆。
总指挥高岛中将率领南进军司令部，从中部布袋嘴港登陆。
海军准备炮击两所登陆地点，并预定攻击安平、打狗各要港。[《台湾抗战日方资料》，《中日战争》(6)]
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根据南进军司令部的部署，近卫师团先行一步，向台南府的嘉义进兵。
9月9日，师团即发布命令，兵分三路：
中路，以川村景明少将率步兵第一联队及骑兵大队部分人马为前卫，从北斗出发，经莿桐港、他里雾、大莆林、打猫堡，向嘉义前进；北白川率司令部及本队，在前卫之后跟进。
右翼，坂井重季大佐的步兵第二联队主力和部分骑兵炮兵分队，经西螺街、土库、新街，从西路进逼嘉义；
左翼，内藤正明大佐的步兵第四联队主力及部分骑兵炮兵分队，经树仔脚、云林县、火烧庄，从东路包围嘉义。
但是，由于连日风雨大作，鹿港溪水深，不能涉渡，浊水溪更是大涨，平地几成泽国。近卫师团无法出彰化南进，日军只好改变第一次作战计划，推后数日，等待天气稍晴再继续出动。
这期间驻扎在云林的黑旗军经常出来袭扰，“每夜暗渡，谋袭北斗，夜间铳声迭响。”
直到10月日，近卫师团才出彰化南下。
南进途中，遭到黑旗军和义军的节节抗击。
但是，日军以优势兵力，优势的装备，黑旗军和义军难以抵御，损失甚大，黑旗军都司肖三发和义首黄荣邦牺牲，却无法阻止日军。
到8日，近卫师团逼近，从北、东、西三面包围了嘉义。
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嘉义，古称渚罗，南距台南府城一百三十余里，负山面海，为府城北路之屏障。城墙高两丈有余，厚约一丈二尺，城外有宽三丈的护城河环绕，河堤上遍植竹林。
此时，云林一带黑旗军也在层层阻击日军后，全部退至嘉义，归王德标率领，据城固守。
日军四面围城，临战时，北白川能久晋升坂井重季为少将，接替已死的山根信成为步兵第二旅团长。
此番率近卫师团倾巢而来，南攻嘉义，心下自是志在必得。但回顾侵台以来，历时将近半载，多次苦战，将士伤亡将近一半，自己也伤病在身，北白川不禁心情黯然，再无占领彰化时的兴奋，还有那份建功立业的雄心。
有当时的一张照片，一片竹林中，一顶行军帐篷前，部下不知从哪儿给他弄来一个很考究的沙发，贵为亲王的北白川就坐在上面，黑色军服衬着满头满脸的花白，似因疲惫而显得十分老态。
那时候，他的诗也不复有先前的豪气，而转以黯淡。其中一首诗中写道，“远伐荆蛮百事辛，难堪恶水与炎尘。去京半岁君休笑，忽作白头黑面人！”[《台湾偶作》《甲午战争史》引自川崎三郎《日清战史》]
数语之间尽写征战之苦，颇觉意态苍凉，似将死之人的哀鸣。
这次嘉义之战的十九天后，北白川即以伤病死于台南。
官方公布是染病而死，也有人说是他在大甲溪被击中坠马，已经负伤中。反正，都是不治而亡，未得善终。
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10月9日，日本近卫师团向嘉义发动了总攻。
黎明，日军各部队从宿营地出发，分三路逼近嘉义，各自做着攻击准备，欺负黑旗军缺乏重武器，日军步兵最前的锋线竟已直抵城门七百米处。
11时0分，炮击开始。炮火之炽烈，“恰如万雷落地，天地为之震撼”。
嘉义城墙虽然坚固，但近代火炮出现以后，所有的城池已经无法抵挡大炮轰击，几乎失去了作用。
一时间，弹片、碎石纷飞。
黑旗军冒着炮火，以血肉之躯奋勇抵抗，舍命“自城墙上进行非常猛烈的射击”。
城门楼不断被轰毁，日军亡命地冲近，依靠竹梯，越河登城。黑旗军和防军虽然顽强抗御，不断以抬枪还击，但终究抵挡不住潮水般涌上来的日军。
到1点15分时，日军已经先后占领了西、北、东三门，并突进城内。
在付出巨大伤亡后，王德标率余部退至曾文溪。嘉义失陷。
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在近卫师团正面推进，吸引抗日军同时，日军登陆台南部队已经全部在澎湖集结完毕，最初便在计划中的登陆夹击作战终于可以实施了。
10月10日上午6时，日军运输船十九只，载着南进军司令部及混成第四旅团，在“浪速”“济远”“海门”三舰的护卫下，自澎湖岛出发，舳舻相衔而进，于10时50分，抵达布袋嘴外三海里处。
11时40分，“济远”舰——没错，这艘被方伯谦保护得比较好的北洋海军战舰，于1895年月16日被编入日本海军，列为三等海防舰，舰长平尾福三郎。连名字都没改，这里边含有太多意味。在方伯谦手里，只会用来逃跑，在日军手里，却成了攻台的先锋——首先向岸上开炮，“浪速”“海门”二舰随之加入。海岸附近的村落房屋全部被炸燃烧，“火焰冲天，一直烧到半夜仍未熄灭”。
几个小时充分的火力准备之后，下午时半，日军在炮火的掩护下，开始登陆。
此处只有少数清军，稍作抵抗，即向南败退，首批日军得以顺利地完成了登岸。
11日早晨，混成第四旅团前锋从布袋嘴出发，途中与近卫师团的松原支队相遇，遂一起向东南进发，于上午10时半占领了盐水港。
在此，混成第四旅团与近卫师团两支部队建立了信息沟通联络，下一步，就是并肩作战，合击台南。
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黑旗军和义军闻听日军登陆，迅疾赶来，对混成第四旅团后继登陆部队进行了英勇的狙击。
乡民为保家园、避免被敌伤害，反而皆拼死力战。日方记载说：“我军在布袋嘴登陆时，此地人顽冥不解事理，只认为敌兵一来于自己有害，须抵抗以保持自己的安全，似欲以死力防御到底。一方面刘永福亦利用其无知剽悍，企图借此防阻我军登陆，让其部下大肆煽动。因此，我军东西南北，到处无不战斗。”[《台湾抗战日方资料》，《中日战争》(6)]
说的很正确，其实这种局面应该全是日本人疯狂入侵、烧杀作恶造成的。
占领盐水港的日军南进时，便遭到林碧玉所率义民的激烈抵抗。
林碧玉(18—1895年)，字尔音，号昆冈，嘉义将军乡西甲村人，祖籍福建泉州**县，中了秀才以后，就一直在乡里教学。“生平尚武好义，精拳术”，“喜为人排难解纷，里众倚重之”[《甲午战争史》引自《台湾人物志》]能领头的一般都是有很有威望的。台南岌岌可危，林老已经6岁了，仍奋臂一挥：台湾要亡了，你们会怎样？我率子弟保家乡，谁跟我上？（便集各庄群众曰：“台湾亡矣！若等将何往？吾欲率子弟卫桑梓，若能从吾乎？”）应者一百几十人，可惜火器不多，只有旧火铳数十杆。
10月11日，这支仓促组成、军械破烂的民间义军，就在盐水港南十余里之铁线桥列阵迎敌。林碧玉带领众人踊跃向前，奋力突击，日军前锋竟被逼退。如同一粒火种投入积薪，这支小小的义军激起了四里八乡的斗志，义军追敌至沟仔头，沿途庄民不断持械加入进来。
直追至与日军大队碰面，激愤的义军并不稍退，林碧玉指天而誓：如果老天不帮我，就让我先战死在今日吧！（“天苟不欲相余，今日一战，当先中弹而死！”）众人喊声震天，英勇与敌博斗。
此战，林碧玉中弹穿胸，壮烈牺牲。他的长子也一同战死，为保卫家园献身。
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日军后续登陆部队也不断受到袭扰，小股部队出去更是危险重重。
1日，步兵第十七联队黑松良光大尉率其中队，从布袋嘴出发，向东石、下湖方向侦察。1日下午，进至东石村时，被义军包围。
根据日军的记录，此处一面靠水，日军猛然发现义军“兵力约一个半营，即七八百人，自北、东、南三面进逼东石”，自己完全被挡住去路，“为彼诱入所设的圈套之中。”
义军“于相距三百至五百公尺的距离上进行激射。……今我不仅处于背水之战的境地，而且众寡不敌”。
日军只好拼力抵挡义军的攻击，“陷于苦战之中，欲向布袋嘴主力部队求援，但无法脱围；欲杀开一条血路，又未能如愿。自上午十时至下午五时，敌军射击不停。黑松中队之弹药快要用完，口粮将尽，无论如何也不能久持了。”[《日清战争实记》]
日军整整被围攻了7个小时，渐渐危殆。要不是附近鬼子听到枪声，派出一个大队前来援救，这队日军可能就被全歼了。
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另一部登陆的日军也成功上岸，遭到的抵抗同样激烈。
10日，在混成第四旅团登陆布袋嘴的同一天，日军运输船三十只，载第二师团大部，在“吉野”“秋津洲”“大和”“八重山”四舰，还有桦山资纪爱极了的那艘“西京丸”（估计是当桦山总督专用座舰用吧）的护卫下，从澎湖岛集结地出发，向枋寮方向航进。
第三旅团长山口素臣率步兵第四联队部分兵力及工兵分队，作为先头登陆部队，于11日上午7时70分起，在番仔崙、枋寮间成功登上台湾土地，随即按上岸顺序，派第二中队沿海边道路向东港前进，到达刘盐仔附近，对东港实行戒备；第三中队占领北面的加冬脚，对东北方向实行戒备。第一中队在第一大队长山田忠三郎少佐指挥下，沿海岸向顶寮前进。
按照乃木的命令，这些部队主要负责先在登陆点附近占领阵地，掩护师团登陆，并以工兵在登陆地为师团架设栈桥。乃木本人亲率师团主力，登陆后在指定地点进行整顿，做行军的准备。
乃木确定的第一个攻击目标，就是加冬脚。在乃木看来，“加冬脚是东港、枋寮间的中枢，并且是通向蕃地的十字路口。若不能攻占加冬脚，则进不能入东港，退不能守枋寮，故该处实为战略要地。”[《日清战争实记》]
步兵第四联队第三中队按命令向加冬脚前进，接近村庄，便看见村里黑旗迎风飘扬——有黑旗军在此防守。
第三中队分为两个梯队，穿过水田，向前进逼，以图一举占据此地。
黑旗军静默无声，等日军近至五百米距离时，黑旗军抬枪才发出第一声轰响。
随着日军继续进逼，靠近跟前之后，黑旗军枪声大起，火力开始逐渐变密，“从胸墙枪眼里发射越猛，眼看着有七、八名士卒(日兵)倒下去了”。[《日清战争实记》]
日军强行通过水田，越过壕沟，接近村头，才弄清这里周边筑有高墙堡垒，门上筑一座高楼，只能攻破这里才能进入加冬脚村。
但攻破却不是很容易的了。日兵几次夺门都未成功，反有多人被击毙。而且士兵处在围墙之下，进不得退不能，左右和头顶不时有枪弹射来，七名军官，被击毙一名少尉，击伤五名，全中队五十二人伤亡，陷入了死地。
直到10时40分，依靠第一大队和第三大队第十二中队的救援，第三中队才脱离险境。
中午时分，日军从上风纵火烧庄，黑旗军才不得不撤离该村向北退去。
1日，山口素臣驱使部下沿海岸地带向东港前进，因驻守此地的中字营在管带吴光忠带领下向北遁去，日军不战而占领东港，并等待工兵在淡水溪上架桥。
14日，急于建功的日军派出一个大队和一个中队，这样一大股的兵力到桥沟溪一带搜索，企图寻找涉渡地点时，猝然遭到一营清军的伏击，这一下付出了伤亡九十四人[《日清战争实记》]的代价，不得不缩回宿营地，耐心等待到15日桥架成。
而后，第二师团立刻渡江北进，至16日，连续占领了奉山和凤山县城。
而在此前的14日，日本海军还独立作战，对打狗炮台发动了进攻，先用优势舰炮完全压制住了打狗炮台的火力，至下午1时，大小汽艇二十余只装载着陆战队，在炮火的掩护下，向海岸靠近，驱走了炮台守兵刘成良（刘永福第三子）所部。4时18分，完全占领了打狗炮台。
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日本陆海军以绝对优势兵力，实施的一个庞大计划，到此时渐渐明了。
从日军的行动可以看出，他们是采取南北夹击，然后合围台南抗日军。
18日，乃木希典第二师团（主力为山口素臣第三旅团）从凤山出发，主力向台南前进。同时另派出两个支队：一个支队去台南以东的关帝庙，与近卫师团取得联系，以防台南防军逃往内山；一个支队沿海岸向台南前进，与海军取得联系，以防台南守军从海路逃跑。[《日清战争实记》]
北面是近卫师团和第四旅团，南面是第二师团主力，中间有海军占据的打狗炮台据点，海上还有海军巡航，张开一个巨大的“网”。在这个网的中心地带，就是台南城。
台南地区的抗战已经到了最后时刻。（未完待续）