北伐统帅，依然由周琅亲自担当，不是他揽权，而是手下人真的没有独当一面的帅才。
徐达那种仅次于朱元璋威望的人物，周琅的军中没有，赵文、陈小手、洪九指等人都是独当一面的大将，经过这几年的战争，指挥几万人攻城略地的能力有，可让他们多面调度，纵观全局，就有些为难他们了。
不是他们不够努力，陈小手等人在军中完成了扫盲，日日兵书不离手，菲舍尔等讲述的西方军事部署课程也是认真学习，战场上又经过多次实践，早就融会贯通。
可问题是根基浅，而且掘进太快，从周琅从凤山起兵到现在，这才过了几年时间，根本不足以让一个人从文盲成长到元帅。徐达北伐前，那是跟随朱元璋南征北战了十四年，历经过与陈友谅、方国珍等割据枭雄的生死大战，经验之丰富，是赵文等人不能比拟的。
周琅的指挥战斗经验和能力也不比这些人出色，可周琅一直身居最高位，统揽全局的能力却一直在变强，加上他本身就掌握的精通的现代管理能力，都让他在掌控大局方面，远超这些手下。
所以，哪怕遭遇了最为激烈的反对，周琅依然坚持亲征。
文物群臣都反对，原因很简单那，周琅现在是皇帝了，哪能动不动亲征，王辅茞更是表示，周琅身系国家，又没有子嗣，万一遇险，局面会呈现土崩之势。他不在乎周琅个人的生死，可周琅的生死关系到大家的基业，他就不能不在乎了。
事态发展到了最后，甚至大有群臣死谏的态势，周琅不得不退了一步。
他答应不会轻动，会率先在南京运筹帷幄，等各路北伐军站稳脚跟后，他才会北上。
这样的决定，其实也就定下了同样争执不下的北伐路线。
在北伐路线上，出现了跟朱元璋时候一样的争议，像常遇春这样的激进派，希望直抵北京，攻击敌人中枢。朱元璋认为这个方案太过轻敌冒进，认为“元建都百年，城守必固，若悬师深入，不能即破，顿于坚城之下，粮饷不继，援兵四集，进不得战，退无所据”。
最后朱元璋制定出了三步计划，“先取山东，撤其屏蔽；旋师河南，断其羽翼；拔潼关而守之，据其户槛，天下形势，入我掌握，然后进兵元都，则彼势孤援绝，不战可克。既克其都，鼓行而西，云中、九原以及关陇可席卷而下。”
徐达完美的执行了朱元璋的策略，三个月攻下山东，旋师河南，又拿下潼关，堵住关中的元朝武装，接着才从河南、山东夹击河北、大都，当发现没有援军的情况下，蒙元皇帝带着后妃跑了，从居庸关跑去了草原。
第三步，朱元璋才着手对付山西、陕西的元军，基本上统一了黄河以北地区。
由于朱元璋的计划被徐达完成的太过顺利，绝大多数文武官员都坚决支持这个方案。有现成的成功案例不去参考，非要用常遇春那个没有实践过的方案，谁能放心。
但周琅却打算直接攻打北京，既然自己手下这些文化背景和学识不尽相同的幕僚们态度如此一致的认为应该按照朱元璋的北伐线路来，那么清廷肯定也这么认为，他们的防御也会根据这种方案来进行，周琅却去突袭北京，一定会打的对手措手不及。
另外周琅目前的局面，跟朱元璋当年也不太一样，朱元璋是已经扫平了长江流域的各路势力，湖广一带已经纳入版图，长江以南没有后顾之忧。周琅现在并没有完整占据湖广，满清重兵在荆襄一带布防，随时都打算水流而下。武昌以西，水道变窄，周琅大船无法通航，争夺制江权难度很大，敌人占上游死守，荆襄都是历史上有名的坚城，强攻耗费时日太多，所以以防御为主，先灭清，后图一统。
由于荆襄之敌不能大意，所以周琅无法做到朱元璋那样长驱直入，也无法放心从山东攻取河南，因为那意味着荆襄清军有可能会从腹背反击，有荆襄在，即便占了潼关，意义也不大，堵不住陕甘清军从汉水出击。
因此周琅力主速战速决，一战灭清，直取满清中枢。
至于朱元璋担心的孤军深入问题，在周琅这里根本不是问题，他有庞大的水师舰队，大海对他如履平地，海路乃是通途，大海能为周琅所用，而不能为敌所用，通过海陆，甚至可以说江南跟京津根本就是接壤。
周琅出江南，从海陆直逼京津，像上次那样攻打北京，不同的是，这次不再是尝试，而是志在必得。
由于周琅不能亲临前线指挥，所以他就只能选择速战速决，从陆路北伐山东的话，陆路通讯效率会严重影响他的指挥。
于是在周琅强势坚持下，幕僚出身的兵部文官们退让了，北伐计划立刻就变成了水陆并进。
水师护送大军北上京津，占领天津，然后主力登陆，强攻北京；陆路则按照传统线路，进兵江淮，从江淮北上攻取山东。同时还能牵制江淮、山东清军，让他们无法增援北京，如果他们增援，则江淮、山东必失，周琅大军还是可以汇集北京。
两路大军，互相牵扯敌军兵力，如同拉锯，让其首尾不得兼顾，未必比朱元璋的北伐策略差。至于其他方向的清军，主要是湖广、川陕的清军，湖广方面，只要赵文能挡住，不让他们顺江而下侵袭江南即可，川陕清军路途遥远，等他们到了北京，正好以逸待劳在北京周边平原上将他们野战歼灭。
所有的计划统一，筹备工作完成。
大周二年三月（嘉庆六年三月，西元1801年5月），周琅焚表祭天，传檄天下，檄文曰，王师北伐中原，拯亿兆黎民于水火。值此北定中原之日，匡扶中华之时，凡天下汉家英雄当举义旗，诛暴虐……
大军即刻开拔，尽起水路大军四十万，北伐满清！