经过第一次大战，忍界进入了长达20年的和平期。在此期间，五大忍村都在建设和完善村子的体制，忍者们研发各种忍术和战术，培育出许多优秀忍者。但由于各国资源的差异，一些相对贫瘠的国家，比如土之国和风之国，经济发展缓慢，各国间差距不断加大。因此，以"加大公平特权"为由，各国的武斗派势力抬头，试图以武力来扩张领土。
这二十年的和平只是说没有爆发大规模战争，或者说只是对于木叶而言，期间忍界并非完全没有争斗的，小规模的武装冲突其实时常发生。但其中就有一场蓄谋已久，由多个国家参与的一场灭国战争，发生在第二次忍界大战前，并且在日后影响了整个忍界的未来。
这个国家就是涡之国。根据长门和玖辛奈的年龄以及经历推算，涡之国的灭亡就发生在这二十年的后期，第二次忍界大战爆发前五年左右（之后我会专门做一次关于涡之国的内容）。漩涡一族从此隐姓埋名，流落世界各地。漩涡长门一家迁徒至雨之国，漩涡玖辛奈被派往了木叶，成为了九尾人柱力。
之所以要说到涡之国的灭亡，不仅因为这个事件对整个忍界未来的重要影响，更主要的是它对第二次忍界大战也可能有直接或间接的推动作用。长门和玖辛奈也是这次大战中的重要人物。
不少火迷都认为，涡之国的灭亡就是第二次忍界大战的***，虽然有一定的可能性，但我觉得这种可能性不大。
岸本对于第二次忍界大战情况的介绍并不详细，但这次大战埋下了很多伏笔，改变了许多人的命运，而这些人又影响和改变了整个忍界。第二次忍界大战的影响力，可以说是四次大战中最重要的。
在目前的官方资料里，没有正面介绍大战的真正***，因此也只能从结果去推倒原因。所以，我们先进入正题——第二次忍界大战的那些事。
在木叶三十年代（因为无法确定是在木叶30-40中具体哪一年，只能给这样笼统的时间），位于风火土三国中间的小国——雨之国，此时雨隐村的村长是有"忍者半神"之称的山椒鱼半藏，虽为小国但却有不亚于三大国的武力。四国的矛盾冲突激化，终于由火之国挑起事端，与雨之国开战，第二次忍界大战开始。
开战后，木叶忍者大举攻入雨之国，雨之国沦为了战场。战争中雨之国民流离失所，许多人在战争中丧生，漩涡长门的父母被木叶忍者误杀，长门成为了孤儿，种下了对木叶的仇恨。
随后，风之国和土之国也向雨之国开战，砂隐村和岩隐村忍者也攻入了雨之国。火雨两国是最先交战的，山椒鱼半藏在当时几乎是忍界巅峰水平的实力，与木叶的战斗中未有败绩。自来也、纲手、大蛇丸也被木叶派往雨之国战场，三人也与半藏交战不敌，但三人不俗的战力和绝不放弃的精神使半藏生出惜才之情，因此被留住性命，还得到"三忍"的名号，可谓一战成名。
虽然没能战胜半藏，但木叶整体实力胜过雨隐村，而且雨隐还同时面对风之国和土之国两大强敌。最终，两国以木叶胜出而签订停战条约，木叶忍者撤出战场。在木叶忍者陆续撤离过中，发生了一段小插曲，三忍偶然相遇长门、弥彦、小南三个孤儿。自来也出于歉疚和怜悯，决定独自留下照顾并教导他们。
火雨两国停战后，雨之国仍然与风土两国继续着战争。砂隐村超一流的傀儡师千代婆婆也被派往战场，与山椒鱼半藏多次交战，曾破解了半藏的毒，雨之国也在战场上处于下风。之后，火之国和风之国关系破裂，两国开战。风之国遂和雨之国停战，砂隐村忍者转投风火两国的战场。
期间，砂隐村的忍者在战场中使用千代婆婆的毒药进行战斗，已经成名的纲手和大蛇丸被派往战场，纲手以出色的医疗忍术破解了毒药。千代研毒用毒，纲手研毒解毒，两人在战场上以医疗忍术进行了一场别开生面的对决，最终纲手解毒更胜一筹。此战中，纲手作为医疗忍者大放异彩，"医圣"的地位由此奠定。除了纲手，木叶上忍旗木佐云也在战场上立下赫赫战功，因其手持散发白光的查克拉短刀而被人称为"木叶白牙"。千代婆婆的儿子和儿媳也在此战的一次任务中，被其所杀。
虽然，火之国在战争中始终稍占上风，但是仍无法一举击溃风之国，而成为一场持久战。随着战争伤亡的增加，战场规模的不断扩大，两国对战力的使用激增。年幼的下忍也作为战力，开始被派往战场执行任务。纲手的弟弟千手绳树、宇智波美琴、漩涡玖辛奈、波风水门等从木叶的忍者学校毕业后，也踏入战场。
风火两国酣战之时，雨之国和风之国的战争在还在持续。虽然被风火两国轮流虐了一次，雨之国却依然能与五大国之一的土之国僵持，没让土之国占到多少便宜。此后，土之国和雷之国也有交战。风雨两国停战后，持续了三年多的时间，雨之国的战争才渐渐停歇。此时，长门、弥彦、小南的忍术也有小成，自来也回归木叶，参与火之国的对外战争。
风火两国的战争持续了数年也还没结束。雷之国也在期间对火之国有过战斗，云隐村的忍者在战场中发现了漩涡玖辛奈的特别之处，随后趁木叶村空虚之时，潜入木叶掳走了玖辛奈。在逃回云隐的途中，因波风水门发现了玖辛奈留下的标记而暴露了行踪，最后在火之国边境线附近被波风水门击杀。玖辛奈因此获救，木叶差点失去了九尾。这次事件如果九尾被夺，尾兽平衡一旦打破，木叶甚至会因此灭亡。所幸的是，波风水门及时发现并救出了玖辛奈。
持久的战争，虽然造就了很多传奇，也让一些忍者从磨砺中成长为中流砥柱，却也吞噬了许多忍者没来的及绽放的生命之花和理想之果。比如纲手的弟弟绳树，因误入起爆符陷进被炸的面目全非而死，连内脏也被夺走。纲手因此在木叶高层会议中，提议在执行任务的三人小队中增加一名医疗忍者，以提高忍者生存率和任务成功率。由于同样在战争中失去亲人的断的支持，这个提议力排众议被推行。而这个创举也被其他忍村沿用，而成为忍者战斗单位的基本组成模式。
但不久后，她的恋人断也在这次大战的某次任务中被夺去生命，身为医疗忍者却因此得了晕血症。接连失去两个生命中最重要的男人，纲手公主从此一蹶不振，淡出第二次忍界大战。此后离开了木叶，开始了二十多年的沉沦。
此次大战官方资料中，还没有关于水之国的信息，水之国是否参战的问题还没有依据能够推测。但水之国置身事外的可能性很小，比较可能的假设是水之国参战了，但因为其与诸国地域隔绝，加上残酷统治和忍者培养方式，作为五大国中最小的一国，忍者数量可能不及其余各国，同时奉行如同闭关锁国的政策，可能并没有与其他国家发生大规模持久战，而是一些小规模的奇袭或突袭战。但这只是假设！
第二次忍界大战持续的时间，推算至少是四五年之久，也就是在木叶40年前后的某一年。相比第一次忍界大战，它持续的时间长，除了比拼实力，还有交战国间的持久力，双方都要能耗的起。进行到战争后期，就连学生稚气未消的下忍也上了战场，已经不是初代火影当初期盼的那样。包括后来的第三次忍界大战，战争以其残酷吞噬了大量忍者，毁灭难以计数的童年。
这就是第二次忍界大战的大致情况。在这场战争中，"三忍"成名，长门三人组出现，玖辛奈和水门结缘，包括没有直接出场的蝎，他们的人生都因此开始以各自方式走向历史舞台中央。
但是到目前为止，除了知道各国经济发展不平衡，武斗派势力抬头，才最终导致了第二次忍界大战的。但具体是如何引爆和演变的，却没有任何相关信息。所以，不少人推测是涡之国灭亡，木叶作为盟友而引发的。但前面我说过，这个可能性并不大。
首先，从时间上来说，涡之国的灭亡早于第二次忍界大战爆发数年，即使是要为盟友报仇，为何没有在当时开战。其次，漩涡一族是被众多国家的忍者联合攻灭的，为何就单单挑了雨之国一个小国开始报复。还有一点，如果雨之国参与了涡之国的战争，作为涡之国的遗民，长门一家又怎么会迁徙到敌国安居呢？所以，涡之国事件是***的可能性不大。
虽然岸本没有直接告诉我们，但是我们可以从结果来推倒一种大胆合理的假设。
从长门的叙述中，火雨两国的战争是由火之国先挑起来的，而第二次忍界大战的开端就是火雨两国交战。那么，信奉和平的木叶村，以及稳健的鸽派领导人三代目火影，为何要决定挑起事端呢？这不禁让人疑惑！而且，战争的结果虽然是火之国胜出，但火之国并没有得到任何领土，也没有实际的直接利益，停战后就这样大方的撤离了这个小国。这也很让人不解。
以三代目火影的执政理念，木叶进攻雨隐村不可能是为了扩张领土。木叶的主动出击，一定是感受到了雨隐村的某种威胁和敌意。但在没有切实受到攻击的情况下，仅仅因为敌对和潜在威胁，也还是不太可能会使三代决定开战。即使有团藏这个武斗派，但团藏也不能公然不顾火影的反对。何况，团藏的出发点也是为了木叶的利益。但此战木叶并没得到什么利益，而且还因此深陷战火，损失惨重。
火雨两国的战争中，有两个具有重要影响的事件。一是"三忍"一战成名。二是长门父母被杀沦为孤儿，内心种下了对木叶的仇恨种子。这件事情完全改变了长门的人生，也是他日后和弥彦创立晓组织的开端。
长门并非普通的漩涡族人，他从小被秘密植入了斑的轮回眼，是未来复活斑的重要棋子。而此时的斑，一定还在通过绝，秘密监控着长门的成长。
做一个假设，如果没有这场战争，木叶忍者没有误杀长门的父母，长门的人生会如何？从回忆中可知，长门父母都不是忍者，只是普通的平民，那个年纪的长门也没有在忍者学校学习忍术。可想而知，以长门温柔的性格和平凡的背景，他的人生本应该会是平淡安稳的。
但是，如果是这样，他就不会接受斑的洗脑，也不会学习忍术，那么斑的计划就会落空。日后的带土，是因为意外才遇到斑，这并不在斑的计划之内，培植带土是为了让其代替自己引导长门，并实施其他收集尾兽的计划，同时也是自己被复活的第二层保险。所以，斑爷原本的复活计划里，应该就是由他来引导长门，让他有朝一日能甘愿牺牲来复活自己。
长门父母的意外被杀，沦为战争中的孤儿，这是在向着斑爷期待的那样发展。我们都知道，斑爷为了让带土走上他的歧途，策划了琳在雾隐村的悲剧。带土继承斑的名号，开始实施斑的计划时，为了将长门引导过来，利用半藏和团藏的野心，策划了弥彦之死。简直如出一辙的洗脑方式。先是导演一场悲剧，彻底摧毁你的三观，然后再出来蛊惑，让你接受他的三观，就这样完成洗脑。
如此一来，木叶攻入雨隐村就有了另一种合理的解释。火雨两国交战，其中的幕后推手就是斑。斑，或者说斑和黑绝（斑此时受黑绝的影响。黑绝作为大筒木辉夜留存的意志，一直为了复活辉夜，挑起因陀罗和阿修罗以及他们历代转世的纷争，对宇智波和千手两族世代仇恨和战国时代的战乱贡献不小。）为了让长门能在日后复活斑，而策划了这场战争。
火雨两国的交战产生的连锁反应，开启了第二次忍界大战的序幕。如果这个假设成立，那么第二次忍界大战就是一场由宇智波斑导演的，为复活而打的一场战争。