流寇兵临成都之后，明四川巡抚王维章、巡按陈廷谟吓得面无人色，拼命求救。

崇祯接到奏报之后，深恨四川文武官员无能，下令把王维章、侯良柱革职，陈廷谟“降三级戴罪杀贼”。

之后急忙任命傅宗龙接替四川巡抚，催促洪承畴火速统兵入川协剿。洪承畴得令后带领固原总兵左光先、临洮总兵曹变蛟以及副将马科、贺人龙、赵光远等部官兵一万名进川，又檄调延绥总兵王洪、宁夏总兵祖大弼部屯驻汉中、略阳、徽州、秦州一带，准备在流寇出川时加以堵击。

李自成、张天琳等人见官军云集四川，东面和南面都有重兵扼守，川西又是少数民族聚居区，不易发展，就在崇祯十一年正月中旬，分路突破官军阻拦，出川北上。

李自成和中斗星等部经文县拦、西和，礼县西攻河州、临洮；争世王、过天星、混天星等部取道阳平关、略阳，北经平凉、固原，直抵庆阳，不久又折回陕西。

洪承畴带着陕西官军在四川扑了空，急忙赶回陕西。此后，洪承畴所统官军，西追李自成等部于甘肃；巡抚孙传庭则在澄城、延安、合水、三水一带，追剿过天星、混天星以及六队的争世王、大天王等部流寇。

崇祯十一年二月李自成等部出川以后，洪承畴和孙传庭同朝内掌兵权的杨嗣昌有矛盾，唯恐追剿不力，会受到朝廷的处治。

因此，他们以百倍的疯狂分头扑向由川返陕的流寇。李自成部在洪承畴所统总兵曹变蛟、左光先、祖大弼、副将贺人龙等部官军的追击下，出川不久就在河州、洮州地区两次战役中连遭失利，人员和马匹损失很大。

之后李自成带着败兵向西进入少数民族地区打算补充马匹，洪承畴的官军却尾追不舍。

四月，李自成部只好又折而东返，从甘肃巩昌府属的羊撒寨渡过洮河，昼夜兼程向西和、礼县进发。为免被追剿的官军发觉，李自成决定采取分散隐蔽的方式，命刘体纯等“分路另走”。自己也“踪迹益加诡秘，且避走山中，掩藏行径。”

四月初十日，李自成亲自带领流寇战士和家属三百人，行至甘肃礼县北名叫马坞的地方。明总兵左光先领着部下官兵于次日黎明追至，两军相距不过四、五十里，李自成等人处境相当危险。

幸亏官军在马坞歇息一日，起程时又判断错误，李自成才得以摆脱官军的追击，进至陕、川交界地区，同部将李过、刘体纯等带领的队伍汇合。

李自成部在陕甘失利后，于五月间会同六队祁总管部共三千多人再次进入四川境内。

洪承畴急忙指派陕西监军道樊一蘅督促副将马科、贺人龙部官军进川追击；自己带总兵曹变蛟、王洪赶到西乡县。檄调总兵左光先率部进驻汉中府。在甘肃阶州、徽州、文县和陕西略阳一带也部署了兵力，挡住流寇北返和西进的道路。

七月十三日，马科、贺人龙部同流寇交战于四川广元。四川巡抚傅宗龙唯恐流寇又象崇祯十年那样直入成都平原，故调集了四川官军和他从云南带来的部分军队，配合陕西官军夹剿。

八月初五日，双方作战于南江县境，流寇因众寡不敌，夺路北奔。十六日，到陕西城固县境，打算渡汉水，取道石泉、兴安往湖广、河南。渡河时，遭到左光先部官军的袭击。这时流寇只剩下一千四，五百人，不足以对付官军，因而退入附近山区。

李自成躲进山区之后，却以坚忍不拔的意志，带着为数不多的残兵败卒，巧妙地摆脱了官军的重兵追剿，向东转入陕西、湖广、四川三省交界的大山区，尽量避免同大股官军正面交锋。

李自成消失了之后，大明朝廷把注意力转到了张献忠、罗汝才、老回回、革里眼、左金王等部身上。

崇祯十年八月的时候，张献忠在河南南阳地区被官军左良玉击败，负了伤，就把队伍拉到湖北麻城、蕲州一带同闯塌天刘国能部汇合。

十二月，熊文灿派遣一度卷入流寇的生员卢鼎进入张献忠、刘国能营内招降。张献忠表示愿意接受招安，尚犹豫未定，带着人马经安陆来到承天、襄阳地区。

十二月二十八日和次年正月初八日，明太监刘元斌两次向朝廷报告张献忠愿意接受招抚。

正月初九日，张献忠率部进占湖北谷城，把闯塌天部下的士卒赶走，贴出告示说：“本营志在匡乱，已逐闯兵远遁。今欲释甲归朝，并不伤害百姓”云云。

同时，拘集当地乡绅耆老为他具结作保，要求明朝廷同意招安。张献忠知道熊文灿贪财好货，派孙可望拿了两块尺多长的碧玉和两枚径寸珍珠献给熊文灿。

文灿大悦，向朝廷建议招抚张献忠，并派张大经监其军。“滇将许名臣捧宪檄招抚，其述贼乞抚之词，不曰‘解散归农’，而曰‘愿带马兵七千、步兵三千合万众以剿贼自赎’。”

熊文灿自以为得计，“檄调其兵四千”，张献忠却以刚刚受抚“安集未定”作借口，拒绝奉调出兵。

兵部尚书杨嗣昌耽心张献忠不是真心投降，弄不好会养虎贻患，主张要张献忠先袭杀闯将李自成和老回回马守应，才许招安，否则趁此机会“厉兵剿杀”。

朱由检听了太监刘元斌和熊文灿的意见，唯恐剿之不胜，错过了招抚的机会，当面批驳杨嗣昌道：“岂有他来投降，便说一味剿杀之理？”这样，在朱由检亲自主持下决定了招抚张献忠部。

在张献忠受抚以前，崇祯十一年正月，闯塌天刘国能在随州投降了明朝廷。

刘国能原是庠生出身，参加起义后曾为农民革命事业作过一些贡献，成了起义前期的著名首领之一。

但是，浓厚的封建忠孝节义思想却象无形的绳索一样羁绊着他，使他在阶级冲突激化时，终于倒向了统治者一边。据说他的投降是奉其母之命，投降时顿首曰：“愚民陷不义，蒙明府湔拭更生，愿悉其众上幕府军簿，身入麾下，尽死力”，表示甘心充当明朝廷镇压流寇的马前卒。

在张献忠受抚以后，顺义王于七月十五日在河南信阳投降，明朝廷发给免死牌解散而去者九千五百人。

同月，罗汝才，混十万、整十万、十反王、托天王、小秦王在河南永宁向熊文灿投禀乞抚，熊文灿派监军道张大经于八月初一日至永宁县西关面见罗汝才等人接洽招安事宜。

初二日，又有过天星、紫微星，射塌天（即李万庆）、一字王等六部，在河南卢氏县派人联络投降。

在永宁、卢氏地区的罗汝才等九营起流寇首领，向太和山提督太监李继政求抚。

李继政移咨熊文灿，同意接受招抚。于是，罗汝才同白贵、黑云祥三营屯扎于房县，其他五营分驻于竹溪、保康一带。

这样，当时活动于河南、湖广地区的各支起流寇，绝大部分接受了明朝廷的招安。

此次大明境内的流寇基本上暂时得到平息，可朱尽忠心里最是清楚，这只是暴风雨之前的平静罢了。