后来发生的事情很简单，这山椒鱼半藏不能坐看晓组织扩大，于是便带领着自己的忍者部队前去开战，而最后因为中途的意外，身为首领的弥彦死亡，而长门也是利用轮回眼的力量杀死了山椒鱼半藏和他的忍者部队。
自此，长门成为了晓新的首领，晓组织成为了雨之国内最大也是唯一的组织，而他漩涡长门则是以神的身份统治着整个雨之国。
只不过对于这一点，封闭的雨之国没有让外界任何人知道，哪怕是自来也，也是丝毫不知道当年在雨之国一时好心收留的那三个弟子，竟然发生了如此巨大的变化。
总之，对于外界来说，雨之国一向都是十分神秘的，甚至现在整个忍界都还以为这雨之国依旧在山椒鱼半藏的领导之下，也根本就没有人去关注雨之国。
...
三年的时间匆匆而过，就好似白驹过隙，当你还没有回过神儿的时候，就已经到了三年之后。
三年的时间，说长不长，说短不短，足够发生很多有趣的事情，也足够让人遗忘一些事情。
就比如当年名震忍界的木叶暴君日向凌，三年的时间没有任何消息出现，虽然不乏好事者去打听搜集，可是却依旧没有得到任何关于木叶暴君的消息。
有人说，日向凌是因为功高盖主，所以被现任的第五代火影千手纲手给雪藏起来了；有人说，是和大蛇丸战斗之后受了很严重的伤，至今依旧是卧病在床，甚至是已经死掉了。
更离谱的是，有人认为这木叶暴君其实跟本就没有存在过，根本就是木叶村杜撰出来的，只不过是为了震慑宵小之辈，如今第五代火影一上任就是手段强硬，政治整个木叶村，自然也就不需要这个杜撰的人物了。
总之各种千奇百怪的说法流传在忍界，而木叶官方也没有给予任何正面的回答，只是始终保持着沉默，这让无论是外界的人还是木叶村内部的村民，对于凌的存在都感觉到了怀疑。
总之，时间越长，那么木叶暴君的名声就越低，这三年的时间已经逐渐被人遗忘，毕竟跟不上时代的东西，就算记着也只不过是浪费脑容量而已。
这是被人所遗忘的，还有新出现的。
要说这三年中最为引人注目的，就是一个出现在忍界的新组织，名为晓！
这晓组织虽然不为大众所知道，不过却已经走入五大国以及五大忍村高层的眼中，不为别的，只是因为这晓组织的所作所为相当的危险，以及有很多的可疑之处。
而这个晓组织，似乎就是来自于雨之国境内，有些人就将这个和山椒鱼半藏扯起来了。
因为大蛇丸的下落不明，如今依旧没有在忍界中崭露头角，这倒是减少了很多的麻烦，最起码佐助依旧是在木叶村安安静静的当木叶村的忍者。
在凌离开村子之后，鸣人是与原著相同的跟随者好色仙人自来也外出修行，而佐助则是跟随者卡卡西修行，毕竟他们两个在很多地方都是相差无几的。
同时天才，同样都是忍术型忍者，同样都是使用写轮眼，所以在教导的过程中可是比自来也和鸣人这对组合要轻松。
除此之外，其他的人也都是在刻苦修行。
小樱跟随着纲手学习医疗忍术，因为出色的查克拉控制能力倒也是学习的很快，至于怪力术看起来似乎还没有教导的意思。
雏田和宁次二人也是互相配合，都是日向一族的人，在某种程度上属性是相同的，每天进行白眼和柔拳的对战训练，相互之间进步也是十分神速。
当然，除了训练之外雏田另外最喜欢干的事儿可能就是发呆了，心中思念着那个三年没有音讯的人，可谓是牵肠挂肚、日思夜想，每天做们都能够梦到。
奈良鹿丸、山中井野以及秋道丁次他们作为猪鹿蝶的传人，由各自家族进行叫道，然后一同进行任务，培养相互之间的默契，逐渐的走向成熟。
犬冢牙和他的忍犬赤丸、油女志乃和他的虫子修炼自家的秘术，天天依旧是进行着她的忍具训练，而小李则是和阿凯两人继续挥洒着自己的青春。
整个木叶村都是一片欣欣向荣，村子内没有了阻碍的力量，全部都拧成一条心，在纲手这第五代火影的带领下，正在飞速的朝着辉煌前进着。
而就在一月前，外出历练的鸣人和自来也二人回来，木叶的十二小强齐聚一堂，正在大家以为这是大团圆的时候，出乎意料的事情却发生率，好不容易平静下来的忍界却又开始了动乱，而且一切的源头，就是那晓组织。
这原本只是在忍界中接受战争任务的晓组织，行动突然开始频繁起来，并且都是大动作。
首先是风之国砂忍村的第五代风影我爱罗遭受到不明人士的袭击，为了保护砂忍村不受到伤害，我爱罗被抓走，至今依旧是下落不明，而这抓走我爱罗之人，据说是两个身穿黑底红云风衣、头戴斗笠的神秘家伙。
如果说一开始各大国家认为我爱罗被抓走是因为他风影的身份，不过很快所有人就反应过来并不是如此，而是因为我爱罗的令一重身份。
云忍村的二尾人柱力、水之国境内野生的三尾人柱力、岩忍村的四尾人柱力和五尾人柱力、流落在外的六尾人柱力、泷忍村的七尾人柱力，全部都是在前前后后不过一个月的时间内遭受到了袭击。
从这里也可以看出，砂忍村的第五代风影我爱罗之所以被袭击并且掳走，最大的可能不是因为他风影的身份，而是因为他身为一尾人柱力的身份。
并且最重要的是，这些人人柱力全部都被人给抓起来了，至于抓到哪去了，又要做什么却都是不得而知，唯一知道的就是经过情报的打探，袭击之人都是统一的黑底红云风衣装饰，正是晓组织