bc16000年前，华北地区温度进一步下降，在冰期中的气候变冷是比较频繁的。而这是第四纪冰期最后的寒冷时期，黄河流域的各部落处于收缩时期。温暖的长江流域范围内的巢湖流域的有巢氏部落兴盛起来。
有巢氏的首领（姑且命名为有巢）出生在湖南九嶷山以南的苍梧，成年之前一直是在各地流浪的孤儿，由于从小颠沛流离，所以体格非常壮硕。在流浪到巢湖流域的凌家滩时，被招赘入当地部落（当时由于盘古的要求，当时婚姻已经实行母系氏族的外婚制，而不再是原始人群的内婚制）。
之前说过长江流域很难挖洞，所以人口发展缓慢。只能呆在少数的山洞中生活。有巢因为部落中的人们经常受到蛇虫鼠蚁的滋扰，开始想方设法解决这些困扰人类的问题。因为在流浪的过程中，受鸟类在树上筑巢的启发，研究出了鸟类筑巢的枝条编织方法以及稀泥弥缝的方法，算是中国最早的木匠，今天所有的木匠技术都来自于这种枝条编织的方法。
有巢想能不能利用这种方法在树上搭建类似鸟巢的“人巢”呢？有巢开始试验，并且经过长年的努力终于成功了。有巢指导族人用树枝和藤条在高大的树干上建造房屋，房屋的四壁和屋顶都用树枝遮挡得严严实实，并且用泥弥缝。既挡风避雨，又可防禽兽的攻击，人们从此不再过那种担惊受怕的日子。
后来人们将其发扬光大，以木桩做基础，上架板台，板台架空于地面。板台上立柱、作墙、盖顶，成为茅屋。栖息在木桩上的茅屋，也就是“构木为巢”了。在上面可以躲避禽兽。不要小看这个巢，它最令人惊叹之处在于，木桩之间是通过榫卯结构连接（就像现在的椅子那样，以方孔和方栓把两根木杠咬合一起）。在金属工具出现以前的石器时代，作出这种榫卯结构的巢无疑是空前奇迹。
巢上面住人，下面堆放杂物，养猪养狗，通风好，防潮，蚊虫飞上去的也少，是南方先民的理想居址。这也是“吊脚楼”的祖先。
今天之所以找不到有巢氏的遗迹，是因为木制房屋很难保存。但是其后人留下了凌家滩遗址（bc3500～3300年）。
族人们非常感激这位发明巢居的人，便推选他为族长（二元制的ceo），尊称他为有巢氏，当时的人是没有名字的，只有有重大贡献的人才会有公认的号，而这个号往往也与其贡献的内容有关，而有巢氏也成为其它部落识别该部落的名字。有巢氏被推选为部落酋长后，为大家办了许多好事，名声很快传遍中华大地。
在北方由于南方的种种不便，不得不迁徙到黄河流域的人类各氏族，听说了有巢氏解决了南方的定居难题，纷纷从寒冷的北方迁居到有巢氏居住的巢湖流域。希望学到有巢氏的技术。有巢氏也不辞辛劳地指导各氏族建造树上巢屋。
各部落的人们都认为他德高望重，有圣王的才能，一致推选他为总首领，尊称他为“巢皇”，也就是部落联盟的大酋长。立都石楼山。汉代纬书《遁甲开山图》说：“石楼山在琅，昔有巢氏治此山南”，即安徽滁州琅琊山（琅耶山）。
bc16164年，华夏大地的人们抛弃了黄河流域的统治，改为遵奉长江流域（巢湖流域）有巢氏的指导。政治中心首次转移到了长江流域。
有巢氏“王天下”时期，关注民生，胸怀民众，为民造福，功高德隆。
原始人群时期人们必须在河流旁边定居，因为取水方便。有巢氏发明了凿井饮水的方法，大大拓展了华夏人类的生存空间。
有巢氏发明了编织技术，进而发明了木匠技术，以及建筑技术，用来造屋（编织加泥弥缝）技术。用编织技术将干草编织成被褥。古人得以安居一处，家园的梦想终成现实。最早的巢居又称为“树上居”，顾名思义，是建在树上的，后来才延伸到了平地上。巢字本身为木上架格子上有三个人，形象地说明了树上巢居的生活。
有巢氏时期继续推行盘古氏的族外婚，实行族外群婚及走婚制。排除了兄弟姐妹间的通婚关系，同一氏族内部的同辈男女也禁止通婚了。男子只能选择其它氏族的女子为“妻”，女子只能选择其它氏族的男子为“夫”。就是说甲氏族的一群男子（或女子）可以和乙氏族的一群女子（或男子）互为夫妻，这便是母系氏族社会的族外群婚。族外群婚只准许甲（乙）氏族的一群男子夜里到乙（甲）氏族和那里的一群女子过性生活，第二天早晨这些男子就得回到本氏族去，不准许留在女子所在的氏族。而女人一生都不准许离开本氏族。这种族外群婚相对于血缘群婚，显然已经有了很大的进步。有巢氏的功德，反映了中国原始时代由穴居进入巢居的文明进程。
有巢氏实际上代表着当时人类发展的一个阶段，从原始的山洞居住发展到建造房屋的阶段，是进步的一个标志。巢湖流域被公认为是古人类最早的发源地之一。有巢氏开拓原始时代由穴居进入巢居的文明时代。
《木处巅，风生燥，颠伤、燥夭。于是有圣人焉，教之编槿，而卢缉，而扉涂翳，以违其高卑之患；而违风雨以其革有巢之化。故，亦号有巢氏。驾六龙，从日月，是曰古皇。龟龙效，图书畀，于是文成而天下治。
其为政也，授而弗恶，予而弗取，故天下之民皈仁焉。其及末也，有礼臣而贵，仕之专而不享。欲削之权，惧而生变，有巢氏遂亡。居于及盘领。》
《逸周书史记解》：“昔者有巢氏，有乱臣而贵任之，以国假之，以权擅国而主断，君已而夺之。臣怒而生变，有巢以亡。”
最后一位联盟首领时期，这时族长特别信任一位大臣，当时是没有名字的，所以也没有留下名字。这位大臣被授予了处理国政的权力（即总理大臣），于是这位大臣广竖党羽，不禀报族长就自己决定部落联盟的大政方针，擅自向各部落发布命令。
族长察觉到了这位大臣的不妥之处，于是公开宣布废除他的权力。这引起了这位大臣的强烈不满。这位大臣带领自己的亲信部下和亲属发动了兵变，将族长杀死。
这位大臣认为自己也是族长的亲属，所以也有权力继承族长乃至部落联盟的首领地位。但是由于他的兵变行为很仓促，没有得到各部落的支持。所以各部落都拒绝承认他的地位，进而拒绝承认有巢氏部落的联盟中心地位。于是有巢氏部落虽存，但是不能再“王天下”了。