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在原本的历史上，康熙元年九月，满清朝廷任命瓜尔佳·穆里玛为靖西将军，马佳·图海为定西将军，那穆都鲁·赖塔为前锋营统领率领八旗兵汇合四川总督李国英，提督郑蛟麟；湖广总督张长庚，提督董学礼；陕西提督王一正等先后出兵二十四万多人围攻夔东十三家。经过三年激战，刘体纯、袁宗第、郝永忠等人先后失败。到康熙三年八月五日，夔东农民义军的最后一位首领有“小老虎”之称的李来亨部众受到十万清军围攻，“虎帅”将金银财宝分与众将士，令部下分散突围逃命，他自己则在茅麓山全家自焚，实现了自己“永不降清”的豪言壮语。夔东不愧是农民武装，虽然失败了，但是在民族大义面前能够杀身成仁，舍生取义，表现出了崇高的民族气节。
茅麓山之战后，中国大陆上再也没有“明”旗了。康熙朝的头四年怕也真是满清天命到来的时刻。李定国、郑成功、李来亨、张煌言先后离开人世，轰轰烈烈的反清斗争基本落下帷幕。只剩下不正经的郑经也就是郑锦还在中国台湾苟延残喘。不过，让人欣慰的是，不可一世的满洲八旗的辉煌，也随着大明抗清最后的余晖而一起沉降。
满洲八旗的鼎盛期一去不返，从元气到精神、作战能力都再未恢复到过去的状态，开始走向漫长的衰落。而满清的统治更多是依仗其较强的政治才能和领悟力在危机中延续下去。康熙十二年，三藩乱起，满洲八旗军队又一次次败在吴三桂、郑氏军队的手下，以至清廷不得不主要依靠绿营为平乱主力。同吴三桂交手的主战场上，满洲主力畏战、消极避战成了家常便饭。即使在福建面对衰落的郑氏势力，竟也是惨败连连。
甚至在海澄之役中演出了离奇一幕：
被围于海澄的满军和城外救援的满洲大兵，竟互相消极推诿，连逃命都不积极。
此次满洲援兵的主帅，正是当年在厦门覆师的正白旗巴牙喇甲喇章京赖塔。面对人数并不多的郑军，他竟无胆力战解围，只对城里的统帅正蓝旗副都统、列议政大臣穆赫琳“再三移文令其杀出。”
穆赫林一伙回应竟是“我等何须力战？赖塔等兵甚多，彼若不救我等，其罪大矣！”
如此风范，真比解放战争中的国民党军队还不如。最终，明郑军攻克海澄，穆赫林自杀，数千满洲精锐或死或投降，全被尽歼。城外的镶红旗参领兼二等轻车都尉达色，也自知救援不力，畏罪自杀。明郑军挟胜利余威，继续进军，游骑十余人竟敢纵横于泉州郊外，肆意和挑衅性的在满清大营外指点窥探，而满洲八旗竟畏敌如虎，龟缩巢中不敢出城，创下了汉满战争史上的新纪元。
满洲八旗的无能，深深震动了少年康熙，直到三藩乱平后，康熙仍心有余悸的感慨“幸赖天地祖宗之灵”，“倘若（三藩造反）再延数年，将若之何？！”也就是说，康熙自己都对为什么胜利而心里没底，但唯独明白一件事：清廷其实并无胜利把握。
历史上满洲八旗持续衰落，而在李存真穿越的这个时空里满洲八旗和蒙古八旗根本就不是衰弱的问题而是已经快要寿终正寝了。满蒙是联合在一起的，蒙古八旗备受信任。当日后的孝庄皇太后博尔济吉特·布木布泰的心腹爱将章佳·达素率领满洲八旗精锐开赴厦门战场打算给国姓爷郑成功来个“摧枯拉朽”的时候，北京的太后和皇帝的安全就留给蒙古八旗保卫。其实，满清的蒙古兵一共有十一个旗，但是有三个旗九千多人直接隶属满洲八旗麾下，这才有了蒙古八旗。从这里也可以看出满蒙确为一体。
但是此时，蒙古八旗也受到沉重打击。顺治时蒙古八旗一共有佐领即牛录一百一十七个，半分佐领五个，到雍正时候才增加到二百零四个。每个牛录二百人计算，顺治时蒙古八旗共有两万四千人。但是，经过淮安之战和坐天山之战，蒙古八旗损失了一半以上。
历史上，两百年后，太平天国横扫满洲八旗如摧柘拉朽，捻军则同满蒙铁骑进行了中国历史上最后一次汉胡骑兵大会战，也以汉人的完胜告终。这些都是在清廷的政治优势面前一个个烟消云散的。
如今，不用等两百年了，现在的满清其统治已经岌岌可危！急需出现一位能人起到“定海神针”的作用！
由于李存真的出现，达素、索浑、穆里玛、李国英、张长庚、孙思克、王进宝、胡文科、谭弘、谭诣等人都已经身死；赖塔成为了明李在满清朝廷中的奸细；王辅臣、武世权、董学礼、董卫国、高明瞻等人拱手投降；张勇、赵良栋、王一正等人被打败已成丧家之犬。
闯营不仅保住了夔东地区还把势力扩大到重庆和勋阳；西营也没有彻底被击败，李定国没有死，白文选也没有被迫投降，在明李水真腊部和暹罗的支援下已经在滇西展开反攻，积极准备给出兵四川和湖南的平西王吴三桂集团来个“**”战。鲁王系虽然遭到巨大摧残，但是张煌言却仍然生龙活虎，现在正奋斗在湖南，坐天山之战中就是他的士兵把顺治大卸八块。
美中不足的便是国姓爷郑成功的死亡。李存真使劲了浑身解数，可郑成功还是在西元1662年，农历五月初八病故。神医张安也没有挽救他的性命。
郑成功是民族英雄不假，但也是海盗和商人，他和他的父亲，同属民族英雄的郑芝龙是十七世纪大航海时代的中国代表。同样也代表了资产阶级。如果非要按照马圣人的社会发展五阶段论来看的话，郑家父子无疑是所有反抗清军势力当中最先进的，因为他们代表资产阶级也代表东方的海洋文明和海洋战略。
郑家父子的抗清活动其实应该属于一场“资产阶级”革命，也就是资本壮大之后打算控制国家的企图，只是这场“革命”被扼杀了。明郑的灭亡不仅是汉人的悲剧，历史的悲剧，更是中国的悲剧。新兴的资产阶级成了明朝迷惘的陪葬品。
李存真横空出世，改变了很多东西。在郑家这里，他阻止了明郑数名大将被满清擒杀，阻止了黄梧挖郑家祖坟，阻止了满清迁界禁海。但是李存真没有办法阻止苏克萨哈杀郑芝龙泄愤，更没有办法让郑经正经一些，不要和自己的乳娘乱来，生下郑克臧。也没有能力像给南洋十三太保、杨家姐弟、张一鸣得人当教师爷一样，改变郑成功的性格。派去了神医张安也挽救不了郑成功的性命。
更何况，郑成功极有可能是被人下毒害死的，李存真虽然来之后世却并不清楚来龙去脉，如何防范？
而郑成功的个人悲剧正是其性格使然。郑成功本就残忍好杀，近乎暴虐。占领台湾之后，刚愎自用、果于杀戮的毛病愈演愈烈。文官稍有微故就被全家杀掉，凶暴如此，最后逼得亲儿子郑经与金厦军民联手拒命，将之孤立于台湾。导致其在久盼金厦音讯未果的绝望和悲愤中气急身亡。即便是遭人下毒也是因为郑成功太过狠辣，下毒者为求自保而已。
纵观国姓爷的一生，为了狭隘的私利多次不顾抗清大局，但收复台湾毕竟使汉家衣冠在这个海外孤岛又延续了二十年。他为抗清练出了一支强大的军队，即使在他逝世后，郑氏军队的战力仍保持了相当长的时间。
南明吴王二年，李存真在洪武门小广场上抱着甘辉痛哭失声，是高兴还是难过，其中滋味自有人知。
吴王三年，当初没有和甘辉一同北上的明郑猛将周全斌因为与洪旭不和，恐回台遭不测，便在三月来到厦门投靠明李，这一来又带来了四千多兵，一百三十三艘战舰。
此前，也就是在甘辉到达南京之前，郑鸣骏、郑缵绪和郑袭便率领万余精兵，一千六百多官员，近七百艘战舰投奔明李。
国姓爷郑成功的死让李存真坐收渔翁之利。李存真心道：世事不由吾辈！国姓爷啊，没有想到厦门一别竟是永别，我还以为能够和你一起恢复中国，驰骋大海，开疆拓土，为我华夏开拓生存空间，构筑一段历史佳话呢！没想到这个愿望永远无法实现了。但是，你放心吧，革命事业吾辈必将继续。