说回军装，军装的设计，是周琅亲自参与的。
原型依然是以西式军装为蓝本，然后逐步更改，上衣选择是修身笔挺的设计，周琅觉得修身的服装看着就精神，清军宽大的军装，如果脏一些的话，看着跟丐帮似的。不过没有选择西式军装上那么多的装饰物，非常素检，扣子都是木质的。之所以如此，不是舍不得材料费，而是周琅将扣子设计成等级的象征，普通士兵就只能使用木扣子，队长是铁扣子，把总铜扣子，千总银扣子（铜镶银），参将是金扣子（铜镶金）。简洁明了，在勋章出现和被士兵接受之前，这就是最显眼的等级标识，想穿漂亮的扣子，努力立功升官吧！
军裤选择的直筒裤，这个没什么说的，贴身舒适即可。
最难选择的是鞋和帽子。
菲舍尔建议用皮鞋，周琅也青睐皮鞋，尤其是给军官和仪仗兵配上长筒皮靴，走起正步来那叫一个拉风，这可不是虚荣心，多进行阅兵有助于提高士兵的荣誉感；但经过尝试后，周琅就放弃了，台湾的气候，穿上皮鞋，许多士兵的脚气马上就发了，对这时代的医疗条件来说，是会影响战斗力的，鴉片战争时期的英军就受此影响。一直到日俄战争时期，日军还受困于一种脚气病，患病者足踝，膝盖，大腿至全身有水肿及浆液渗出，严重者丧失运动能力，甚至引发心脏病危及生命。在海军中，脚气病甚至成为坏血病之后士兵最大的威胁。
所以周琅放弃了采纳皮鞋，与其用皮鞋反不如当地人喜欢的草鞋舒适，但草鞋的耐磨程度不足，一场训练都没结束就得换鞋，尽管价格低廉，可上了战场，总不能临阵换鞋吧。最后采取了一个折中的办法，用牛皮带子做皮凉鞋，耐磨问题就解决了，而且还比较上档次。
帽子问题比较敏感，周琅不想完全采纳西方軍队中的高筒帽、船形帽之类的帽子，打算采用一种中式帽子，明代之后文人流行的四方巾消失了，但是瓜皮帽流传了下来，清军采用斗笠型军帽，都不太附和周琅的要求。最后试来试去，采用瓜皮帽加遮阳帽檐的设计，然后加上一个帽徽，立马就有些气势了。普通士兵也给一颗铜帽徽，压上简单的图案，目前是剑形纹，考虑日后根据某只軍队立下特殊功勋后，给他们更换专有的帽徽来增加荣誉感，比如虎头纹、龙头纹之类的。
军装颜色，也选得比较鲜艳。这一点跟现代軍队讲究隐蔽性，采用迷彩色伪装色不同，菲舍尔介绍说，欧洲軍队都使用醒目的颜色，目的是跟平民区别开，增加士兵的荣誉感，比如英国采用的就是红色军装，因此有红衫军或者龙虾兵的外号。看在荣誉感的面子上，周琅也选择了显眼的颜色，考虑到台湾落后的手工业现状，选择了最常见的颜色，帽子使用了红色，上衣采用蓝色，裤子是素色（不印染），鞋子是黑色。
材质采用当地特色的毛加麻混纺的特殊织物，当地俗称毛布，是当地番人妇女用兽毛和苧（苎麻）织成。因为十分结识，汉人买来做旗子，或者做包裹。周琅选择这种织物，一来是因为本地所产，来源稳定可控，二来是因为毛和苎麻的织物都比较笔挺，不像棉布穿久了之后，就容易垮下来，影响军容。
不过番人的生产力有限，所以周琅攒了很长时间，才攒够了制作军装的布料。而且一套军装的价格并不便宜，平均下来，制作一套得十个银元；不过相对于满清官员制作一身考究的官府动辄两百两银子的价格，还算厚道。
军装逐步发往各个营区，一开始士兵们自己穿上互相看着笑，之后是老百姓围观他们跟着笑。可当整齐的军装，配合整齐的步伐，统一的武器，开始操训之后，不管是士兵还是百姓都不笑了，千篇一律带来的纪律感自带一种森然的气势。
除了军装，菲舍尔的建议下，骑兵也组建了。在东港缴获了一百皮军马，虽然比不上欧洲战马高大，总比没有强。而且一旦证明骑兵效果好的话，周琅不惜血本也要从印度采购一批战马回来，听说印度马是驯化阿拉伯马培育出来的，跟欧洲马力量差不多。
掷弹兵团也组建了起来。从全军中进行了挑选，选拔出了一千名体格最为强健的老兵，单独组成一营，依然由马大雷带领。
炮兵扩大到了一千人，装备一百门大炮，淘汰了清军自造的土炮，换装了科林当时扣留在左营的步兵炮，每十人为一队，负责一门炮。四门炮组成一个炮团，四个旅和掷弹兵营各装备一个独立的炮团；剩余二十个炮团组成一个炮旅，专门用来攻坚克难。
医院逐步完善，由聘请的专业医生在后方组建野战医院。没个团都设立一个专门的医疗班，负责在战场上紧急救治伤员，经他们紧急救治后，重伤员送回后方医院治疗。
随军学校一直在办，但因为士兵的基础太差，以及大多数人态度并不端正，效果目前还不太好，至少还没有成批出现扫盲的士兵和军官。但零星出现的，被教书先生确认已经可以识字的士兵和军官，士兵直接任命为基层军官，军官直接升一级。这种鼓励力度，渐渐开始扭转了軍队中的学习风气。果然寒窗苦读最大的动力是学而优则仕，而不是万般皆下品惟有读书高。
周琅还开始组建专门的炊事班，一个团一个炊事班，就负责做饭，周琅认为吃得好，有助于提高战斗力。
另外一个制度创建是正式树立了軍队名称，周琅以自己南路辅国大元帅的名头，给軍队起名南路军，制作了写有“南路”字样的旗帜下发下去，取代了军队以军官姓氏为旗号的传统。
目前南路军一共有四个旅，过去的老营，现在则由新组建的掷弹兵团取代，但并不叫掷弹兵团，而是给了一个独立于四大旅的名称，帅营，意思是帅帐亲兵营，归周琅直接指挥。
经过这一番制度建设，周琅很确信，他的軍队目前比清军看起来更像正规军。
这一番休整，时间就到了五月底，北伐的王辅茞从北边回来了，去印度的谢清高也从海上回来了，俩人的回归，各自给周琅势力带来了一些改变。