朱由校看完弹劾孙承宗的奏章以后，心中一团怒火在燃烧。内阁首辅在皇帝微服私访期间做的这些事，都是在事先征得朱由校同意的。有很多事情是朱由校交给枢辅的任务，比如说招募新兵，加强训练，扩充军备，严防国内奸商走私物资给后金。而今孙首辅的这些功劳却变成了他谋反的罪状。不过看到这些奏章，朱由校也确实觉得在明朝的政治体系下，内阁首辅抓军权确实有些敏感，尽管是皇帝授权。
面对着这个尴尬的局面，朱由校先是安慰孙承宗：“先生，最近辛苦了。朕出巡山东这三个多月，你管理朝政管得很好，天下安稳，这是一份功劳。”
“回陛下，臣没有功劳，臣只是谨遵圣喻而已。臣年老体弱，希望陛下能准许我辞官回乡。”
“先生不要受那些卑鄙官僚的影响，不要轻易退缩。你明明知道，朕需要你的辅佐，朕怎么可能让你辞官呢。”
“臣面对他们的指责，百口难辩，何况臣只有一张嘴。”
皇帝翻看了几份奏章，他发现有已知的东林党人的姓名。朱由校觉察到这可能是党争的开始，东林党内部有人想借此升官发财，这个事情要好好调查，说不定能揪出一条大鱼。为了慎重起见，他询问孙承宗对此事的看法。
“先生，你希望朕如何处理这些恶意诽谤的朝臣？”
“回禀陛下，臣以为真的对他们进行严厉处置的话，会阻塞言路。如果陛下还想重用臣的话，圣上可以写一道诏书说明臣在皇上外出之时执政没有过错，这样臣就心满意足了。”
“如此轻易地饶过这些伪君子，太委屈先生了？”
“陛下言重了，受不了委屈还当什么内阁首辅。”
“行，目前就这样办吧，不过这些居心叵测的乱臣，朕是不会放过他们的。先叫司礼监的王安紧急发一道诏书，说朕巡游完毕，现在已回到紫禁城。然后礼部尚书袁可立，你写一份票拟说明孙承宗这几个月的功绩，在傍晚之前送到司礼监盖章发出去。”
“是，陛下。微臣一定如实表彰枢辅的任劳任怨。”袁可立应声答道。
“你们都退下去做事吧，朕旅途劳累，要休息一下。”
“是，陛下，臣告退。”二人应声答道。
孙承宗和袁可立退下以后，皇上回到乾清宫休息。朱由校先是在宫人的伺候下，沐浴洗去一身的辛苦与疲惫。朱由校靠在澡桶的边缘上，慢慢回忆起微服私访时发现的问题。皇帝不是不知道做事，他是要做的事情太多，但又不可能一次性做完，朱由校准备分出个轻重缓急依次来做。
在皇上深思国事的时候，在皇帝返京的同一天，雄伟壮丽的北京城来了两位官员，他们年龄不同，官职不同，但他们都是有
政治抱负的人物，他们都希望出人头地，在官场上更上一层楼。
年纪较大的这位官员来自浙江乌程，他叫温体仁，是万历二十六年的进士。温体仁本来是南京的官员，他是詹事府少詹事，职责是掌南京翰林院事。但因为即位仅仅一年，皇帝就以贪污罪名处死不少官员，京城出现了官员短缺一时供应不上，就从南京调官员来北京，温体仁就是这其中的一员。
温体仁今年已有四十八岁了，在南京的官僚里头，他以清廉和能干而著称，他从不收受贿赂，不管多么复杂琐细的文件到他手里头都能快速解决。但是在处理朝廷公文方面，他是效率奇高的行家里手，但是在具体的行政事务上，他没有实际操作能力，毕竟他没当过地方官僚，也不是在边疆的战火氛围中长大，温体仁只是一个精通文墨的老翰林而已。
老翰林对自己的官职并不满意，他的理想在内阁。温体仁的特殊心计能力似乎是与生俱来的，他无法用高深的概念、抽象的理论来解释社会，但能凭直觉感受到人际关系的真谛，现实感要远远超过那些风雅的书生。温体仁不愿意跟士大夫们去烟花脂粉之地喝酒作诗，因此他在南京这些年遭到了同僚的冷落。他对人性之恶有着切肤之痛，以毒攻毒、以恶制恶成了他的人生信条。温体仁现在最需要的是一个机会，一个得到皇帝信任的机会。
年纪较小的这位官员来自广东东莞，他叫袁崇焕，是万历四十七年的进士。对于当了十三年举人的袁崇焕来说，这是他人生的重大转机。近三十年的苦读与家庭供养，终于自平民而致仕宦。袁崇焕的第一个职务是福建邵武知县，今年他来京城朝见皇上。他很幸运，袁崇焕得到了御史候洵的赏识与推荐。
袁崇焕身材短小精悍，肤色较暗。作为一个三十七岁的下级官员，他自信、胆识过人，有时甚至显得狂妄和目空一切，终生对于权力与荣誉的追求是个人的激情所致，这是袁崇焕固有的习惯。在讲究班次、资历的王朝政府中，屈在下层的官员能脱颖而出，在于捉住契机而敢于冒险。如今正是明朝的多事之秋，袁崇焕以熟读兵法自傲，他和那些懦弱胆怯的文官很不一样，他想在战场上建功。
这两位官员对未来有美好的憧憬，但目前来讲，他们的事业还只是镜中月水中花。皇帝从济宁带过来的阎应元已经住进了京军营房，穿上了崭新的盔甲，把坚固的护臂套在胳膊上面，戴上了六棱铁头盔。这是京营哨长的制式防护装备，阎应元初来乍到就当上了哨长，大约管一百五十个步军士卒。
阎应元在京营的大铜镜面前照来照去，他看到自己威武挺拔的身影，很是高兴。作为一个关系户，哨长阎应元需要实实在在的战力来让底层的大兵服气。来到京城的第一天，他顾不上休息，在京营接受体能上的测试。
测试的结果非常不错，阎应元能把四百斤的石头举过头顶，他射箭百
发百中，负重跑的速度在全军中名列前茅。他唯一需要的是训练骑术和练习火器的使用，以及熟悉军营的规章制度。
皇帝并不是独自回来的，他在泰山花了一千两白银为妙兰、妙蕙两位道姑赎身，并带到了紫禁城，安置在后妃居住的启祥宫居住。这两位道姑和铁冰之铁媚父女俩是在济宁，朱由校与河道总督左光斗对话时，才知道面前的这位贵人就是大明的真龙天子，这二位道姑自觉撞了大运。
朱由校回到乾清宫，他先是用午膳，然后就马不停蹄地继续办公。皇上在这里召见了司礼监秉笔太监刘若愚和锦衣卫指挥使骆思恭，他将弹劾孙承宗的奏章交给刘若愚，皇帝下令骆思恭协助刘若愚调查写弹劾奏章的每一位官员，要调查清楚他们的籍贯、家庭背景和人际关系。调查完毕以后，尽快向皇帝汇报。两人领命退下去调查。
天子依旧待在暖阁里，他把微服私访的心得整理在纸上。朱由校先把问题写出来，然后再加以分类，比如说土地问题、吏治问题、海贸问题、私盐问题等等。写了整整一个下午，到了傍晚，礼部尚书袁可立把写他的关于为内阁首辅辩解的奏章送给皇上审核，主要内容就是论述了内阁首辅在得到圣上授权以后，对朝政的管理没有丝毫的问题，论证了孙承宗谋反一事纯粹是子虚乌有。朱由校看完以后盖上他的大印，作为诏书发布出去。
晚上，朱由校到坤宁宫和皇后张嫣一起用膳，为了庆祝巡游归来，特地准备了九道菜的大宴。皇帝当政以来，厉行节约，每顿饭只是四菜一汤，九道菜已经可以说是大宴了。九道菜摆在席上，异香馥郁，菜品新鲜。
小皇后张嫣今天上午就知道皇帝回宫了，这两个多月悬着的心总算放下了，她真的害怕皇上一去不回。然而皇上一回来就忙着国事连后宫的门也没迈进一步，张嫣到了晚膳才与朱由校见面。帝后二人对面而坐。张嫣鼓起勇气把她的想法跟皇上讲：
“皇上，您可否记得正德皇帝下江南的事？”
“正德皇帝下江南发生什么事了？”
“下江南回来时，在淮安的清江浦，正德皇帝在运河西岸的积水池泛舟。正当兴高采烈的时候，不料船翻了个底朝天，这位大明天子竟然落水，左右侍臣一齐争抢入水救护，七手八脚好不容易把正德皇帝捞上岸。受到冷水的刺激和落水的惊吓，正德皇帝就此染病，身体一蹶不振，直至病死。”
“皇后对朕有什么看法，直说就好了，不必拐弯抹角的。”
“臣妾不敢，臣妾只是担心皇上的安危，希望皇上以史为鉴保重好自己的身体。”
“朕知道微服私访确实有些风险，但是这朕作为一位君王的决定，是为我大明江山的长治久安。皇后应该理解，而不是干预。”
“臣妾知错了。”