魏忠贤虽然死了，但这场震撼整个大明官场的地震还远远没有结束。不论是朝中还是地方官员，很快就分为泾渭分明的两派。
一派以内阁阁臣黄立极、施凤来、张瑞图、李国普为首，他们或本身就是阉党，或与阉党过从甚密，都怕崇祯对阉党穷追不舍，算账算到自己头上。因此一方面玩命地揭发魏忠贤的各种不法行为，竭力与魏忠贤撇清关系；另一方面对崇祯明令逮捕的“五虎”田吉、吴淳夫、李夔龙、倪文焕，以及“五彪”田尔耕、许显纯、孙云鹤、杨寰、崔应元等人暗中维护。因为这些人都是阉党中与魏忠贤关系最密、为祸最烈者，如果他们都能从轻发落，那自己就更容易蒙混过关了。
尤其是负责会审这些犯人的刑部、大理寺和都察院这“三法司”，很多官员自己就是阉党，审起案来自是避重就轻，并且将大部分罪责都归于死鬼魏忠贤，对五虎、五彪等人则颇有维护之意。
第一轮审讯完毕，三法司仅将田尔耕、许显纯二人问成了充军、籍家之罪，孙云鹤、杨寰、崔应元削职为民永不叙用。至于田吉等“五虎”，则仅仅是罢官了事。
而另一派官员，则是与阉党无甚瓜葛，甚至是前几年受到阉党打压的东林党人。他们很想借着这个机会，将攀附阉党的齐党、楚党、浙党等政治势力统统连根拔起，恢复东林党昔日的辉煌。因此他们坚决主张严审钦犯，并且不停地上疏参劾其他阉党成员，上至首辅，下至国子监的监生，凡是与阉党沾点边的，无不在他们的参劾之列。
在这场你死我活的斗争中，崇祯皇帝的态度无疑起着至关重要的作用。但令很多人感到不解的是，皇帝似乎并不急于处置阉党成员。除了五虎五彪，朱由检并未再逮捕其他阉党，甚至就连魏忠贤的侄子魏良卿也好好地呆在府中。
这时京师的大街小巷上已经在纷传，说崇祯此次进京，倒有一多半是因为魏良卿要娶郡主朱存棋。而朱存棋早是崇祯的意中人，崇祯理应对魏良卿有“夺妻之恨”。就这样都不重责魏良卿，说明皇帝生性仁慈，无意将所有阉党大臣一网打尽。
外界猜测纷纷，朱由检却不为所动，仍按照自己的节奏，传出一道道看似各不相关、实则环环相扣的圣旨。
首先，他宣布为“东林六君子”平反，并立即命燕凌赶至河南几人的隐居之地，将六人请回京师。
这下真是满朝大哗，谁都以为杨涟、左光斗等人已经死在锦衣卫诏狱里了，哪料想是被当时还是信王的朱由检秘密救出？只凭这一件事，很多人就断定，皇帝是绝不会轻饶阉党的。
第二，朱由检令各地捣毁为魏忠贤立的“生祠”，但对当时提议修祠之人则不予严惩，只要求谁最先提出动议的，修祠花了多少银子，现在得个人掏腰包，将双倍的罚银交入国库。
这下又让阉党中人觉得皇帝还是打算高抬贵手，几个银子他们还是掏得起的，于是纷纷认罚。就连辽东巡抚袁崇焕，当年迫于魏忠贤的银威，不得不违心地在宁远立了生祠；此时也只好上表请罪，并乖乖地交了几千两银子的罚款。
第三，朱由检令各地守备太监、镇守太监、监军太监回京述职，并重新进行任命。这些太监里有不少是魏忠贤的死党，比如南京守备太监管宁，一听魏忠贤死了，都没等朱由检下旨，直接弃镇逃跑，不知所踪。其他党附魏忠贤的太监也人心惶惶，但又不敢不回京师，只得硬着头皮启程。
当然也有些太监觉得自己和魏忠贤关系不大，这次可是个获得皇帝重用的好机会。因此有的人还没到京师，就开始暗中活动，让一些无耻的官员编造一些自己的“德政”，以图博得崇祯的好感。如果能混进司礼监，那就更妙不可言了。
第四，朱由检宣布五虎五彪之案尚未审清，将择日在京师最热闹的正阳门外天桥上进行公审，并且皇帝亲自主审！
这下又是满朝大哗，一方面，皇帝这道旨意等于彻底否定了“三法司”的审判和量刑，让阉党中人惶恐至极；另一方面，皇帝亲自主审，还是在宫外的天桥上公审，这简直闻所未闻！
因此，很多大臣纷纷上疏劝阻朱由检，不单是阉党，也包括一些中立派和东林党，合计竟有四五十人之多，带头的则是内阁的四位辅臣。理由则完全相同：不合礼制。
第二天，朱由检以一道极其简短的的圣旨，干净利落地向众人做出了回答。这道圣旨只有五个字：“听朕独断行！”
圣旨一出，黄立极做为首辅的面子可有些挂不住了。他觉得如果真是皇帝独断独行，还要内阁辅臣干什么？持有这种想法也不止他一个，黄立极与其他几位阁臣，以及六部官员商议过后，行使了“封驳”之权，竟把朱由检这道圣旨给退了回去。
朱由检也吃了一惊，他原本以为自己当了皇帝，群臣自然要百依百顺。没想到内阁还有这么大的权力，竟连圣旨也能退还！
后来他从《皇明祖训》中查到，原来这“封驳”制度古已有之，明代同样继承下来。其本意是“凡制敕有不便于时者，得封奏之”，说白了就是皇帝的圣旨如果出于一时冲动，或者实在不靠谱，内阁可以将其退回，让皇帝再慎重考虑一次。
这样看来，这项制度还是有它存在的必要，因为皇帝也难免有犯错之时，这等于给了皇帝一次纠错的机会。而且最关键的是，如果皇帝心意已决，即使“封驳”了，皇帝还可以再次降旨，这时内阁再“封驳”，那就是抗旨不遵了。
明白了这一节，朱由检当即把圣旨原样发回内阁，仍是“听朕独断行”五个大字。
黄立极看罢觉得脑袋嗡嗡作响，已知这位年轻的皇帝看似话不太多，却是极有主见，亲自公审这件事怕是难以更改了。但抱着最后的一线希望，他又上奏称自己年老体衰，票拟太多力不从心，恳请辞官回乡养老。
这一招“以退为进”也是内阁大臣经常用的，而且屡试不爽，皇帝一般总会挽留。因为内阁负责票拟，简单说就是替皇帝做出决策，皇帝只需点头同意就行了。国事繁重，没了阁臣的辅助，皇帝一个人哪能忙得过来？因此黄立极将奏折递上去后，还是有所期待的，心想就算皇帝不改初衷，怎么也得对自己安慰几句，他这个首辅也就在朝臣面前赚足面子了。
哪知圣旨很快再次传来，这次更简单，只有两个字：“准奏！”