几天后，西吉市人*工委要求西吉市中级人民法院对本案进行复查，可西吉市中院依然坚持其错误观点，驳回了申诉。
西吉市和小河县市地两级法院以“编书是职务行为”、“不存在稿费和主编问题”为由，认定苏智先有罪。所有的判决、裁定均未指出这笔款是哪个单位的公款，把业余时间、自筹资金、未利用单位场地等物质技术条件的编书行为定为职务行为。
而市地检察院也认为，稿费不发就是公款自九七年至二千年末，苏智先在担任小河县教科所长期间，承担了一项科研课题（原国家教委“九五”规划重点课题：“目标教学的理论与实践”），为提高教学质量，自筹资金，利用业余时间，组织了部分教师，由其主持，编写了一套《目标教学实验教学指导书》（共41本），供全市初中学生使用。该书经西吉市教委批准后在西吉市新闻出版局办理书号，按照国家版权局文件精神共获得稿费0余万元左右，暂存于其同事李某的个人存折上，并定于二千年底课题实验结束后研究发放。
九九年五、六月期间，苏智先分两次借出个人使用，并打了借条，至二千年七月因苏智先调任小河县河东乡中学副校长、副书记止，已分几次将此款本息全部还清。后来，苏智先升任校长。
小河县反贪局听信苏智先的同事李某和小河县教委主任梁某的谎言，制造伪证，以“差价款”、“小金库”为由将苏智先拘留。当他们查明所谓的“差价款”、“小金库”不成立后，又不惜花费了大量的人力和物力，加大调查苏智先是否存在贪污受贿问题的力度，大有不把苏智先打倒誓不罢休的劲头，让人发人深思。调查结果还是一无所获，还是没有找到证据。参加办案的人员都对苏智先暗中竖起了大拇指，要说现在的官员，屁股底下干净的简直是凤毛麟角，虽然国家反腐倡廉起到了很好的效果，但是已经形成的官场规律，不是那么容易改变的。
二千年苏智先取保候审后，因其向有关部门控告小河县检察院违法办案，为了掩盖办错案的事实，他们又伙同县教委主任梁某，把苏智先向领导正常汇报情况说成“影响教委正常工作”，并制造了“苏智先要炸教委”的弥天大谎，于二千年九月以苏智先“影响教委工作”为由违法将其逮捕。
检察院在侦查取证过程中，扣押了证人李某的往来帐目记录本三册，也没有随卷移送到法院。李某的记录本，记录了几年来他所经手的所有款项，是本案一个至关重要的证据，但却被检察机关违法扣留，拒不出示，使人们无法了解李某所记帐目的真实情况，也无法印证他所作的证言的真伪，更无法了解到苏智先所说的收取稿费的事实真相，以造成“差价款”、“小金库”的假象。
客观上他们是在利用国家权力，通过隐瞒事实真象的方法，实现对苏智先有罪推定、有罪判决的目的；检察院在侦查取证过程中，采取了法律禁止的引诱方法获取证人证言，实现对上诉人的指控。如：小河县人民检察院工作人员陆某、张某在二千年八月日对证人李某的询问中，问证人李某：“苏智先在教科所任职期间，有没有经济犯罪问题？”李某顺着回答：“有”。再如：小河县人民检察院工作人员李一、李二在二千年七月日对证人梁某的调查询问中，问：“对他们教科所自己设帐外帐，苏智先挪用公款用于个人炒股这件事，你怎么认识？”检察机关严重违反了《国家刑事诉讼法》第条的规定：“严禁……以威胁、引诱、欺骗以及其他非法的方法收集证据”的规定，先入为主，将自己主观认定的“被告有罪、有问题”的想象用引诱的方式暗示给证人，诱导证人作出对其不利的证言，其目的都是为了掩盖事实真相罢了。
小河县法院也认为：编书是职务行为在一审被发回重审后，小河县法院的第二次一审判决更为荒唐。为了证明这笔款不是稿费，判决书引用了李某的两次证言：证据一卷中“证人李某卷：……自九七年下半年教科所按每印张6分钱，从印刷费中扣下作为所里的活动经费，这属于公款。为此教委主任梁某曾问过我所里有无帐外资金，我说了假话“没有”。在苏智先还钱上交教委时，他让我在收据上写成借稿费”。”而在证据三十二卷中“关于《目标教学实验指导书》几个问题的说明李某在卷三中，证实了书款的组成部分和各自的比例。同时证实各印刷厂实收印刷费和所开单据数量是否一致，因是厂家给各县市区开发票，有的按书的定价开，有的按实收钱数开，无统一的标准，差额是多少说不准；教科所所得款无法算出准确数，大约应是50多万元，是实付给印刷厂每印张0.6至0.0元之间的差额。”两个证据明显矛盾，证据一说是每印张6分钱，证据三十二说是4分钱，到底多少钱？小学生都知道6不等于4，小河县审判长张某不会不知道。
为了证明编书是职务行为，该判决书证据三引用了县教委主任梁某的证言“证人梁某在卷三中证实，目标教学实验课题组是县教委在九七年上半年成立的，业务上受省教科所指导，受市教委领导，由县教科所具体实施，我任课题领导小组组长，教研课题是市教委选择确定的。
《目标教学指导书》的编写出版是课题组提出来教委决定的，收费标准作了原则规定，当时课题组没提过稿费这个意见。因为这项课题实验是有组织、有领导、通过行政推动来实施的，如果有稿费的话，应由教委具体作出决定。今年七月日，苏智先找我说“所里有0万元稿费，原由李某管着，他好喝酒我不放心，现在在我这里管着”。当时我听说有稿费还挺纳闷。（未完待续）