在袁崇焕的力荐之下，朱由检任命黄龙为东江镇总兵官，归辽东巡抚高第节制。按理说黄龙之前只是正三品参将，而总兵一般都是一品，中间还隔着个二品副将，晋升似乎太快了点；但毛承禄已经是正二品，黄龙要想节制他，当然得比他品级更高才行。
黄龙之前一直郁郁不得志，这次一下升为一品大员，出镇一方，自是喜出望外。曹文诏却是十分眼红，虽然嘴上不敢说，心中却有些抱怨朱由检，也不看在李崇瑶的份上，照顾照顾他这个老熟人。
朱由检早看出他的心事，笑呵呵地道：“曹将军，不要着急。过几天你随朕一起回宁远，今后立功的机会还多着呢，拜将封侯也不是难事。你的长处是骑战，朕还打算让你统领关宁铁骑！”曹文诏这才转忧为喜。
接下来的几天，黄龙与毛承禄等人冒险乘船渡海抵达铁山，将城中的士卒分批撤到皮岛。与此同时，朱由检与袁崇焕又开始清查各岛上的居民。因为皮岛上除了边军之外，毛文龙还聚拢了不少百姓，有的是渔民，有的是做海上走私生意的商人，当然也有不少情愿或是不情愿的倡技，加起来竟有三四万之多。
对于这些人，袁崇焕主张将他们全部发回内地，以免兵民混处，使边军产生松懈怠慢之心。尤其是那些走私商人，违反了朝廷法度，更应从严治罪。
朱由检思索了半日，却首先将那些走私商人集合到一起，亲自训话道：“尔等不遵朝廷法度，擅自出海走私，罪可至死！”
这些商人立时吓得魂飞魄散，痛哭流涕告饶不止。朱由检却奸笑着道：“不过朕有好生之德，也知道你们多是因为家境贫困，实在活不下去才冒险出海，法无可恕，情有可原。现在朕给你们指一条活路，不知你们肯不肯走？”
这些走私商人一听可以不死，当然庆幸不已，皆磕头如捣蒜道：“只要万岁爷饶小人等不死，情愿为朝廷当牛做马！”
“那倒不必。”朱由检悠然道，“你们之前走私挣了银子，不过估计也花了不少，现在要你们退，恐怕也退不出来了。只好把你们的船只充公，此前的走私行为既往不咎。”
船只就是这些走私商人的饭碗，把船没收了他们当然不会高兴。但比起掉脑袋，这已经是莫大的恩典了。众人正要谢恩，朱由检却又借着道：“但是没有了船，你们生计无着，朕也不愿意看着你们饿死。这样吧，朕要成立‘皮岛商行’，你们要是愿意加入的，可以继续留在船上干你们的老本行；不愿留下的也不勉强，等风暴结束后，官军把你们送回原籍，此后再不得进行走私。”
这些人都是在家中活不下去才出来走私的，谁肯回去等死？因此皆道：“小人等愿意留下！”
朱由检满意地笑道：“好！不过，皮岛商行算是官民合营，自然要有些规矩，与你们过去胡乱走私有所不同。首先，每条船的船长从边军水师中选拔，并且选派士卒上船，实行军事化管理。如果遇到紧急情况，船长有权临机处置；但一般他们不会干扰你们正常做生意，与夷人接触时，也不会暴露身份，只装作你们的伙计。这么做也是为了你们的安全着想，以后每次出海有官军保护，岂不是好？”
其实这些走私商人过去偶尔也会做一些类似海盗的抢劫行为，如今一听船上有官军监管，这种事自然做不成了，有些人便犹豫起来。朱由检也不客气，凡是不同意的立即剔除出去，连个重新考虑的机会也不给。
剩下的自然是些老实本分的商人了，皆对军管没有异议。朱由检便接着道：“贸易的利润，官民五五分成；官军在船上的饮食自带，费用自理，如确需征用你们的物资，返回皮岛后照价付银。账册一式二份，一目了然，互不相欺。怎么样？”
这些商人一听又是老大不情愿，因为走私贸易利润丰厚，白花花的银子谁愿意和人分一半？但转念一想，现在船都没了，如果不做，那就一两银子都挣不到了；反之，如果接着做，虽然单次的利润减少了，但这可是皇帝亲口许可的贸易，并且有官军保护，可以正大光明地进行，也不用藏着掖着了。只要多跑几趟，说不定比过去挣得还多。因此权衡利弊之下，大多数人还是选择同意。
最后，朱由检肃容说道：“朕知道你们过去没少和倭人、朝鲜人甚至是女真人做生意。今后，此种生意还可以做，但是贸易的种类必须严格限定。比如，对女真人只可出售茶叶、瓷器等物，严禁出售粮食、铁器及军械弹药。并且绝不可泄漏你们已经加入商行的秘密，否则以通敌论，定斩不饶！”
众人虽然不大理解朱由检的用意，不过皇帝发了话谁敢不从，也只得凛遵而行。包括袁崇焕等人在内，都不明白朱由检为什么对这些“细枝末节”的事如此上心，朱由检也懒得跟他们多解释。
其实朱由检此举有两大用意。第一，现在大明水师力量十分薄弱，最突出的问题就是缺少船只。创立海运商行官民合营，就可以实际控制这些走私船，必要时转为军用。朱由检可不是只盯着皮岛这点船，如果这个方法可行，他就要大规模，在短时间内先把船只的数量弄上去再说。
第二，对外贸易一直是朱由检的的改革计划中颇为重要的一环。地理大发现这个重要历史机遇，大明已经错过了，朱由检不想在蓬勃发展的全球海上贸易中再次落后。
但是全面改革牵涉甚广，由于农耕文明的保守思想根深蒂固，朝廷解除海禁又并不彻底，包括完善的海关监管、税收等一系列与外贸有关的制度还根本没有创立，完全放开民间贸易的时机还并不成熟。现在朱由检先建立一个官民合营的商行，也是在为迟早都要到来的改革先行试水。至于效果如何，那就得套用前世曾经流行的一句话：实践是检验真理的惟一标准！