后来的事实证明，华人军谁都不想帮，他们是想独占吕宋。

不过在此之前，一些必要的战略欺骗还是得有的。

对吕宋军方面，华人军表示自己也是受到殖民者压迫的受害者，因而天生同情吕宋人，华人军愿意帮助吕宋人一起打击万恶的殖民者。

但对佛郎机人，华人军又是另一套说辞——我们都是文明人，虽然之前确实有仇，但我们跟土人也是有仇的。

若是土人攻陷马尼拉，毫无疑问所有吕宋的白人都会陷入万劫不复的地狱，所以你们不如把马尼拉交给我们，我们背后是伟大的大明帝国，足以保证马尼拉不会陷入野蛮人手中。

然而这个时候，佛郎机人仍然抱着不切实际的殖民地老爷风范，他们不仅傲慢的拒绝了华人军的提议，甚至还把邱宝仁的最后通牒也一并退回。

这给了邱宝仁一个完美的借口，5月1日下午14点10分，退回最后通牒的小艇带着15点开战的消息刚刚返航，邱宝仁立刻命令舰队生火备战。

而佛郎机舰队也意识到情况不妙，各自生火拔锚，准备迎战。

然而此时已在港内停泊数天的明军早就把佛郎机人全都看住了，他们甚至没有规避的空间。

15时整，邱宝仁下令开火。

明军在1500米左右的距离上，向佛郎机舰队射击，强大的速射炮火力劈头盖脸的向佛郎机人压过去，换装不久的苦味酸榴弹给予无装甲的佛郎机战舰可怖的杀伤，战斗一开始就呈现一面倒的状况。

二十分钟之内，佛郎机舰队的无防护巡洋舰“维拉斯科”号，“唐?璜?德?奥地利”号，“唐?安东尼奥?德乌格亚”号三艘小型铁肋木壳巡洋舰被击沉。

旗舰“蕾娜?克里斯蒂娜”号和巡洋舰“卡斯蒂利亚”号重创起火，舰员伤亡惨重，不得不抢滩搁浅。

然而抢滩也不是说就能得救，明军的炮弹还在不断落下，火焰四处乱窜，浓烟弥漫，在佛郎机水兵试图弃舰逃生的时候，大火烧到“蕾娜?克里斯蒂娜”号的弹药舱，随着一声巨响，这艘铁壳巡洋舰彻底消失。

“卡斯蒂利亚”号的情况稍微好一些，这艘船被打得大量进水，很快淹没了弹药舱，这反而救了很多人的命。

最终“卡斯蒂利亚”号烧了整整6个小时，所有露在水面上的船体和上层建筑物全都被彻底焚毁。

刚一开战，佛郎机人就损失了5艘军舰，剩余的两艘小型巡洋舰和两艘炮舰面对明军强大的火力，完全不敢应战，趁着邱宝仁处决五艘巡洋舰的机会，直接离开锚地，向马尼拉湾外驶去。

人头狗邱宝仁第一次没有去追击敌舰，而是转移火力，与马尼拉湾防御炮台展开对射。

然而即使如此，四艘佛郎机战舰也没能逃出生天——马尼拉港外还有明军南洋舰队的四艘侦查舰呢。

南甲级四舰即使在南洋舰队中也不算什么了不起的主力，但面对四艘全无战心的佛郎机战舰却是足够了。

只有10节航速的炮舰“杜阿罗侯爵”号成了南甲级侦查舰的第一个刀下之鬼，这艘在19世纪最后几年还装着前膛炮的可怜战舰被吨位几乎是其两倍，航速20节，且一侧有两门120速射炮的“南丁”号侦查舰追着打了2个多小时，最终翻沉在南海温暖的海水里。

而炮舰“莱索将军”号的抵抗则更成功一些，其诺登飞速射炮和120架退炮两次逼退试图迫近射击的“南乙”号，不过不到10节的航速根本无法让其逃离。

最终，“莱索将军”号的鱼雷发射管被“南乙”号的速射炮扫中，一枚鱼雷被引爆，这艘520吨的炮舰当场被炸成两节。

“古巴岛”号和“吕宋岛”号原本应该是有机会逃离的。

这两艘舰的航速比南甲级慢不少，但火力上有反抗的余地——6门120架退炮对南甲级的3门120速射炮，但是佛郎机人的士气早就已经崩溃了，两艘小型防护巡洋舰与明军“南甲”、“南丙”之间交火不到20分钟，“古巴岛”被命中2炮，“吕宋岛”被命中1次之后，这两舰直接挂起白旗向明军投降，结束了这场一边倒的海战。

898年5月1日的马尼拉湾海战，明军10艘战舰被击中15次（包括几次被诺登飞命中），一共只有一名海军少尉受伤（被弹片切掉一根半手指），其余没有损失。

佛郎机亚洲分舰队有7艘战舰被击沉，2艘小型巡洋舰和停在港内的1艘大型运输船被明军俘虏。

399人阵亡，208人被俘或投降。

轻易干掉敌舰队之后，邱宝仁炮击马尼拉湾各处炮台足足4个小时，一直打到夜间，然后派遣陆战队逐一占领那些只有旧式火炮的炮台。

第二天，打着义和拳旗号的华人军武装到来，接管了岸防炮台。

由于殖民者特有的傲慢心里，佛郎机人失去了他们的舰队，而且又给自己制造了一个强大的敌人。

五月二日下午，佛郎机总督派人来与邱宝仁谈判，这一次他倒是一改以往狂妄的态度，以失败者的身份表示愿意交出马尼拉——因为佛郎机人担心明军舰队和义和拳占据的炮台轰击马尼拉市区。

佛郎机人的投降条件是要求明军保证马尼拉所有白人的安全，而且要求不得让任何一个有武装的土人进入马尼拉。

明军本来就不是来帮吕宋人的，不可能容忍土人武装进入马尼拉，所以邱宝仁对这个条件一口答应下来。

随后佛郎机人又提出一个令人摸不着头脑的要求——他们要求明军进攻马尼拉一次，但不要真的打，只要做个样子就行了。

按照佛郎机人的说法，这是为了证明他们不是不战而降，而是进行了“英勇”的抵抗之后，光荣投降……。

邱宝仁无法理解这种心里，不过他还是同意了。

五月三日清晨，明军350人的陆战队和4200人的义和拳发动对马尼拉的进攻，明军与佛郎机人枪炮齐鸣，互相射击了一个多小时，没有造成任何伤亡。

10点整，佛郎机军队降旗投降，随即义和拳进入马尼拉。