袁崇焕先是进驻山海关，后来亲自前往宁远。袁崇焕先是把领头闹事的杨正朝、张思顺抓了起来，通过策反二人，袁崇焕又抓了十几个参与闹事的兵油子。袁崇焕可没有毕自肃那般菩萨心肠。正所谓慈不养兵，袁崇焕二话没说便把这十几个人给斩了。
杀了带头闹事的兵痞子，袁崇焕腾出手开始处置玩忽职守，听之任之的将军。首先，中军主将吴国琦被当众砍头。说起吴国琦，心中也是一团火。兵士们没有发军饷，自然也没有这位中军大人的。当士兵造反的时候，吴国琦眼睁睁看着自己的上眼皮朱梅被兵士们给抓走了，而无动于衷。
可是袁崇焕的到来，让这位吴国琦吓了一哆嗦。他了解袁崇焕，袁崇焕与毕自肃不同，他是个刻薄寡恩，毫不留情的人。可是无论吴国琦如何辩白，袁崇焕还是拿他的人头，祭了毕自肃的灵位。
袁崇焕一共处置了十几个将军，其中包括参将彭簪古，都司左良玉。杀并不是最终解决办法。这些将军大部分被请回了家，当然工资是没有的。
袁崇焕处置完了兵变事宜，接下来就是组建自己的军事集团。他向崇祯皇帝举荐了蓟镇总兵赵率教、中军副将何可纲、锦州总兵祖大寿三人，声言借此三人，必定可以收复辽东。
至于原山海总兵满桂，由于王之臣的下野，他与麻登云、黑云龙都被崇祯给贬了。麻登云跟着满桂到大同接替渠家祯做大同总兵。而黑云龙则辞职回乡了。
袁崇焕做了蓟辽的督师，官职可谓显赫一时。他放眼关外，心中踌躇满志。可是他看着看着，原先激荡的心情变得有些焦躁起来。
因为，他看见在大金的后方，一个叫皮岛的地方，有一伙明军，他们的首领叫毛文龙。
说起毛文龙的人生经历，可谓精彩纷呈。
毛文龙懂兵法，晓战机，最擅于游击战。在皮岛的这几年，他不断骚扰大金的后方，搞得皇太
极脑仁都疼。
毛文龙自从和登莱巡抚袁可立闹僵了之后，毛文龙从此不再受蓟辽总督或者是巡抚的节制，他只听命于皇帝。他手下拥兵四万，战船数千艘。毛文龙一方面不断向朝廷邀功，希望朝廷能够给他多发粮饷，另一方面，他控制了日本到朝鲜、辽东等地的海运，做起了走私生意。
无论哪个年代，走私生意都是很赚钱的。因为可以避税。
毛文龙也不例外。这些年，毛家的走私生意做得风生水起。就是整个辽东的明军也没有他有钱。
以前的历任总督对于毛文龙都睁一眼闭一眼，因为毛文龙在皮岛上，有效地牵制了大金。故此，长久以来，皇太极都不敢把兵带到山海关边上。
可是袁崇焕却并不打算继续以前总督的做法。他是个心胸狭隘的人，他觉得凡是不听他调遣的人都得死。
袁崇焕刚一升任蓟辽总督，皮岛的毛文龙就知道了。毛文龙是个精明得不能再精明的老兵油子，他对袁崇焕早有耳闻。可是毛文龙却是个并不怕事的人：“你袁崇焕官大了不起吗？皇太极都不能把我怎么样，你又能把我如之奈何？”
袁崇焕对于毛文龙也十分头疼。同为大明将领，自己总不能因为看毛文龙不顺眼，就对他兴师问罪吧。
袁崇焕思来想去，决定对于皮岛的生意插上一杠子。
自从觉华岛金冠死后，觉华岛上便没有了明军驻防。天启七年至崇祯元年，蓟辽总督张凤翼几乎放弃了觉华岛。
袁崇焕升任蓟辽督师之后，他决定重新组建辽东水师。他从登莱两地调集了两个水师营，驻扎在觉华岛上。如今的觉华岛已经是一片废墟，如果重建觉华岛水师营，需要大量的金银。
袁崇焕对毛文龙下了一道军令，命其所有过往船只，只要是装货的，必须现在觉华岛检查。
此令一出，毛文龙吓了一跳。如今袁崇焕手握大权，毛文
龙作为下级官员，他不得不听从。但是如果货物真的在觉华岛靠岸，恐怕开往皮岛的货物不会有原先的十分之一。
毛文龙如热锅上的蚂蚁，坐卧不宁。他决定上奏崇祯皇帝，希望由皇帝出面，制止袁崇焕的这道命令。
崇祯皇帝也很为难，作为大金后方的一颗钉子，毛文龙的作用实在是不容小觑。按照户部每年给毛文龙的拨款，并不足以养活这四万兵士。如果真的扼住毛文龙的咽喉，只怕毛文龙反叛，会对大明更为不利。
朱由检权衡再三，下旨让袁崇焕对毛文龙不要做得太苛刻。
旨意传到袁崇焕那里，袁崇焕更加生气。这袁崇焕本身就不是个心胸宽广之人，而且堂堂蓟辽督师连皮岛一总兵都节制不了，传出去，袁崇焕的脸还能往哪儿搁，关外的军兵哪个还能听从他的调遣。
袁崇焕决定除掉毛文龙，以绝后患。
毛文龙在皮岛上提心吊胆了数日，终于等到了袁崇焕撤回军令的消息。不仅如此，袁崇焕还送来了十万两雪花白银，作为毛文龙的军费。
毛文龙简直有些受宠若惊，他怎么也没有想到袁崇焕会如此做。作为回谢，毛文龙打算亲自去一趟宁远，拜望一下这位新任的蓟辽督师。
在毛文龙即将动身之前，大将陈继盛提醒毛文龙：“大帅此番前往宁远，凶多吉少，还是不去为上。”
毛文龙沉吟半晌，摇了摇头：“我听闻袁崇焕此人鼠肚鸡肠，最不能容人。如果我不放低姿态，恐怕他将来不会放过我。”
陈继盛见毛文龙去意坚决，便不再阻拦。
毛文龙带着四劳之礼，坐船来到宁远城。袁崇焕早早地出城迎接。
两人见面后，寒暄了两句，便并辔入城。城中总兵衙门早已为毛文龙摆好了一桌接风洗尘的酒宴。
酒席宴上，毛文龙对于袁崇焕可谓恭敬得无可无不可，姿态放得极低。