经过讨论和规划，两大族群终于签订了协议，一起创立了木叶忍者村，隶属于火之国。千手一族和宇智波一族联手形成的忍族联合体系受到了世人的高度评价，各国的忍者族群纷纷效仿这种一国一村的模式，组建了各自的忍者组织。随着忍村的建立，战争也逐渐平息，忍界一度恢复了和平，斑和柱间终于完成了曾经的梦想。
木叶忍者村建立后，千手柱间因受到广泛的支持，而担任了木叶忍者村的第一代火影，一切似乎都在朝着美好的方向发展着。
然而，宇智波斑在南贺神社密室里，用永恒万花筒写轮眼的瞳力解读出宇智波石碑上六道仙人留下的话，其内容令斑为之震惊，也为日后发生的一切埋下了伏笔……
长久的战争，使宇智波族人对战争产生了厌恶，对力量产生了畏惧，因理念的不同，崇尚力量的斑并没有被木叶的人所认同，甚至不被自己守护的宇智波族人信任和支持。正因如此，斑与千手柱间的隔膜开始日益加深。
斑预测千手柱间死后，其弟千手扉间定会继承火影大位，而宇智波一族也迟早会面临灭亡的下场。虽然千手柱间对宇智波斑百般挽留，决定让宇智波斑做第二代火影，但是斑看出，除了柱间，没有人能和他坦诚相待。斑坚持离开木叶，寻找自己想要的“真正的和平”，后来斑人间蒸发，没有人再听到过他的消息。
但是，突然有一天，斑回来了，并且向木叶发动攻击，为了保护村子，千手柱间毅然出战。斑利用写轮眼的强大瞳力操纵着尾兽中实力最强的九尾与千手柱间决斗，而千手柱间则以仙人模式下的木遁忍术与之应战。
这场惊天动地的战斗后来被刻印在世人的记忆中，夜以继日的战斗改变了战场的地形。最后柱间终于将斑击败，并杀死曾经的朋友，暂时守护了木叶的和平，这个大峡谷在后来都被世人称为终结之谷。
终结之战后，宇智波斑并不是世人所想的那样死去，而是存活了下来。他在死前将瞳术“伊邪那岐”封印入自己的右眼，由于万花筒写轮眼的特性，这一瞳术在经过了若干时间之后自动启动，改写了斑被柱间所杀的现实，斑借此获得了重生。
在之前的战斗中，斑从柱间身上咬下了一块肉，在复活后他将肉吐了出来，并移植于伤口处，从而顺利获得了柱间的细胞。但是在移植了柱间细胞后，起初一直不曾有什么反应，连斑自己也慢慢感到疑惑（石碑上记载着“互斥二力，相与为一，孕得森罗万象”，斑对此深信不疑）。时间流逝，直到斑阳寿将尽之时才意外地开启了轮回眼。
与此同时，某个封印也因此解开，斑从封印石月亮上通灵出十尾的躯壳，称作外道魔像。当然，开启轮回眼后的斑也亲眼目睹了宇智波一族的石碑记录的最后内容（实际上已被黑绝所篡改）。于是，一场针对整个世界的阴谋就这样拉开了帷幕。
斑利用外道魔像为触媒培养柱间细胞，并产生出上一次无限月读开启时产生的白绝。从那时起，斑便利用白绝在外收集情报，了解忍者世界的变更。
这时候的斑年事已高，衰老虚弱而无法行动，只能依靠外道魔像输送查克拉勉强维持生命。为了实现自己的计划，斑将轮回眼移植于仙人之体后裔的年幼长门身上，希望能有朝一日能以轮回天生之术将自己复活。然后斑一边苟延残喘，维持着生命，一边等待着时机。
第三次忍界大战期间，神无毗桥之战结束后，宇智波斑救下濒死状态的宇智波带土，以柱间细胞为其做了个新的身体。斑认为带土这种人是可以助自己完成计划的完美棋子，于是他利用在忍者心脏上的咒印符操纵雾忍，策划野原琳之死事件，并借此让宇智波带土彻底堕入黑暗的深渊。
最终，带土落入了自己的圈套，认同了斑的思想。于是，斑传授带土一些如阴阳遁、宇智波禁术和六道之术等技能，并嘱咐带土拉拢长门，然后在集齐九只尾兽后复活自己，展开“月之眼计划”。把一切都交给宇智波带土后，宇智波斑将自己的部分意志注入一只白绝的右边身体，创造了黑绝，以其作为带土的助手（实际是监视）。
在完成了这些事情之后，斑自己挣脱了连接外道魔像的管道，将“宇智波斑”这个名号托付给带土，随后因身体机能衰竭而死。
长门的目光愈加深沉，斑之所以走到整个世界的对立面，泉奈的死，就是一个关键的转折点。
如今他依然想要发动无限月读的话，宇智波泉奈难道也只能像芸芸众生一样，被神树的藤蔓包裹成人茧，意识活在幻境当中，现实中的身体被制造成白绝么？
长门认为这不太可能，但是只要无限月读的光芒照耀下来，除了开启九勾玉轮回写轮眼的宇智波斑之外，其余人是无法抵挡的，起码斑自己是笃信这一点的，他知道完全体须佐能乎可以抵挡无限月读的光芒，但他同样知道，泉奈直到死亡，都没有开启完全体须佐能乎，但就算开启了又能怎么样？没有人可以始终维持完全体须佐的笼罩，眼睛根本承受不了，所以他会不会为了宇智波泉奈而放弃无限月读的计划，改为另外的计划？
这就是一个很大的变数，长门自己暂时摸不透。
如今，这个战场上的终极大boss宇智波斑因为某种长门没有猜透的原因而离去，一同离去的还有宇智波的全族人员。
而战争对立面的领袖药师兜已经消失多时了，他召唤出的秽土转生大军也被长门控制的三道佩恩灭了个干净，所以说这场战争已经结束了，算是以六大隐村的暂时胜利而告终。
至于没有露面的音忍四人众，要去哪儿随便吧！凭他们几个的实力，是翻不起什么浪花的，顶多再次受到药师兜的召唤，找到药师兜，几个人去酝酿着另外的阴谋罢了。