bc1653年，即太甲七年，其已经在桐宫呆了满两年。伊尹时刻关注着太甲在桐宫的所作所为，他的行动早己有人报告给伊尹了。太甲的悔过自新，让伊尹十分高兴，于是在这年的农历十二月初一，亲自带着文武大臣把太甲接回首都西亳城，严肃而郑重地把政权交还给他。
伊尹戴着礼帽穿着礼服迎接嗣王太甲回到都城西亳（河南洛阳偃师市），作书告王说：“人民没有君主，不能互相匡正而生活；君主没有人民，无法治理四方。上天顾念帮助商家，使嗣王能成就君德，实在是商家万代无疆之美啊！”
嗣王拜跪叩头说：“我小子不明于德行，自己招致不善。多欲就败坏法度，放纵就败坏礼制，因此给自身召来了罪过。上天造成的灾祸，还可回避；自己造成的灾祸，不可逃脱。以前我违背师保的教训，当初不会对自己严格要求；还是依靠您的匡扶和挽救，才成就了现在的我。”注意：此处为王向臣叩头，说明君弱臣强的事实。
伊尹连忙跪拜叩头，说：“讲究自身的修养，又用诚信的美德教导臣下，就是明君。先王成汤怜悯穷困的人民，所以人民服从他的教导，没有不喜爱他的。连友邦和邻国的民众，也说：等待我们的君主吧，我们的君主来了，就没有祸患了。大王要增进你的德行，效法你的列位祖先，不可有顷刻的安乐懈怠。事奉先人，当思孝顺；接待臣下，当思恭敬。观察远方要眼明，顺从有德要耳聪。能够这样，我等臣民就能够永远幸福地生活在大王的统治之下。”
伊尹向王反复告戒：“呀！上天没有经常的亲人，能敬天，天才能亲近你；人民没有经常归附的君主，他们归附仁爱的君主；鬼神没有经常的享食，享食于能诚信的人。处在天子的位置很不容易呀！”
“用有德的人就治，不用有德的人就乱。与治者办法相同，没有不兴盛的；与乱者办法相同，没有不灭亡的。自始至终，慎重选择自己的臣下，就是英明的君主。”
“先王因此勉力敬修自己的德行，所以能够匹配上帝。我王继续享有好的基业，希望看到这一点呀！
如果升高，一定要从下面开始；如果行远，一定要从近处开始。不要轻视百姓的事务，要想到它的难处；不要苟安君位，要想到它的危险。慎终要从开头做起啊！”
“有些话不顺你的心意，一定要从道义来考求；有些话顺从你的心意，一定要从不道义来考求。”
“啊呀！不思考，怎么收获？不做事，怎么成功？天子大善，天下因此清正。君主不要使用巧辩扰乱旧政，臣下不要凭仗骄宠和利禄而安居成功。这样，国家将永久保持在美好之中。”
西晋时期出土的《竹书纪年》（战国时魏国史官记载）对于伊尹和太甲有另一番论断。由于古本《竹书纪年》在宋朝就已经散佚，现代能看到的都是清人和今人的辑本。方诗铭、王修龄的《古本竹书纪年辑证》，从《太平御览》《晋书》《史通》《文选》《通鉴外纪》等等书目中载《竹书纪年》文：
伊尹放太甲于桐乃自立。约按：伊尹自立，盖误以摄政为真尔。
七年，王潜出自桐，杀伊尹，天大雾三日，乃立其子伊陟、伊奋，命复其父之田宅而中分之。
十年，大飨于太庙。
初祀方明。
就是说，前期基本与前面的儒家《尚书》的记载相符，但是后面《竹书纪年》与《尚书》不同，按照《竹书纪年》的说法：太甲偷偷跑出了流放地桐宫（可能被软禁），得到朝中大臣的支持，攻杀了伊尹，但因为伊尹的贤名，又立了他的儿子继承他的爵位和财产。
若说不可信，为何如此多人都载有《竹书纪年》的记事，且《竹书纪年》是第一手文字资料，并无捏造的动机。另，古本《竹书纪年》因为不符合儒家经义，所以在宋朝的时候散佚了，恰恰在宋朝又是相当提倡儒家理学的时期，让人心存怀疑。真假难辨，望后世学子鉴验。
这两种说法，前者的逻辑符合儒家，后者的逻辑符合法家，而当时魏国为法家当权。当时诸子百家纷纷用上古的故事来佐证自己的学说是正确的，所以大量编造上古历史。所以当时的资料真假掺半。
笔者由这两种说法得出几个结论：
第一，伊尹没有杀死太甲，而放之于汤的墓地，不像是意图篡位，而摄政是真实的，但是其的权利欲望也一定很大，只是没有篡位的野心；
第二，伊尹大权在握、且治国井井有条的情况下，即使太甲离开流放地，也不大可能得到臣民的支持，因为没有足够的威望抗衡治国三十年的宰相伊尹，所以说他攻杀伊尹似乎实力不够，贸然出击，并不是明智的选择；
第三，《尚书》中明确提到了其复位的时间太甲三年(bc1657)十二月朔（初一），提到了明确的日期，比《竹书纪年》清楚，所以其也有一定的根据。而《竹书纪年》中记载的时间为太甲七年(bc1653)，没有说明具体的日期，或许是亡秩了。复位的时间，笔者将两者结合得出太甲七年十二月朔。
由第三点再结合《竹书纪年》，则可以推断：
太甲杀死伊尹的时间应为复位之后，其表面上感激伊尹的匡扶之功，其实早已怀恨在心，且君弱臣强的局面是不可能持续太久的。其只是在等待时机，直到复位成功一段时间之后，其处死了伊尹，收回了大权。但是由于伊尹的功劳太大了，无过被诛，出现天象大雾三日，说明百姓和臣民对其的缅怀，所以太甲不得不将伊尹的田地分封给他的两个儿子，以安抚朝臣和百姓。
伊尹死后葬于虞（河南商丘虞城县）。
伊尹生前写过许多文章，《汉书》录有《伊尹》五十一篇，《伊尹说》二十七篇，早佚。《玉函山房辑佚》有《伊尹》一卷。1973年，长沙马王堆三号汉墓出土帛书有《伊尹》零篇六十四行。