朱由检明白周延儒的意思，他决定同意周延儒的主张，进行招安。
招安的旨意写好了，朱由检命太监骑快马发往山东济南卫。
圣旨下到济南，余大成接了圣旨，十分高兴。如果招抚成功，自己势必能够继续当这太平巡抚。
可是济南卫有一个人坚决不同意招抚，他的名字叫王道纯。
王道纯，字怀鞠，蒲城人。王道纯行事就和他的名字一样，十分地耿直。按现在的话来说，就是太坚持原则。
无论余大成怎么说，王道纯就是不同意招抚。在王道纯看来，孔有德等人都是一群和土匪没有多大区别的兵痞。他们的造反行为天理难容，无论有什么原因。
余大成与王道纯争执不过，这道招安的诏书，硬是没有发到登州城。
孔有德如今在登州城日夜等待朝廷的招安文书。可是他左等不来，又等也不来。过了快一个月了，最终还是没有等到招安的诏旨。
这反叛可不同于一般犯罪，孔有德越来越没有耐心。他决定去找孙元化讨个说法。
实际上孙元化比孔有德还要着急。虽然自己的奏折发出去了，但他并不确定能不能说服崇祯皇帝。
要知道，当初袁崇焕那么拼死包围京师，连一点反叛的意思都没有，就因为崇祯皇帝不信任他，就把他给斩了。现在孔有德反叛已成实据，想说动朱由检招安，恐怕不那么顺利。
孔有德见到孙元化之后，极不耐烦地问道：“孙大人，如今朝廷迟迟不肯签发招安的文书，我们该怎么办？”
孙元化虽然心中焦急，但还是平心静气地对孔有德说道：“孔将军，你们莫要着急。想来这招安一事，也并非那么顺利。如果你们相信我，我亲自跑一趟京师，为诸位说通此事。”
孔有德与耿仲明等人思量再三，决定同意孙元化的建议。
孔有德将元化和宋光兰、王征、张焘等人放出登州城。为了尽快到达京师
，孔有德派了一条船送孙元化等人前往天津，然后从天津够奔京城。
在孙元化够奔京城的路上，明廷发生了巨大的变化。原先首辅周延儒、兵部尚书熊明遇都主张招安。可是山东巡按王道纯力主出兵平叛。不仅王道纯，陕西道试御史余应桂、兵科给事中李梦辰、御史路振飞把矛头直指周延儒、孙元化。
朱由检并不是个很有主见的人（除了杀人），他见手下众臣都主张平叛，那就平叛吧。
崇祯皇帝即刻下旨命通州总兵杨御蕃，天津总兵王洪率兵五千前往登州平叛。另外，朱由检没等孙元化、张焘等人的脚踏上天津的土地，就下令革去孙元化、余大成等人的职务，并命锦衣卫将其逮捕入京，下诏狱严刑审讯。
朱由检下旨命徐从治为山东巡抚、谢琏为登莱巡抚，即刻前往山东，协助莱州知府朱万年平叛。
徐从治、谢琏接到诏旨之后，不敢怠慢，即刻够奔山东。二人没有去济南卫，而是亲赴前线莱州城。两位巡抚星夜赶至莱州城，发动所有百姓守城。
朱由检这样的态度，令孔有德等人极为不满，造反的意志变得更加坚定。造反的决心有了，但谁来当头呢？
按照李九成、耿仲明的意思，这反叛的统帅非孔有德莫属。但是孔有德虽然没有读过书，但枪打出头鸟的道理，他还是懂的。
孔有德再三推辞，并当众表示李九成父子英勇无匹，起兵造反也是他们倡导的，故此这统兵的元帅应该由李九成来担任。
李九成听了孔有德当众说出这番话，心里美滋滋的。因此，李九成便不再推辞，当了叛军大都督一职。孔有德与耿仲明分别担任左、右副都督。
现在登州已经拿下，叛军的下一个目标便指向莱州。李九成与孔有德等人商议了一番，决定让孔有德、耿仲明率兵一万五千攻打莱州，自己则坐镇登州城。
在攻打莱州的途中，孔有德率领叛军攻下黄县。黄县的富户被洗劫一
空，一时间，孔有德的叛军声威大震，山东境内的官员人心惶惶。
通州总兵杨御蕃，天津总兵王洪所率军兵在掖县八十里外的新城镇与孔有德的大军遭遇。天津总兵王洪发挥出超强的作战能力，刚刚看到李九成的大旗，便率先逃窜。
王洪是跑了，但他所携带的大炮、火枪都留给了李九成。这还等什么，李九成凭借这些武器，罩着杨御蕃的军队猛轰一气。
杨御蕃仓皇迎战，手下军兵被大炮轰得四散奔逃。杨御蕃比王洪还是强多了。他冒着枪林大雨，带着仅有的三百残兵，跑进了莱州城。
崇祯五年二月初三，李九成带兵包围了莱州城。山东巡抚徐从治、登莱巡抚谢琏惊出一身冷汗。因为，他二人是初一才到的莱州城，时隔不过两日。而且整个莱州城的明军满共不过五千人。这可怎么守。
可是既然来了，不守也要守。守城需要军兵，那就募集年轻力壮的年轻人守城。守城还需要滚木礌石，那就把民房扒了。守城需要大炮，莱州城有硝石等火药数万斤，这倒是足够，但是没有炮弹。
知府朱万年用国库里的钱向百姓征集铁器，铁器不够用铜器。两个巡抚外加一个知府，轮流守城。
孔有德兵围莱州之后，也不客气，吩咐架炮攻城。刹那间，城内城外，炮声轰鸣。莱州城的城墙被炸塌了多处，城门好悬没有被炸碎。
登莱知府谢琏也确实有出手的，他命人用土将城门封死，城墙破损的地方加紧修补。半个多月过去了，孔有德仍然攻城不下。
孔有德传书给李九成，希望他速派援兵。
由于叛军血洗了山东诸镇，故此抢夺了不少财物。李九成吩咐招兵，只要来，就有钱，有女人，有前途。
当时全国都在闹饥荒，快要饿死的人多得是。山东自然也不缺少灾民。李九成的招兵令一出，不到一个月，就招了几万人。
孔有德手下的军兵立刻增至四万人。