洪武门上的清军使用的是红夷炮。本来满清猜忌绿营，下令从绿营手中收缴火炮，但是时间仓促南京又是重地，所以火炮留下了十二门，没有全部运走。但是火药全部上缴了，供给给达素。玛尔塞、噶褚哈和喀喀木三个满将死皮赖脸地管达素要炮弹和火药，达素和鳌拜穿一条裤子，玛尔塞更是鳌拜死党，看在玛尔塞的面子上，达素给了三百发炮弹和五十斛火药。正是这五十斛火药让南京城内的火炮打响了。没想到，一炮下来，打碎了一门铜制臼炮，还打死了三名珍贵的炮手。这让李存真极为恼怒，饶是如此他仍然控制住自己的情绪，继续指挥作战。
当下，李军的铜制臼炮开火了，将洪武门上的清军炸上了天。洪武门内是小瓮城，即便攻克了，也还有最内侧宫城的城墙拦阻，所以攻克洪武门也没有太大意义。
李存真下令士兵放弃进攻洪武门改为进攻内城东侧的朝阳门。朝阳门距离南京的宫城只有一里地多一点，是最为接近宫城的内城城门。
李存真命令一下，四百多铁甲军扔掉手中的长矛换上云南式斩马刀，在武达摩的率领下，一股脑冲上了朝阳门。由于是从城内进攻，不需要搭云梯攻城，只要走楼梯就好，所以四百铁甲军没有费什么力气就攻上了城墙。
朝阳门上尚有四五百清军，李茂之下令南洋火枪兵开火，四百清军挨了火铳齐射，转瞬之间死的死伤的伤。武达摩率军再一进攻，清军无心恋战，纷纷丢下武器逃窜。
李军轻取东侧城墙，李存真命人在朝阳门上架起火炮，轰击满城。李军炮兵炮术娴熟。一时之间，各色火炮齐鸣，满城城墙上的清兵被一扫而空。臼炮再一打开花弹，满城内多处民居被毁，燃起大火。不多时，城墙便塌了一个大窟窿。
“妈的，谁来着，好像是李茂之，跟我说清军是火炮部队，最喜欢用火炮攻城我还不信。真是没想到用火炮轰击城墙竟然这么爽！”常琨在李存真身边叨咕道。
李存真说道：“当年尚可喜和耿仲明攻打广州，使用了七十多门火炮。你以为满清真的是野人吗？他们一向是拖着火炮到处溜达。遇到坚城便用火炮攻击，遇到野战便以骑射和勇武对敌，否则怎么能十分天下有其九？在这个时候，满清的武器确实没有荷兰人、英国人先进，但是那说的是火枪，若是论大炮，满清并不弱。”
常琨问：“咱们的南洋火枪好像比清军的火炮打得远，咱们有膛线，打得又准，能压制火炮不？”
李存真说道：“如果是野战兴许可以，但是咱们没和火炮交过手也说不好。现在我们虽然火枪的数量够了，可是毕竟只有一千熟练的南洋火枪手，其他人都是新兵，咱们的火枪最难的技术动作就是暴力捶打弹丸，使弹丸变形契合膛线。手重了容易炸膛，手轻了就变成滑膛枪了。你问我南洋火枪能不能压制火炮，我也不太清楚，理论上可以，但是实际上到底能不能行恐怕还得试试才能知道。至于攻城，膛线火枪根本就不可能压制火炮。”
“我们以后要攻打的城池太多了，看来还是得发展火炮才行。”
李存真听了点了点头。
“要是不用暴力捶打弹丸，弹丸自己变形契合膛线那该多好。当年我练捶打弹丸，练了半年啊！”常琨沮丧地说道。
两个人正说着，武达摩率领军队朝着满城城墙的缺口处冲了过去……
也就是在满城起火的时候，满清梅勒额真玛尔塞、噶褚哈扔下了喀喀木和郎廷佐，自己率兵逃命，他们的兵丁在南京宫城北面城墙放下绳索，滑出城墙，向北逃窜。当南京内城城墙被炸塌的那一刻开始玛尔塞和噶褚哈就打算逃跑了。但是一直犹豫不决，而且也没有好的机会。当李存真在朝阳门架起大炮的时候，郎廷佐和喀喀木都傻了眼，一众满兵全都躲进了民居。郎廷佐组织人在洪武门内抵抗，喀喀木则领着一干兵丁龟缩在宫城西南角躲避炮火。
形势太过混乱，玛尔塞和噶褚哈率领满洲兵丁驻扎在满城北侧，此时得了空档，趁着黄昏视线不清，两个人率领军队逃了出来，可不巧正好碰上关盛年率领的骑兵。玛尔塞和噶褚哈知道不敌，除了被大刀剁了的，其余人隐藏在民房之中。入夜，玛尔塞和噶褚哈商量，一个去国子监放火，一个率军突围。
太阳刚刚落山西面的国子监便起火了，关盛年便急着去灭火，玛尔塞和噶褚哈趁机率军向东面的富贵山逃去，打算从太平门窜出。关盛年察觉有清兵逃窜，于是率军攻击，玛尔塞和噶褚哈的满兵都是精锐，此时正是生死存亡之时，拼命反击。竟然击败了关盛年的前军，关盛年大怒，亲自提刀上阵。大刀上下挥舞，一连砍翻了二十多人，满兵惊惧，不敢接战，纷纷逃走。
关盛年杀散满兵来到太平门时，满兵大部已经逃出了太平门。关盛年郁闷不已，命令士兵追击。此时太阳早已落山，星月不明，满兵到处乱窜，不少人竟然掉入玄武湖溺毙。
玛尔塞和噶褚哈两个人心明眼亮，带着亲兵沿着南京刑部、督察院、武庙闸一路向北遁逃。关盛年汇合赵无极一起控制了太平门。关盛年继续率领军队追击，但是四野漆黑，不辨道路，除了遇到一些迷路的零散满兵，再没有看到大队满兵。天明时分，关盛年这才发现，自己竟然还在玄武湖和黄册库一带瞎转悠。不觉气恼，领着士兵向长江边追来。
且说，经过一夜激战，杨再辉的人马杀散了内城的清军。一路来到狮子山下。狮子山上有八百清军驻守，这八百清军看到南京城内火光冲天，早就已经心惊胆寒。杨再辉早就杀红了眼，率军队仰攻狮子山，清军便坚持不住开始有人丢下同伴逃窜。当掷弹筒投掷出的手雷在清军中爆炸的时候，清军以为李军的大炮推上来了，士气彻底崩溃，飞也似地逃下狮子山涌向钟阜门，打开城门便逃。这八百清军一路向东逃过神策门的时候正好与玛尔塞、噶褚哈的满兵碰上了，于是将近两千清军便一起沿着长江朝东逃去。
赵无极、白驹、吕英杰、何天骄率军从神武门追出，又碰上关盛年等人，此时天已经蒙蒙亮了，两军汇合一同追击清军。关盛年骑着马，可是手下的士兵救火时将马匹丢在成贤街外面，大多徒步追赶，在黄册库转悠了大半夜早就已经疲惫不堪。
清军也已经累得不成样子，为行动便捷纷纷丢下盔甲仓皇逃窜。李军士兵追击一夜十分疲惫，铠甲沉重行动不便。只有关盛年率领二十多骑兵追赶，何天骄更是神勇，好似浑身有使不完的力气，见了满兵便开弓射杀，偏偏他射箭又准，一夜之间竟然有六十人死在箭下，此时箭壶里面空空如也，马也跑不动了，他下了马，迈开大脚追杀清军，双腿如风，大步流星。玛尔塞和噶褚哈见到面如重枣，手提青龙偃月刀的将军早就已经吓得魂不附体。又见一个高大的汉子居然双脚如飞更是惊惧。两个人丢下盔甲，混在士兵当中逃窜。关、何二人率军又追了二十多里，抓了三百多俘虏。杀散一众清军而还。
两天后，玛尔塞和噶褚哈收拢了七百多残兵继续东进，来到高资镇。高资镇位于镇江和南京之间。清军饥饿，又见高资镇富裕也不管里面有多少士兵把守，全力攻打高资镇。高资镇李军守军仅仅二百多人，全是辅兵，见清军如狼似虎地扑了上来，大叫一声逃散开去。
当武达摩、李茂之率军冲进满城的那一刻，满兵便知道已经到了最后的时刻。喀喀木挥舞战刀大喊：“大清的勇士们，报效皇上的时候到了，杀啊！”
满城内的兵丁和男女老幼叫嚷着一起朝着李军冲杀而来。李存真是穿越者，参考天平天国攻破南京的故事，他知道到了最后的时刻满人一定会拼命的。因此早有准备，使武达摩率军稍一吸引满兵便退到两旁，南洋火枪兵接到命令，举起四百多只火枪对着满兵开火，瞬间便将冲在前面的满兵打得血肉模糊。再一轮齐射，满人冲上来的男女死伤一地。
喀喀木站在屋顶上，看到有小炮从城墙的缺口处推进来的时候，仰天长叹：“皇上，奴才对不起你啊！”下令放火，转瞬间，满城便烧了起来。
“冲进去！”李存真下令道，“遇到反抗的就干掉，但是妇女和儿童能救下来的都救下来，让铁甲军上，告诉兄弟们注意自己的耳朵和鼻子别被咬下来。”
“是！”武达摩回答道。
且说，李存真抓住时机，趁南京最虚弱的时候给予奋力一击。仅仅用了五天时间，南京便被攻克。这一战，歼灭清军两万多人，江南巡抚朱国治，总督郎廷佐被俘。满清驻江宁将军喀喀木自焚而死，满兵将校一千多人具战死，四百多人被俘，其中就包括巴勒山全家和萨哈林。李军由于进攻混乱，上下级关系不够明确损失了一千多人，其中老兵损失了二百多人，姜诚进攻二月楼老兵一次便损失了五十六人。
南京终于回到了汉人手中。李存真站在洪武门上，八九点钟升起的太阳映照在他的脸庞上。他的脸红堂堂的，好像成熟了的桃子。洪武门前的小广场上，满是呼海啸的人群。
“大头领，我们拿下南京了，拿下南京了！”李茂之、赵无极、常琨、吕英杰、何天骄、白驹、武达摩、关盛年、杨再辉等一干跟随他十几年的兄弟，在他身边兴奋得高声喊叫，“万岁，万岁，万岁！”
马逢知击败满兵，率领自己的左膀右臂上了洪武门，见了李存真立刻单膝跪地抱拳行礼说道：“大头领勇猛非常，智如孔明，我马逢知心悦诚服！”
洪武门下的人们兴奋地叫喊着，跳跃着，狂喜的表情在他们的脸上复现。南京市民纷纷剪掉自己的辫子一边高呼万岁，一边把辫子抛向空中，有的人撕碎了自己的马褂仍在地上奋力地用脚踩踏。士兵们举着枪高呼，不时地还朝天空放枪，在人群中腾起一阵阵白烟。
然而，李存真此时好像什么都没有听见，他激动得热泪盈眶，嘴唇颤抖地念叨着：“十三年了……十三年了……我竟然占领了南京……南京……十三年了……十三年了……这是我的南京……”