北京城气氛压抑，江南的失陷对这座城市的士气打击是巨大的，读过书的人都想到了朱元璋灭元的往事，现如今周琅取得的，何尝不是当年朱元璋取得威势。而满清跟当年的蒙元相比，军事实力上已经完全腐朽，至少当年的元军始终没有失去战斗力。
当然最大的压抑来自于上层政治斗争，乾隆死了，和珅倒了，这两个已经让北京人习惯了的权力人物突然消失，留在人心里的空白比权力机构的空白更大。
嘉庆对和珅党羽的打击，是有节制的，但果断和迅速的。诸如九城兵马司之类的官员，统统被撤换了一遍，其实也不一定人人都是和珅的党羽，可嘉庆顾不上了，他亲政，就要亲掌大权，军事力量必须掌握在他的手里。
朱珪是这些行动的总导演，可他本人并不想这么做，因为天下大势在这里，以社稷为重的朱珪，并不想在这个时候清洗和珅党羽。但嘉庆忍不了了，他忍了几十年，不想再忍下去了。
朱珪毕竟是臣子，皇帝要动手，他也只能选择支持。然后在他的操作下，要么不动，要动就要雷厉风行。所以在要害部门，重要部门，雷厉风行迅速抓在手里。但是杀人却很少，因为他们的目的不是杀人，让来百姓看热闹，而是为了权力。
地方督抚上，也大胆利用调用亲信，和珅倒了，和珅的党羽自然不敢放在地方上掌权。不怕他们投降周琅，因为大多数地方督抚还是满人。怕的是这些党羽勾结和珅，兴风作浪。
所以在抓了和珅之后，第一时间，朱珪就是主使那些非和珅党羽的督抚表态，率先弹劾和珅的就是书麟，准确的说是书麟的弟弟广兴，广兴揭发和珅的许多罪状，被提拔去四川掌管军需。而书麟此前先后做过巡抚，最高做到了两江总督，而且难得的清廉，结果反而被和珅猜忌，江南盐商案发，和珅硬是给书麟安了一个包庇罪名，调到新疆去了。和珅跌倒，书麟立刻被调回来做湖广总督。
此人其实也是一个十分合适的人选，因为既不是和珅党羽，又有相当的军事经验，乾隆三十八年征讨大小金川的时候，他就是领队大臣，而且用勇力，被评为“力战辄先登，克坚碉数十，功最。”
这是一个可以带头冲锋陷阵的武将出身的督抚，显然十分适合去镇压白莲教。
有书麟兄弟带头之后，各地督抚不管是不是和珅党羽，为了撇清关系，都纷纷上书弹劾和珅，毕竟打倒和珅（大老虎），地方表示拥护朝廷（中央），这只是最基本的政治操作。
地方督抚纷纷表态，立马就营造出了一种大势，和珅是翻不了身了。
营造这种紧张大势的同时，还开始缓和地方督抚的心理压力。把所有的责任都推到了和珅头上，一切都是何人一人所为。嘉庆向各方表示“白莲教的起因，乃在于官吏多方搜刮，竭尽民脂民膏，因而激变如此。然而州县官员削剥小民，不尽是为了自肥，大半也是为了趋奉上司。而督抚大吏勒索属员，也不尽为私贪，无非结交和砷。是以层层剥削，皆为和砷一人。而无穷之苦累，则我百姓当之。”
这种快速打击，然后马上安抚，连苏凌阿都赦免了，很快就让各地督抚心安，能做到督抚一级，也都是有脑子的，知道朝廷现在不敢过分打压他们，因此高层政局渐渐稳定下来。
打倒和珅只是朱珪导演的第一步棋，原本的历史上，他的功绩主要是在文治方面，而且极为出众。因为正是在他的推动下，嘉庆废除了康乾期间长期贯彻执行的文字狱政策，并且给一些乾隆年间的罪犯平反。
朱珪的另一大建树，依然体现在文治方面，他带起了经世致用的新思想，后来的名臣，曾国藩、胡林翼等等都是这种实用思想的践行者，可以说如果不是朱珪掀起的这种思想，很难讲晚清时期李鸿章等人敢于提出师夷长技，因为老思想中学习夷人简直就是不可理喻的。
可惜的是，朱珪的思想依然停留在宋明理学的框架内，没有像王阳明那样，彻底跳出理学的约束，否则他应该能让满清也拥有一个圣人。
如今的形势，不容许朱珪把精力放在文治上，他必须防备逆贼周琅从江南发起的北伐，周琅会北伐，这是毫无疑问的，满清上下都清楚，只要周琅站稳了脚跟，马上就会北伐。可要趁周琅立足未稳去收复江南，一群文臣口号喊得震天响，实际上却做不到。
朱珪是跟周琅交过手的，周琅手下火枪兵有多厉害他很清楚。但不谙军事学的朱珪，还看不明白周琅的軍队是以火器时代的军事理念组建起来的，强是强在理念，朱珪只能看到较为表面的东西，主要是武器和军纪方面。
于是他立刻重建北京的火器部队，新建了神机营，这样在北京有有了健锐营、火器营和神机营三大火器营。
淘换那些几十年的陈旧武器，让北京的作坊用好料打造新火器。朱珪虽然尝试联络广东的洋人没有成功，但周琅上次进攻北京，还是遗落了一些武器的。尤其是几百门步兵炮，都送给了和珅当礼物。北京有中国最强的手工业制造能力，技术水平足以仿造这些武器。无非是火绳枪跟燧发枪的区别而已，在威力上都是黑火药发射，谈不上有质的飞跃。所以不管是枪，还是炮，满清都能打造。
最主要的是人员方面，朱珪认为周琅海寇的部队悍不畏死，纪律严明，他在火器营中重申军纪，裁汰了大量老弱，简拔了一批在剿灭白莲教起义中立下功劳的军官，但根本问题他革新不来，那就是三大火器营依然是八旗兵，主要是汉八旗。即使是嘉庆，也做不到压制旗人，招募汉人，至少在北京做不到。
朱珪亲自负责督造武器，训练士卒，他以为只要给他时间，他就能打造出一只跟周琅海寇决战的强力部队。
但在战略上，朱珪决定采守势，争取先让周琅海寇集团无法扩张。他在江淮地区驻扎重兵，认为只要他的大军压在长江边上，周琅就不敢肆无忌惮的攻击其他地方，比如湖广，或者取海路再次来打北京。
朱珪需要时间，无论是整肃吏治，还是重建军事，都需要时间。
失去了两江，断绝了漕运，压力自然有，但目前还支撑下去。乾隆年间，基本上没有遇到过大的灾害，乾隆年间人均粮食产量高达一千斤，几乎相当于新中国时期的产量。官府又控制了铸钱的铜原料，财政相对充足，每年大量采购米粮，采购数量之大，一度让朝臣将持续不断的米价攀升跟官府买粮挂钩，让乾隆决定停止了一年购粮。虽然各地府库多数亏空，但依然有不少积存，加上地主家和粮商们掌握的存粮，是一笔巨大的储备。
朱珪采取的方法是平抑粮价，严打囤积居奇，在各地大肆购粮，用官府储粮转过来继续平衡粮价，宁可官府亏损，也不要因为粮价而产生恐慌。这一套组合拳打下来，还是起到了作用的，各地粮价涨幅普遍不超过两成。
官府亏损的钱财，由查抄和珅家产得到了弥补。但相对于满清这么大个国家来说，如今又是勇兵和革除弊政时期，这些钱也不够花，朱珪的应对措施是铸钱，各地官府库房里积存了大量的铜料，连宋朝时候缺铜到只能用铁钱的四川，都有大量的铜料储备，当地督抚不止一次的要求铸钱来弥补军费。
至于大肆开铸铜钱，会不会引起银钱比例失衡，此时管不到那么多了，争取时间才是最重要的。
争取时间，守住两淮、江汉，等稳定了局势，朱珪认为还是有机会平定周琅匪患。
稳定局势的另一大方阵，就是继续镇压白莲教，由于周琅的存在，满清重兵集团不得不派驻在江汉和江淮地区，可以给川楚两地机动调用的兵力只有十万人。十万人面对动辄流传数百里，横跨几省的白莲教来说，完全不够。朱珪则命令各地勤办团练，结寨自守。整个满清的地主开始团练化了。
可这时候，明明已经结束了军事行动的周琅海寇，却突然又挑起事端，十余艘兵舰直扑武昌，炮击武昌城，马步兵四五万人登陆，竟然攻克了武昌城（武昌县城，后世的鄂州，武汉武昌此时叫江夏）。接着长江以南的湖北各地，也就是武昌府，几乎闻风而降。
短短一个月时间，坏消息不断传来，不但长江以南失陷，长江以北的汉阳府、黄州府、安陆府、德安府相继失陷，整个汉水以东丢失。湖广总督书麟因为在襄阳一带追剿白莲教，幸而未战死武汉。
之后书麟率军与贼多次野战失利，退守汉水以西，此时除了荆州、荆门州和襄阳府三地外，几乎整个湖北都沦陷了。朱珪并没有问罪书麟，而是让他戴罪立功，下了死命令，死守荆襄！