天启元年的秋天，连绵阴雨满天飘落，老天爷像发了疯似地，一个劲儿地下雨。黄河、淮河水位猛涨，甚至漫过了河堤。
大运河以及黄淮支流，都改变了旧日的模样，浑浊的河水怒吼着、咆哮着，呼啸而来，奔腾而去，卷着泥沙，冲击河岸，打着令人心惊胆寒的漩涡。站在高处，放眼四望，只见水雾蒸腾，浊浪排空，到处是一片汪洋。
现在大水漫堤，祸从天降，四乡八寨的难民纷纷拥进附近的县城里。大街小巷，庙宇寺观，城墙根屋檐下，到处搭起了简易的窝棚，堆放着湿淋淋的行李，挤满了面黄肌瘦的逃难百姓。店铺关门，粮架飞涨。
负责治水的左光斗和徐霞客正在指挥民夫加筑河堤，此时的他们也参与到劳动中去，堂堂的河道总督、大名鼎鼎的旅行家现在满身泥浆，非常狼狈。湿透了的衣衫，抵挡不住阴雨中的瑟瑟秋风。左光斗心情沉重，不禁打了个寒颤。
徐霞客野外生存经验丰富，这点秋雨不能影响他分毫。左光斗看着专心指挥治河的徐霞客，叹息道：“我左光斗真是对不起圣上的信任，河患依旧凶猛，百姓不能安居乐业。”
“左大人，河政败坏已有多年之久，不是一朝一夕就能解决的。”徐霞客安慰道。
锦衣卫的高官许显纯正在济宁的一处街道上，当众虐杀阻拦河工的人。许显纯离京南下之前，皇帝曾经指示过他：“对这些阻拦河工、危害社会安全的土豪劣绅，一律处以重刑。只要是敢闹事的，捉一个，杀一个。镇压这些混蛋，要心狠手辣，要以申、韩、商鞅的手段办案，不要怕今后得车裂的下场。”
为了收到杀一儆百的效果，许显纯命人制作十个木笼，取名叫站笼。站笼约一人高，犯人头卡在木枷中，四肢捆绑，站在笼子里。白天用车拉着，在城内四处游街。夜晚则放在露天里，派锦衣卫守住。不给吃，也不给喝，不出三四天，犯人便惨死在笼子里。
这十个站笼天天都装着犯人，天天都在济宁城内巡游，弄得全城百姓见之发怵，无人不知新来的锦衣卫头目残忍酷毒。
士民乡绅要求废除站笼施行仁政的状子，雪片似得飞往京城，上报朝廷。此时的左光斗还在河政前线呢，当初许显纯刚刚来协助河道总督时，为了鼓励百姓举报阻拦河防的恶霸，他规定，凡是举报实情的人，赏银五两银子。重赏之下，百姓们各个踊跃举报，许显纯一下子就抓到了一大批犯人。河政的阻力顿时小了不少。
抓到犯人，许显纯要求把他们羁押到济宁城。左光斗清楚那是他的办公所在地，他认为许显纯不会这么早就大开杀戒的，他会等左大人回来审理案件的。
等到河防稍稍巩固，水患暂时平息，左光斗回到济宁时，不少心肠软的官僚到河道总督这里告状。左光斗这才知道许显纯已经虐杀了这批犯人
，他急忙与这位杀人魔头见面，质询他的恶行。许显纯却说这是皇帝的意思，他只是照办罢了。
河道总督急忙写了一封奏章，他详细记录了许显纯的作为，送交给皇上，要求严惩许显纯。跟这份奏章一同送往紫禁城的还有徐霞客写的治水工程总计划。许显纯得知这个消息，也写了一份自述表明为国尽忠的心迹。
送交奏章以后，左光斗开始有步骤的让难民回家，他以工代赈，让百姓们整修城墙、河堤等公共设施。唯一麻烦的是不少粮商囤积粮食，不开仓售卖或是哄抬价格，左光斗遇着这种奸商，就用锦衣卫许显纯的名头来吓唬他们。结果大有奇效，不少粮商都开门卖粮了，只有那种死猪不怕开水烫的奸商，左光斗把掌柜绑到公堂上打了几板子，才老老实实做生意。
这几份奏章火速到达北京的朝堂，皇帝立刻召见工部尚书徐光启，与之商议徐霞客呈上来的治水方案。徐光启本人也是精通水利工程的内行，能为天子提出参考意见。这份计划号称是一劳永逸之计，它的具体内容可简单概括为以下要点：
一是疏通下游。在清江浦以下经云梯关到海口三百里的河段上，采用“寓筑于浚”的方法，挑挖引河，疏通河道，并以挖出的土筑成两岸大堤。
二是疏通上游淤塞之处。挑浚从高家堰以西到清口淮水下游所淤垫的烂泥浅滩地，使淮水从清口畅流而出，助黄刷沙。
三是修筑洪泽湖东的高堰大堤，以免黄淮沿岸决口尽堵后，水势再东侵淮扬下河地区。以筑坦坡的方式代替传统的石工和板工，力求节省和坚固。
四是修筑洪泽湖南边的翟家坝和黄淮沿岸等决口，使黄河回归故道。
五是黄河既归故道，可以大规模治理运河。深挖运河，堵塞运河各决口，使运道恢复畅通，最终达到治黄保运的目的。
六是为保证治河方案的顺利实施，提出了几项筹划经费的建议。
七是整顿河务。裁撤冗官冗员，明确各官职责，使官有专职、事有专责。
八是尽裁夫役，改设河兵。令河兵划堤防守，使河工告成以后不致因疏于防守而重新敝坏，这是河工的善后防守计划。
在八条上疏的最后，左光斗和徐霞客立下了军令状，声明如果三年内黄运两河不能回归故道，愿接受任何处分，以诫后人。
这份计划在指导思想上力求审视全局、谋求长远，反对以往重运轻河的片面方针，而是在黄、淮、运三河上同时兴举大工，上自徐州、下至海口，北起河北境内的北运河、南至苏皖境内的南运河，涉及了河南、山东、安徽、江苏各省的大部分地区。
方案按照先下游后上游、先疏浚后堵塞的原则所提出的各项工程上下相连、首尾坚固、环环相扣，叙述详而不
杂、细而不乱、简洁明了，有理有据。方案中还详细讲述了筹划钱粮以保证顺利施工、整顿河务以提高施工效率、设立河兵以善后防守计划，从而不仅从工程上而且从人力、财力上都有了全面的考虑和计划。
工部尚书徐光启看完这份奏疏以后，拍手叫好、高声称赞。朱由校也大为满意。可是当这件事提到朝堂上讨论时，却因花费太多、雇佣民夫太多而遭到大臣们的否决。大臣们认为目前军需浩繁，不宜兴举如此大规模的工程，建议缓期执行。
皇帝陛下乾纲独断，朱由校下令批准了河道总督左光斗的请求。算上之前调拨给左光斗的五十万两银子，朝廷又增加了二百五十万两作为大修的预算，总计三百万两白银，限期工程三年告竣。
朱由校发往济宁的诏书有两份，一份给左光斗和徐霞客，告诉他们皇帝全力支持他们治河方略；另一份是给许显纯的，表扬他精明强干，有胆有识。
皇帝坐镇京城，派出去调查袁应泰钱粮用度的杨鹤写了一份奏章回来，说明了袁应泰的钱粮用度都是用于公务，造福于百姓，没有私自贪污的现象。杨鹤还汇报今年的北直隶粮食生产是一个大丰收。天子听了心里高兴，他下旨命令御史杨鹤监督北直隶各地知府知县，以高于市价一成的价格收购粮食，以免粮贱伤农。
刑部侍郎温体仁把他对王象乾的调查报告呈上来了，这位在朝为官长达五十年的老臣的确有比较多的经济问题。
举例说，王象乾在宣府做参政的时候，见市面上的粮食价格要涨，他就先挪用官府的帑金二万两买进食粮，再卖出去，投机倒把，倒了三过，就获得利息三万两白银，剩余食粮一万六千石，美其名是“治国如治家”，实际上是开了官吏借着官本私营商业实行中饱私囊的漏洞。至于真正遇到荒年开仓放粮平抑粮价的时候，县衙的胥吏勾结街道的流氓混混，冒名顶替，弄虚作假，强行套购，贫苦的农民仍得不到粮吃。
有经济问题的不仅仅是王象乾，还有他的家人。新城王氏由明初一个下层匠户发展成一个鼎盛的官僚世家，其家产也经历了一个由少到多的过程。随着王家举业的不断成功，出仕官员的不断增加，其资产亦渐趋丰厚如王之垣两建家庙，修族谱，设义田，祭田等，没有雄厚的财力作基础是难以办到的。
此外，明代世家多有园林之胜，据温体仁调查，王家诸成员几乎人人都有别野园林。如王象乾有“绿野园”，王象良有“迁园”，王象恒有“南园”，王象春有“西清园”，王与服有“东园”，王象晋，王象春，王象咸等还在长白山中都建有园林别墅。
而新城王氏勾结的一窝蜂，温体仁已经动身去山东调查，目前只调查到王象乾的一些罪证，关于他的兄弟子侄的问题，要等温体仁从山东回来才能确认。皇帝嘉奖温体仁精明强干不畏权贵，鼓励他继续调查。