十天后田尔耕、李永贞、刘大德亲率二万将士赶制山东曲阜县，迅速拿下县令等一干官员，而大军包围孔府时，孔府大门紧闭，数千儒生企图阻拦大军捉拿衍圣公一脉族人。
儒生们拿着木棍和石头砸向锦衣卫、东厂番子、西军士兵，刘大德的再三警告无果后，开始暴力捉拿这些儒生，此次导致三百余名儒生在“混乱中”死去。
之后刘大德让人撞开孔府大门，开始逮捕衍圣公一脉族人，遭到了家丁、护卫、孔氏族人的激烈抵抗，由于衍圣公一脉的激烈反抗，此次逮捕共造成四百余孔氏族人死去，更有千余护卫家丁死去。
由此刘大德、田尔耕、李永贞三人的恶名传遍整个大明的儒界，田尔耕和李永贞视为皇帝的爪牙，刘大德被视为千古第一屠夫。
而随着朱由校撤衍圣公爵位，下旨逮捕衍圣公一脉的孔氏子弟进京问罪。
之后的一个多月内朱由校心中仿佛积压了一团火，每天都是闷闷不乐的样子，也只有在见到三个儿女脸上才会重新展现出笑容。
每天都是一副苦瓜脸，因为每天都有大明官员上表请辞奏折，也有直接挂印而去的大小官员，随即朱由校便下旨捉拿这些官员，因此也导致了东厂、锦衣卫、反贪局的牢房人满为患。
对此朱由校从政务学院中选派出二千余名懵懵懂懂的学子就任大明各个官职。
同时大明各省共有五十余万的儒生纷纷收拾行装赶往京城，一路上大肆叙说着当今圣上的暴政，对此绝大多数百姓都是将信将疑。
而各省的报社分部遭到了儒生的打砸，除了北直隶、山东、山西、辽宁四省没被摧毁外，其它省份的报社分部全被儒生们夷为平地。
四省之所以能保存下来，主要还是朱由校下旨让军队护着，四省也先后爆发过儒生和军队的冲突，而被打死打残的儒生共有二千余人。
对于赶往京城的儒生，朱由校没有采取任何措施，一切就等到他们到达京城后再决定用什么方法处置他们。
乾清宫，朱由校传召了卢象升、刘大德、周遇吉、曹文诏、杨凤娇五人。
朱由校揉了揉眉心，说道：“你们有什么方法处置这五十万儒生？”
六人的小心脏扑通扑通的直跳，皇上该不会想大开杀戒吧。
始皇帝坑儒也就五百多人，如今这可是五十万那，这要都杀了，那还不得血流成河，而圣上你则有可能会被评为“千古第一暴君”！
见其他人不敢回话，杨凤娇忍不住出声道：“皇上，杀伐过剩的话对你的名声有影响，要不就逮捕一部分让他们挖矿去吧。”
朱由校摇了摇头，人死如灯灭，劳资管后世怎么评价朕，只要对得起大明百姓和自己的良心就可以了。
“杀十万冥顽不灵之辈，剩余的挖矿三年，然后分散迁移到海外各地去，大明本土已经容不下他们。”
卢象升猛地被皇上一记重拳捶在小心脏上，皇上对这群儒生可真够狠的。
在这几个月的时间，也有人偷偷的想面见自己，这些人打的什么主意自己一清二楚，所以自己一直避而不见。
虽说自己现在在军中声望很高，但是自己敢把矛头指向皇上，首先就得过警卫员这关，这警卫员里面有多少皇上的暗卫就不得而知了，就算过了警卫员这关，又有多少士卒愿意跟着自己呢？可能会当场被士卒拿下然后押送到皇上面前治罪。
刘大德大大咧咧的说道：“皇上仁慈，按臣的想法全杀了都不为过！”
周遇吉呵斥道：“去！去！去！闭上你的臭嘴，不说话没人把你当哑巴！”
曹文诏苦笑道：“现在大明官员短缺，虽然皇上选派了政务学院里的学子进行补缺，可是大明空缺官职还有三千多，而在相当长的时间内这些学子只要不犯大错就算是大功一件了。”
朱由校大手一挥，道：“这到无妨，大明短时间内还乱不起来，只会让朕手忙脚乱一段时间，只要撑个两三年就可以了，大不了让一部分军队充当地方衙门。”
“对于朕建立的中小学院，你们在各自辖区护着点，有异动可直接派兵保护学院，平时让一二队小旗驻扎在学院即可。”
虽说如此，可是现在政令是举步维艰，许多在职官员对皇上下达的指令阳奉阴违，要不就故意拖拖拉拉，能一天办完的事，皇上如果不派人崔，他能一直拖延下去，为此皇上又下旨捉拿了一批文官。
卢象升想了想，道：“皇上，臣觉得可以从军中征调一些有学识之人出任官职，毕竟这些人也算见过大场面，不像学院里出来的学生一般。”
朱由校眼睛一亮，说道：“建斗这办法不错，此事按你说的办，诸位都留意下军中将士，只要有一定办事能力的，都可把名字上报于朕！”
“就先在北直隶实行，朕这段时间会把北直隶这些公私不分的大小官员全都撤职，让其滚回老家去种地。”
“臣遵旨！”也不知这方法对大明到底是福是祸。
曹文诏继续说道：“皇上打算如何处置京城关押的衍圣公一脉三千余名族人？”
朱由校随口回道：“按律法量刑，杀人偿命欠债还钱，至于那些没有做什么伤天害理之事的，就劳动改造三年。”
“南宗怎么办？”杨凤娇皱着眉头问道。
只要南宗不来捣乱，朕也不会拿他们怎么样，反正儒家的覆灭已经是板上钉钉的事了，你们再不知趣地跳出来蹦哒，那朕只有砍掉你们的腿看你们还怎么蹦哒，蚂蚱肯定会一直存在，就像后世还有满遗想住进故宫一样。
朱由校大手一挥，道：“大明现在已经够乱了，这些事情还是等几年再说！”
众人心中松了口气，庆幸皇上没想把孔氏后人全都一网打尽。
几人齐声施礼道：“皇上圣明！”