正式继任了掌门位置又竖立了威信后，袁轶开始大刀阔斧的对宗门进行了一系列的改革。
首先、提高外门所有弟子的待遇，原先每人每月一颗‘练气丹’的供应改为每人每月五颗。而后提高宗门贡献值要求，并且放宽宗门内兑换丹药的价格。并且练气境八层和九层以上不需要再完成宗门任务累计贡献值，只需要安心修炼，宗门将提供进阶所需丹药。此举得到外门数万弟子的欢呼赞同。不过宗门却也对外门弟子提出了要求，凡是练气七层以下，一年内不能提升自身修为的，八层九层三年内未有提升自身修为者全部逐出宗门。这样既给了好处，解放了一些高品弟子忙于赚取贡献值或者灵石的烦恼，可以专心修炼。同时也要求宗门弟子不断努力更加刻苦的去修炼。无形中使得宗门潜在力量不断的扩大。对此宗门内的很多长老也表示了赞同。
其次、原先已经基本属于袁轶个人的‘红星药业集团股份有限公司’被袁轶全部无偿捐赠给宗门。另外宗门专门成立一个‘宗门产业集团公司’，统一管理和经营宗门范围内属于宗门的各种产业和资源。
然后、对于宗门目前掌控的四大城做出调整，取消原先的城主世*袭继承制度（本身四大城的城主府一系已经死伤殆尽，唯一是双圣城的沈家实力还在。）改由宗门委派管理各大城事物，宗门委派的城主只负责各大城的税收和防御安全，每一届城主的任期为二十年。这样做的好处是加大了宗门对于控制范围内各大城的掌控，避免在出现这次背叛宗门这样的时间发生。另外收回了相当一部分原先属于各个城主的自治权利，加强了宗门的中央集权。当然也还保留了原先各大城世家的利益。只是这些世家今后将处在宗门严密的监视之下。杜绝了再次反叛宗门的可能性。
再次、调整宗门原先的领导管理机构，施行上下议院以及三省分权制度。外门设立下议院，而起组成不再是原先宗门的长老，而是由所有外门弟子进行选举。促进了外门弟子对于宗门的忠诚度和凝聚力，也给予那些外门弟子充分参与宗门管理事物的机会。不过这件事却遭到了不少宗门长老尤其是原先负责外门的长老们的反对。可惜你几十个人的反对抵不过外门数万弟子的赞同，事情一开始袁轶就习惯性的开始引导舆论。最终经过一番争议和妥协，正是成立外门下议院，下议院共设立一百零八个议员席位，其中二十个由宗门指派，其他的则全部从外门弟子中投票选举产生。下议院的职责是对‘太玄宗’外门弟子进行管理，同时有权参与监督宗门所有事务，并且对于宗门一系列发展建设以及决策都有建议权。原先的内门长老院院改组成立上议院，主要负责宗门全部的日常管理和宗门的所有决议，包括选举宗门掌门之事在内。最最关键的一点是明确了掌门真人的地位和职权。‘太玄宗’掌门真人是‘太玄宗’唯一合法代表，全权负责宗门范围内的一切对内对外事务，是宗门的最高领导人，也是一切财政和武力的最高统帅！掌门真人拥有一票否决权，可以否决上下议院一切议案。并且可以在宗门特殊时刻动用宗门内一切物资和武力对外对内发动战争。掌门人任期暂定为二百年。且取消之前的宗门亲传弟子序列，此后掌门人的选举产生从所有‘太玄宗’宗门弟子中选举产生。也就是说不论你修为高低，权利大小，只要你是‘太玄宗’正式弟子都有权利被选举为‘太玄宗’的掌门真人。为了限制和防止出现掌门在位权力过大而对宗门不利的问题，宗门还专门成立了“督察院”，有宗门十一位内门长老担任‘督察院’的督察员，负责针对掌门所作出的决策进行监督，一旦掌门真人作出有害宗门利益或者安全的事情，‘督察院’有权罢免掌门真人的位子，并且联合上议院联合执政管理宗门，直到重新选举产生抽出新的掌门人为止。另外宗门内原先的‘丹药堂’‘炼器堂’等机构全部取消并入新成立的‘宗门产业集团公司’。成立‘财政税务堂’全面负责宗门一切开支和收入。取消原先的‘刑法堂’，成立新的‘司法堂’对宗门范围内的所有非法以及犯罪进行打击审理。而且新成立的“司法堂”为独立机构，任何人包括宗门掌门在内不得参与干涉起日常事务。另外成立一个直属掌门真人的特殊机构“锦衣卫”，负责监督宗门范围所有可能存在的背叛势力，以及侦查外部可能对宗门存在敌意的势力并且打探天下所有消息。可以说袁轶的这一系列改革，完全是把前世米国的三权分立制度和封建社会中央集权制度给融合起来了。
最后、袁轶以现任‘太玄宗’掌门真人的名义对宗门范围内可以掌控的所有势力宣布，宗门将集中一切力量打击叛逆，归属于宗门的所有人都必须无条件的服从宗门的调遣和指派，参与到这场消灭所有叛逆的战争中来。
由于袁轶的强势，加上宗门内玄明子、青丹子等一大部分人背后对他的支持。改革虽然遭到了一些反对声音和抵触，但是总体上还是让愿意比较满意的。无非是再杀几个心存异志的长老和消灭几个反对的小世家而已。
很快不到三个月的时间，‘太玄宗’上下就基本完成前期的改革，重新构建了组织和管理机构。而此时袁轶派人正式的通知仍旧盘桓在三大城内的反叛者：‘投降，向宗门认输。宗门保障其人身安全，并且允许投降的这些人再保留下一定数量的产业和财富在原来的地方继续定居。另外也可以选择带着家人和财产远走他乡。但是如果拒不投降一心抵抗。那么宗门已经召集了十万修炼者大军，甚至后山的很多位老祖已经出关。一战之下定让三大城玉石俱焚寸草不留！’
得到‘太玄宗’通知的这些人，不由的开始动摇最初的信念。但是内心里却又有些不甘心，认为也许这是宗门和袁轶的计谋，要知道袁轶这个小子一贯性的喜欢玩手段。
‘灭兽城’城主府大厅内，此刻已经坐满了人，还有一些身份低的世家子弟则只能站在门外朝里面张望着。
“神使接下来怎么应对，你得给大家伙拿个主意啊！”开口说话的是‘同心城’皮家的族长皮文修。
“是啊，神使大人，这次宗门是铁了心要收拾咱们了。”
“是啊，是啊！，神使大人一定要拿个主意出来。”
下方坐着的众人纷纷开口，而坐在大厅正中主位上的黑衣蒙面男子，双眼目光冷冽却始终一言不发看着众人。
“好了，大家也都别吵吵了。都这个时候了，还能怎么样。无非就是一个‘战’字。”袁正坤此刻站了出来，看着大厅里闹哄哄的诸人。
“袁老怪，你说战，我们这些人就真的能打的过宗门吗？宗门的底蕴难道你不清楚？”一个老者出口反驳袁正坤。
“就是，你袁老怪现在孤家寡人一个，当然什么都不怕。可我们这些人身后都还有家族。”大厅里的另一位也同样表示了对袁正坤提议的不满。
“呵呵，都已经走到这一步了，难道你们还准备回归宗门争取宗门的原谅？”这次开口的是吕九阳，他现在的情况和袁正坤差不多，不过稍微好一些的是他从‘双圣城’逃出来的时候还带了一些家产也族中子弟。
“你们这些人或许不了解他袁家那个小子。我可是领教过的，而且我和袁老怪都是在他手上吃过亏的。现在那小子当上了宗门的掌门，以那混蛋小子的性格，就算现在不追究，日后一定会报复。那小子阴毒的很呢！”
“吕老说的没错！”一直没有开口的黑衣人终于说话了。“此时大家都已经没有退路了。与其想着其它办法不如好好考虑一下如何应对‘太玄宗’后面的打击。”
“不错，神使大人的话说的有道理。”‘灭兽城’的诸葛善站出来道：
“其实，按照老夫的分析，宗门的那个什么狗屁申明，无非是装装样子给别人看而已。一是想乱了我等的阵脚。二是震慑那些刚刚重新归附的家族。三是给其他三大宗门看，希望其他宗门此刻不要打‘太玄宗’的主意。”
黑衣人很满意的点点头，开口道：
“诸葛长老说的话非常在理。他‘太玄宗’真要敢举全宗之力来攻打我三大城，那么就
算是最后胜了，也必然会付出相当惨重的代价。而到了那个时候，其他三大宗门会不会乘此良机打击吞并他呢？”
“嗯，有道理。”大厅内的众人点头称是，也都又开始交头接耳的议论开了。
黑衣男子轻声咳嗽了一下，让大厅众人安静下来后才接着说：
“另外在这里我还要告诉各位一个消息。很快‘紫青宗’就会如同‘太玄宗’一样大乱起来，再也没有余力去支援‘太玄宗’。而神殿的一位长老此刻已经前往‘灭神宗’，或许这个时候‘灭神宗’会有兴趣和我们联手在‘太玄宗’的身上分一块肉。”