自从朱由检御驾亲征，温体仁在京师很是消停了一阵，在内阁基本上一言不发，东林党人还以为他转了性。其实他们是太低估温体仁了，此人老谋深算，深知东林党势力强大，故平时蛰伏不动，只有在时机绝佳时才会狠狠出手。第一次挤掉了钱谦益，第二次搞臭了周道登，这次终于又等来了机会，哪肯轻易放过，当即出班奏道：“圣旨乃天子敕令，岂可有错漏之处？乔允升认为是女官笔误，臣以为未必。圣旨自宫中出，经内阁至接旨之人，难道就没有被篡改的可能？张庆臻起先不是还指郑齐心篡改圣旨么，焉知张庆臻不是贼喊抓贼？”
李标一向看温体仁不顺眼，当即愤然道：“陛下，臣以为温体仁是危言耸听！说内阁篡改圣旨，温大人可否指出具体是谁？张庆臻更不可能，只他的旨意有错，一查便知，他不是自讨苦吃？”
温体仁则毫不退让，冷笑一声道：“李大人何必激动，下官也没说一定是内阁篡改圣旨，只是说有这种可能性。至于自讨苦吃，也不见得就没有这种蠢人。如今没有证据，妄议该由谁担责并无意义，还应仔细鉴定笔迹，看看到底是直接写错，还是经过涂改，然后再下定论不迟。”
钱龙锡心思缜密，早明白温体仁是借题发挥，想把这件事搞得越大越好，便转对朱由检道：“陛下，如温大人所言，到底错在何处，只恐一时难以查清。臣倒是以为此事原非大事，陛下乃宽仁之主，把错误纠正也就是了。”
“此言差矣！”温体仁却不依不饶道，“如确系笔误，说不是大事还勉强说得通。可如果不是笔误，而是故意涂改，那就是天大的事了。圣旨如可篡改，天下何事不可篡改伪造？陛下宽仁，却绝不纵容姑息奸佞之辈！”
首辅韩爌也觉得温体仁说得太过，打圆场道：“只是一笔之差…”
“一字之差可小可大。”温体仁当即顶回去道，“如拨付粮饷，十万和千万亦只差一笔，然此一笔便可动摇国本！”
其他东林系大臣还要责难温体仁，朱由检忍无可忍，断喝一声道：“不要吵了！此事极其严重，必须彻查！”
这一句话就定下了调子，东林系大臣虽然有心偏袒刘鸿训，也不敢多说了。至于刘鸿训，更是忐忑不安，一声也不敢吭。
“温体仁所言不错，这道出错的圣旨得先找专家鉴定。”朱由检虎着脸道，“众卿说说看，谁是这方面的权威？”
温体仁胸有成竹，立即奏道：“陛下，前礼部尚书董其昌是当世最负盛名的书画鉴定大家，其人就在京师，何不让他辨认？”
温体仁这一提醒，朱由检才想起来，自从上次“民抄董宦”事件后，为了诱捕董府那个实为白莲教徒的管家，并未治董其昌的罪，只让他在家闭门思过，并以重金赔偿民女绿英的家人。后来京师保卫战起，自己早把董其昌给忘了。
说到董其昌，朱由检又想起当日在拍卖会上与董其昌交锋的那个徐川，也就是徐渭的后人。徐川进京本来是想赶考的，但是恩科已经结束，他又身无分文，朱由检便让他加入五洲商社，在古玩店帮忙。听朱存棋说，徐川继承了祖父的造诣，现在已经是京师书画古董界颇有名气的鉴定人，朱由检很想找个机会重用他。
现在既然想起来，朱由检便道：“着锦衣卫立即传董其昌和徐川进宫，先不要给他们说任何事，两人分别鉴定这道圣旨的笔迹，看看他们怎么说。”
锦衣卫领命即行，没过半个时辰，已将二人带到。这两人不愧是经验丰富的鉴赏家，很快就得出相同的结论：圣旨上的“二”字，系在“三”字的基础上加描而成。虽然乍一看看不出什么，但因为书写时间有先后，墨迹有深浅，还是能看出端倪。根据墨迹判断，涂改时间最起码晚于初写时间一到两天。
温体仁听罢当即冷笑道：“陛下，此事已十分明了，如非内阁有人做手脚，就是张庆臻接旨后自行涂改。因为如果是女官涂改，不会间隔那么长的时间。”
“可恶！”朱由检怒道，“到底是谁胆子这么大？”
“内阁连中书舍人二十余人，每人均可接触到圣旨，臣亦在其内，一时难有头绪。”温体仁道，“不如先从张庆臻处查起，如张庆臻确不知情，则倒查内阁，臣愿第一个受查！”
“那就先查张庆臻吧。”朱由检冷哼道，“张庆臻现在是正阳门兵马司指挥使，乃是武职，就让锦衣卫查吧。”
张庆臻这可真叫搬了石头砸自己的脚，本想整治郑齐心，没想到把自己整进了诏狱。对付他这样的人，锦衣卫还用动刑么？严振纲有的是手段，仅仅是与张庆臻“推心置腹”谈了小半个时辰的话，张庆臻的心理防线就彻底崩溃，把整件事和盘托出。
朱由检闻奏大怒，立即下旨将大学士刘鸿训革职，交刑部严审定罪。乔允升还想为刘鸿训开脱几句，朱由检嗔目大怒道：“就算刘鸿训擅改圣旨并非存心谋逆，为何东窗事发，朕召集各位严查此事，他还不承认？这不是欺君是什么？！”
刘鸿训锒铛入狱，京师震动。一时间为刘鸿训求情的奏折如雪片般飞往养心殿，说法不外乎是刘鸿训一时不谨，求朱由检法外开恩之类。朱由检不为所动，每天都催促刑部、都察院、大理寺三法司会审，速审定案。
可是三天过去了，三法司总说还未审完。朱由检心中动怒，悄悄派锦衣卫混入刑部大牢察看。这一看不要紧，刘鸿训根本就没审，乔允升还数次和他商议，看看怎样定案能减轻罪责！
这下朱由检可真暴跳如雷了，当即下旨：“刑部尚书乔允升包庇刘鸿训，执法枉法，其罪非轻。着即革职，交三法司及锦衣卫联审，钦此！“