却说刘秀即位以后，邓禹由东北往长安去，赤眉军则由东南往长安去。邓禹打到河东的时候，赤眉军早已进了城关。河东离长安还远，可是赤眉军早晚就可以打进长安。长安这时已经是“火烧眉毛”十分危急了。
公元25年（更始三年），赤眉军一路由樊崇、逄安带领，一路由徐宣、谢禄、杨音带领，两路人马在弘农会师。更始派军队抵抗，接连打了几个败仗，急得他不知道怎么办才好。张卬和王匡被邓禹打败，刚从河东逃回来。张卬就跟申屠建、廖湛、隗嚣等人商议说：“赤眉说到就到，咱们没法在这儿待下去。我说不如把长安城收拾收拾，有了财物回到南阳去再找路子。要是南阳也不能待的话，咱们就回大湖里去做大王！”他们都同意了。大伙儿就去见更始，向他献了这个计策。
御史大夫隗嚣是成纪人，很早就跟着伯父一同起兵响应南阳起义军。因为隗嚣名望大，手段高，大伙儿推他为上将军。他招募了十多万兵马，杀了当地新朝的长官，很快地就把陇西、武都、金城、武威、张掖、酒泉、敦煌这些地方都收下来。更始皇帝刘玄打发使者去联络隗嚣，还请他到长安帮他管理朝政。隗嚣到了长安，更始拜他为右将军，后来又把他升为御史大夫。他听说刘秀在鄗南即位，就劝更始把政权让给刘秀的叔父“国三老”刘良，说这是最合算的脱身之计。更始不听他的话，还把申屠建杀了，又发兵围住隗嚣和张卬的房子。
隗嚣跟他的门客们冲出包围，逃到天水老家去了。张卬的兵马多，他打败了更始占领长安。更始带着家小和随从一百多人逃到新丰，躲在他丈人赵萌那儿。丈人、女婿一合计，怀疑是王匡捣的鬼。张卬要是不跟王匡联络，他怎么敢叛变呢？赵萌替更始出了个主意，传令召王匡、陈牧、成丹进去商议大事。陈牧和成丹一进去，就给赵萌的武士们杀了。王匡听到陈牧和成丹被杀的消息，就真的跑到长安跟张卬联合。赵萌接收了陈牧和成丹的军队，又从掫城召回了李松。费了一个月工夫才打败张卬和王匡，再把更始帝接回长安。张卬和王匡逃了，绿林起义军完全分裂，力量大大削弱。
樊崇眼看更始快完了，可是他不能驳斥贵族地主提出的“人心思汉”的说法，方望的兄弟方阳怨恨更始帝杀了他的哥哥，所以特意跑到赤眉营里去见樊崇，劝他立个姓刘的人为皇帝。樊崇同意了。可是军队里姓刘的人还真不少，有远房的、有近房的，一下子找出七十多个，其中有个刘盆子据说血统最近。他才十五岁，樊崇就决定立他为天子。
刘盆子的祖上是刘肥的儿子刘章，那可是响当当的英雄！不过到了刘盆子这一代，他们的家族早就没有什么权势。王莽篡汉之际，刘盆子的父亲也被杀掉，他与兄长等人又不幸卷入兵乱中，被赤眉军抓住，不得不在赤眉军中安身。刘盆子在军中也没什么地位，能保命就很幸运，在被选中成皇帝前，他在军中只是负责给樊崇的部下刘侠卿看牛，大伙儿都叫他牛倌儿。
即位前，刘侠卿叫刘盆子去换身衣服，他不依，还哭着不走。刘侠卿只好让他披着头发光着脚去见樊崇。刘盆子见了樊崇不敢再使性，就穿上皇帝的衣服，戴上皇帝的冠冕。樊崇领着文武百官向他朝见，刘盆子不知道该怎么应付。一退朝他就赶紧换上原来的衣服，溜到外面跟别的牛倌儿一块玩去了。
樊崇立了刘盆子，自己该做丞相了吧。可他从小没念过书，不认识字，又不能计算，他就让那个能写会算的徐宣做了丞相，自己做了御史大夫，另外还拜逄安为左大司马，谢禄为右大司马，杨音以下几个首领都做了大官。
赤眉军奉了汉天子刘盆子的名义来征伐更始。刚巧更始帝的大将军张卬和上公王匡被赵萌打败，从长安逃出来。他们就投降了赤眉军，打头道把赤眉军领进东都门。更始慌忙派李松、赵萌他们去抵抗。李松被赤眉军逮了去；赵萌也投降了。更始帝急得没有别的办法，只好带着妻子和宫女从北门逃出去，他自己骑着马跑得快，妇女们落在后面大哭大喊地说：“皇上，皇上！您怎么不下来拜别京城呢？”更始连忙下马向长安城拜了几拜，摸了摸身边带着的玉玺，爬起来跳上马又跑了。
好容易逃到高陵，在驿舍里休息了一下。这时候又来了几个臣下和士兵，更始才透了一口气。他正在没有主意的时候，赤眉军派使者送信来了。使者传达命令叫更始投降，还可以封他为长沙王；过了二十天投降也不允许。更始帝只好跟着使者回到长安。他光着上身向刘盆子奉上玉玺。刘盆子听了樊崇的话，果然封他为长沙王，还让他住在长安。
赤眉军打进长安的消息传到鄗南。汉光武想起更始帝原来是自己的主人，现在落到这步田地也很可怜，就下了一道诏书封更始帝为淮阳王；如果有人敢谋害淮阳王，一概处死。
却说朱鲔被围在洛阳好几个月了，汉光武因为岑彭跟朱鲔同过事，就派他去劝降。朱鲔在城上，岑彭在城下。岑彭的话说完了。朱鲔说：“大司徒（指刘演）被害的时候，我还帮着李轶；更始派萧王北伐，我又拦阻过他。我自己知道罪大恶极，不敢再见萧王。”
岑彭回去向汉光武报告，汉光武说：“做大事的不记小过。朱鲔肯来，官爵可以保住，别说性命了。我指着河水起誓，决不失信。”岑彭又把这些话告诉朱鲔。朱鲔从城头上放下一根绳子对岑彭说：“真不失信的话，你上来。”岑彭就拉住绳子上去了。朱鲔见他这么实心实意的，就答应投降。
朱鲔叫岑彭绑着他去见汉光武。汉光武亲自给他松了绑，还安慰他一番。当夜就叫岑彭送他回到洛阳去。第二天朱鲔带领洛阳的军队出来投降。汉光武拜他为平狄将军，封为扶沟侯。接着汉光武进了洛阳，就把洛阳作为京都。
汉光武住在洛阳很不安心。各地方自立为王、自立为帝的人还真不少，占据一块小地方做土皇帝的那就更多了。隗嚣已经到了天水，自称西州上将军，邻近的豪强都归附于他，长安的士大夫也一个接着一个去投奔他。公孙述在蜀地做了皇帝，赤眉军占领长安，更是个大威胁，现在要把长安打下来才行，不知道邓禹为什么还没有进去。
原来邓禹从河东往西进军，军队的纪律比较好。他不准将士们抢劫财物侮辱妇女，沿路的老百姓十分满意。长安的大户人家原来把粮食和财物都隐藏起来，可是被更始的将士们抢去不少。他们对更始政权很不满意；后来赤眉进了长安，又不抢劫，就认为赤眉军比绿林军好；可是没过多久，赤眉军也跟绿林军一样出来抢粮。因此他们把希望寄托在邓禹这一支军队上。邓禹的将士们请他快去进攻长安，他反而带着军队越走越远了。将士们问他为什么，邓禹说：“我们的人马不少，可是没有给养，后面运粮困难。赤眉军声势浩大。如果我们马上去跟他们交战，准得吃亏。其实他们也人多粮少，迟早会发生变乱，等那边维持不下去，咱们再发动进攻。”大家都认为不错。
邓禹绕着大弯儿由东往北，转西向南，到了栒邑。这时候长安的老百姓果然对赤眉军很不满意了。他们认为新莽、更始、赤眉一个不如一个！这时就有人同情刘玄，想把他救出来。张卬担心刘玄出来后跟他算账，索性叫谢禄把他骗到城外勒死了。
刘盆子听说刘玄死了，一天从脖子上摘下玉玺，向大臣们磕着头说：“你们立我做县官（指皇帝），可是我又不能够禁止抢劫，四方百姓都怨恨我，而且我一点本领都没有。你们饶了我吧！”说着抽抽噎噎地哭起来了。这时樊崇带头趴在地下磕头说：“这都是我们做臣下的不是，辜负了皇上。以后我们一定改过，不敢再放肆了。”
他们把刘盆子扶到原位上，把玉玺照旧给他挂上。想当初他的老祖宗刘章想当皇帝当不成，刘盆子不想当偏要他当！
接着将军们回到各营下了命令，不准士兵们再出去扰乱百姓。长安一带突然安定下来了。
可是没有粮食，赤眉军怎么待下去呢，他们又能到哪儿去呢？邓禹的军队驻扎在栒邑，扼住赤眉军北上的道儿。洛阳已经建都，做了汉光武的大本营，扼住赤眉军东归的道儿。汉中王刘嘉仗着自己雄厚的兵力割据汉中，阻止赤眉军向南发展。东、南、北全是敌人，赤眉军要求生存只有往西一条路了。就在那年正月，樊崇带着几十万大军向西流亡，他们并不打算夺取城邑，最紧要的是要多得粮食。等他们进了安定、北地，才知道这两个地方的粮食和牲口早给邓禹的军队搜刮去了。
安定和北地的没有粮食，赤眉军只好再往西过去。没想到碰上了隗嚣的军队。赤眉军打了败仗，死伤了不少人马。樊崇只好避开天水往西北逃去。谁知道祸不单行，他们在番须谷中正赶上暴风雪，冻死了不少人。他们还能流亡到哪儿去呢？万不得已中，他们只好又回到东边来。
谁知道就在那年九月，长安城已经被邓禹占了。赤眉军无法可想，他们一哄而往闯入园陵，守陵吏民逃得精光。汉朝历代帝王和后、妃都葬在那里，坟里埋着不少的金银、珠宝、玉器。赤眉军于是刨起坟来，后妃的棺椁尽被劈开，因为后妃以玉匣为殓，尸骸借宝玉精华历久不朽；吕后的尸骸也被拉出棺外。赤眉军竟把她剥去衣服，让她赤条条地卧在地上，侮辱一番后才离去。这也是生前狠毒乃遭此报。文帝素尚俭德，慎夫人衣不曳地，故赤眉不去发掘。其实坏人也痛恨坏人！
邓禹听说赤眉军刨坟后立刻发兵攻打。想不到打了个败仗，还败得挺惨，连长安城也给赤眉军夺去了。他们到了云阳，赤眉军接着又追了上来。邓禹又打了败仗，慌忙退到高陵。他怕军中粮草不够，只好向汉光武请求救兵。
汉光武知道邓禹不是打仗的行家，就派冯异带着一队兵马去代替他。汉光武亲自送冯异到河南，送给他一辆马车一口宝剑，并且嘱咐他说：“长安一带遭受王莽、更始、赤眉的兵灾，老百姓穷困到了极点。将军这次出去征伐，要是敌人肯投降的话，只要把他们的头子送到京都来，其余的士兵都可以让他们回家。征伐不一定要杀害士兵，最要紧的是除暴安良安定人心。”冯异听了汉光武的嘱咐，带着军队和粮食往西去了。
汉光武回到洛阳，这时接到邓禹的奏章。他说汉中王刘嘉打败了赤眉逄安的军队，消灭了十多万人；延岑现在也归顺了朝廷；如果他和刘嘉联合起来，准能把赤眉消灭干净。汉光武已经派冯异去代替邓禹，就下诏叫他马上回去。那诏书上还说：“千万别跟打败了的敌人死拼。赤眉没有粮食，一定会到东边来的。我这儿已经准备好了。你赶快回来，不要再冒险进军。”
果然不出汉光武所料，赤眉军粮食不够，不愿意留在长安。长安已经到了饿死人的地步。一斤黄金只能换五升豆子。樊崇只好带着大军往东来了。
冯异把赤眉军拖在华阴。他的方法就是让赤眉军消耗粮食，同时劝告他们投降。邓禹因为打了几个败仗，还想立个功劳后再回洛阳。这位大司徒真是“聪明一世，懵懂一时”，他不听冯异的劝告，单独向赤眉进攻，结果给樊崇打得落花流水，一败再败，最后只剩下二十四个骑兵。他就带着这些人向宜阳方面逃去。
冯异把赤眉兵包围在崤山底下。冯异跟赤眉军约定会战的日子和地点，一定要比个上下高低。赤眉见冯异军人数不多，悉众来攻。冯异也纵兵大出，与赤眉鏖战一场，两下里旗鼓相当，兵刃交接，喊声震天。好容易杀到日昃，还是不分胜败相持不舍。这时冯异把红旗一招，突有一支人马向赤眉军阵中搅入，衣服与赤眉相同。赤眉军错认为是自己党羽，慌忙招呼，谁知道劈头一撞，害得颈血模糊十死五六。赤眉军顿时大乱。原来冯异看赤眉势盛，所以令自己军士改服赤眉衣饰，夜伏道旁以红旗为号，叫他捣乱贼军。赤眉军分不出谁是敌军谁是自己人。既怕打伤自己人又不能不招架。正在为难的时候，假装赤眉军的士兵就叫嚷道：“投降！投降！我们投降！”真赤眉军见有人投降，也一体匍伏全部归诚。
公元27年一月，光武帝亲率六军截住赤眉。赤眉军见前面戈铤耀日旌旗蔽天，当中拥着汉天子御驾，黄屋大纛八面威风。樊崇、逄安等人杀人不眨眼，现在却仓皇失措不知所为。当下经众会议，只有乞降一法，乃遣刘恭持书请降。
刘恭见了汉光武说：“盆子率万众投降陛下，敢问陛下如何对待？”汉光武说：“待他不死便罢。”刘恭回去一说，刘盆子带着丞相徐宣、御史大夫樊崇、大司农杨音等三十多个首领光着脊梁来见汉光武。刘盆子奉上玉玺。赤眉将士们都把铠甲和兵器堆在宜阳西门外。十多万将士的铠甲和兵器堆得有附近的熊耳山高。
汉光武吩咐县里的厨师赶紧做菜、做饭，给十多万的赤眉兵大吃一顿。第二天汉光武对樊崇说：“你们投降了后悔不后悔？要是后悔我跟你们再来决个胜败，我不勉强你们投降。”樊崇磕着头说：“我们今天能够归顺皇上，正像婴儿见到慈母一样，只有欢喜没有后悔。”
汉光武带着樊崇他们到了洛阳，分给他们田地房屋，让他们和妻子住在一起。那时候汉光武的叔父刘良已经封为赵王，就让刘盆子做了赵王的郎中，杨音封为关内侯，徐宣、谢禄和刘恭也各有官职。刘恭替更始报仇把谢禄杀了，自己叫人绑着进了监狱。汉光武因为以前下过命令，“官吏、百姓有谋害淮阳王的，一概处死”，也就把刘恭放了。
樊崇和逄安是赤眉军的主要首领，汉光武虽然没说话，大臣们觉得留着他们不太妥当。不久还是以谋反的罪名把他们杀了。
赤眉军被扑灭后，关中没有统一的领导。不少豪强各自占据地盘，自称将军互相攻打。光是关中这一地区就有十来个头儿。其中势力最大的要数延岑。他在关中发号施令委任官吏，好像已经做了关中的霸主似的。
大树将军冯异这时做了征西大将军。他的征西计策是安抚和围剿并用，有时候多安抚少围剿。这种办法很顶事，“安抚”下来，居然把延岑的部下收服了不少。然后集中兵力突然袭击延岑。延岑连连打了败仗，只好离开关中逃到蜀地，归附公孙述，公孙述拜他为大司马。冯异依照汉光武的嘱咐，只把关中几个首领送到洛阳去，别的人都遣散回家。关中总算给冯异平下来了。