刚刚处理完内阁的事务后，朱由校又一头扎进了羽林军的军务当中，犒赏三军，颁布上次，升官晋衔，轮休放假，等一系列的事情，让他忙昏了头，虽然如今羽林将军是李捕鱼，但作为护卫皇帝的禁卫军，这些依然要他过问。
“必须要将大都督府给利用起来。”从琐碎之事当中挣脱而出，朱由校恨恨的下定了决心，他的时间可不能浪费在这些日常事务当中、
大都督府的机构颇为简单，一名大都督，加上主管四总部的左右前后四大都督，一共五名核心人员，正好和现如今的内阁相对应。不过内阁还有四个空缺的位置，而大都督府却是固定的五人负责。
这也正常，两个机构说起来地位对等，但从管辖范围来说，内阁要大的多，也是整个大明帝国的主体，辅臣多也是自然。
既然要让已经挂牌的大都督府发挥作用，都督之类的负责人可以暂时先空缺，但作为主要机构的四总部却是要搭建起来，这对于朱由校来说也比较简单，目前就有现场的。
羽林军早在多次扩编改制当中，就将参谋部，训导部，后勤部，装备部给建立起来，经过这段时间的运转，尤其是这次宁远之战后，各种规制体系大都已成型，有了一定的经验，因而朱由校只需要抽掉得力人手放入大都督府便可。
大都督府的正式运行，宣告了朱由校军制的正式确立，通过大都督府，他统管所有的野战军和城防军，尽管目前只有一只野战军和两地的正在组建的城防军，但这也代表朱由校有了自己完整的体系，以后只需要利用这个体系，逐步改变吸收大明古老的卫所制度就行。
在正式运行后，朱由校通过大都督府下达的第一道命令就是羽林军受伤士兵的转业，而单位就是新设立的河北省各地的警局。由于人手的缺乏，很多士兵直接就提了一级连级的下去任职，这和后世军转干部降半级任职略有不同。
当然，这紧紧只是现在的特例，并不会成为定例，具体以后军官转业到底怎样，还需要长时间的摸索和验证。
需要时间来摸索的，不只是这个，圣旨的效力，内阁的命令，大都督府的军令，这三者之间的关系，范围，都是需要时间来适应的。
回到京师后，推出了大都督府，处理了内阁中一些十分紧急的政务后，朱由校便在乾清门召开了一次中枢朝会，与会人员不多，也就内阁的四位辅臣，左都御史，大理寺卿以及内府令。
这次朝会的主题很简单，就是做一个工作汇报，朱由校想详细的了解下目前各个工作到底进展的如何了。
朱由校高据主位，懒散的靠着椅背，一副轻松惬意的样子，由于只是一个私会，没有纠正朝仪的御史，是以对于皇帝这幅皮赖的样子，目前中枢的主要关于只是微微皱眉，却没有人说什么。
携带着歼灭女真八旗主力威势的皇帝，已经让他们感到了丝丝巨大的压力，这是巨大成功带来的一种俯视。
“四川永宁，贵州水西两地土司叛乱。”第一个站起来的自然是首辅李汝华，这老头本应今年致仕的，没想到他还为上折，忽然一个馅饼从天而降，他成为了第一届名副其实的宰相，如此致仕的心思自然没了。
“四月十二日，奢崇明作乱，分兵攻合江、纳溪、破泸州，进而围攻成都。贼人势大，占据重庆，建国号梁，设立丞相五府等官职。四月十五日，水西安邦彦起兵，自号罗甸大王，连下安顺、平坝、沾益、龙里、瓮安，兵围贵阳…….”
李汝华第一个汇报的就是奢安之乱，至此，朱由校才详细的了解了这方面的信息，只是对于这个时代的地理他实在缺乏常识，根本听不懂李汝华口中一连串的地名。
反正一大段的详细描述下来，他唯一的印象就是贼人势大，攻下了许多底盘，官兵抵挡不住，纷纷据城坚守。
“此事朕自有计较，不日就会名羽林军入川平叛，让那边的卫所官员们先坚持下。”朱由校淡淡的做出了处置，“明日内阁就派人和大都督府接洽，商讨进军路线和粮草补给。”
“是，陛下。”李汝华躬身应是。汇报完这件事后，他又继续奏报其他的事情，大都是全国范围内比较大的事件。对于这些，内阁早有处置措施，朱由校也就只是听听，了解国家大事，并不发表意见。
“陛下，如今两位先帝都已下葬，是时候开始修建《神宗实录》和《光宗实录》了。”在最后，李汝华又提出了一件事。
“修建实录？”朱由校先是一愣，但随即反应过来，这是官修的史料，“那就修吧。”他毫无兴趣的回答道。
“请陛下示下，监修官人选。”李汝华再次恭敬的问道。
“监修官…….”朱由校沉吟起来，他久在明朝，对于这些常识还是比较清楚的，监修官说白了只是挂名的，并不需要什么能力，真正修撰的，还是翰林院来承办。
“就新城侯吧！”
新城侯王升，今年年初晋封的，是朱由校生母的弟弟，也就是朱由校的舅舅，当朝果国舅。当然，这个身份在明朝没有任何权利，只是有点地位身份罢了。
决定了监修官之后，李汝华就没事了，换下一位。本来按照顺序，此时应该是东阁大学士孙承宗的，不过孙承宗此时在辽东任职，于是顺延，轮到了南阁大学士崔景荣。
崔景荣此前是兵部尚书，他在内阁分管中也大都是这方面的事务。
“红丸政变牵涉人员已经交付辽东方面，总计六万三千四百八十四人。北直隶的各处卫所也正在裁撤，土地正逐步交割给周管事，目前除了涉及九边的几个州外，其他并无大碍，裁撤事宜进展顺利，卫所军户也大都妥善安置，或种田，或导向建筑队。”
到了明朝后期，五军都督府成为摆设，真正管理天下卫所的是兵部，是以，卫所的事情朱由校也懒得让大都督府揽过来，直接让兵部处理。如今卫所还是老旧的观念，文官比武官值钱，让兵部出面还更好办。