在混乱之中，第二军各部之间的联络中断，导致有分属于两个旅的三个步兵营和前来接应的一个骑兵团以及被打散的部分炮兵滞留在原地，这一部军队被岳乐拦住，而越过大凌河的阿济格也派兵增援。
幸好，一位副旅长接管了指挥，面对后路被切断，他指挥所有军队向北突围，占领了松岭边缘的大定堡一带，借助山势修筑了防御阵地，布置了火炮，在敌后一直坚持到了主力军团的支援，还吸引了大量的清军围攻。
因为多尔衮不断向女儿河方向增兵，李肇基也不断从前线抽调兵马支援，最终放弃了沿小凌河向东防守的计划，而是直接退过小凌河，以河据守，他集结主力，优先进攻女儿河方向的博洛所部，只用了两天，就将其击退。
博洛部因为穿越山谷而来，麾下没有重炮，骑兵数量也比较少，而李肇基集结了近卫师、陆战师和第三军的淡水旅三支精锐部队，摆出了杀鸡用牛刀的态势，若非博洛跑的快，其所部难摆脱被歼灭的结果。
好在，多铎率领的主力出现，牵制住了骑兵师，李肇基仅仅得到了近卫师的一个骠骑兵团和第三军的两个龙骑兵中队的支持，也就只有九百多骑兵，无法切断博洛所部的退路。
在博洛部撤退之后，李肇基并未派人追击，而是安排刘顺率陆战师主力驻扎于女儿河一带，监视博洛所部，顺便看顾补给线，然后立刻率领其余精锐再次东进，趁着清军离开了山地，过了大凌河，与其在小凌河一带决战。
如果按照博洛和岳乐兄弟二人制定的战略计划，多铎此时应该率领本部后撤进入小凌河谷，阿济格则退过大凌河。但前线指挥的多铎实在是忍受不住歼灭那支东番贼的诱惑，决定与阿济格合军，抵挡东方军团主力，让岳乐带兵歼灭那支军队。
更何况，多铎得到的消息是，博洛牵扯了敌军大量兵力。
于是，多铎立刻派兵渡过小凌河，占据了松山堡，也成功解围锦州要塞。他的计划是，利用要塞和足够大的空间，不断的牵扯，拖延时间，在尽可能不决战的情况下为岳乐歼灭敌军争取时间。
只不过，现实却给了多铎一个逼兜子。
李肇基假意佯攻松山堡，却被赵大河直接渡过小凌河前去解围，多铎在发现之后，迅速后撤兵力，结果李肇基又把前出大凌河的主力抽调出来，一起围向了松山、锦州方向，其快速的行动和骑兵的果决切断了清军在锦州要塞搭设的浮桥，导致多铎一部七千多人滞留在河西岸，其中两千多人被歼灭，其余逃进了锦州要塞。
于是，六月，四日，东方军团二度围困锦州要塞，当天再次完成渡河，将被围攻的那支军队解救了出来。
就此，辽西会战的第一次战役结束，从登陆到两度围困锦州要塞，一共持续了两个多月，东方军团阵亡三千四百多人，重伤一千多，相当于折损了一个步兵旅的军队。
因为第三军的扩建，原本的预备营都充入其中，现在的折损无法有效的补充。
而李肇基研究第一次战役发现，大部分的伤亡都是在运动和牵扯之中被击溃导致的，再有就是对坚固工事和复杂地形进攻导致的。
满清已经没有胆量在平地与东方商社决战，却也有的杀伤的办法。
相对来说清军的损失更大，仅仅阵亡就有六千一百人，七百多失去战斗力的伤员，而被俘、逃亡的人数也有近两千。大规模的伤亡产生于女儿河战场和松山堡战场。
只要平野旷地开打，满清方面就伤亡巨大。
利用复杂的山地河谷地形，满清方面可以减少兵器技术上的劣势，可以保证在不崩溃的情况下，给东方军团造成较大的伤亡。但问题在于，这一战法并未没有下次，河谷山岭限制了东方军团的进攻，同时也切断了清军各部之间的联络，让其相互之间不容易支援。
只不过，清军对东方军团的另外一个判断毫无疑问是准确的，那就是李肇基不想打持久战，会主动发起进攻。
此时清军主力分为四部分，博洛一部三万人在女儿河河谷，威胁东方军团侧翼和补给线，多铎一部四万人在小凌河河谷，距离锦州要塞最近，而阿济格一部四万人在大凌河东岸防御，其余军队则驻屯于朝阳方向。
之所以不全军压上，是因为河谷地带运输困难，难以支持全部主力在前线作战。
六月十日，李肇基主动发起了第二次战役，在小凌河谷和大凌河方向一起发动的进攻，攻势之猛烈，让清军都摸不准哪个方向是东方军团的主攻方向，而多铎和阿济格也按照计划动起来。
所谓计划，就是稳步后撤，进入河谷深处，吸引东方军团进入。
但是李肇基并不中计，他还是寄希望于可以在辽西走廊的平坦地形聚歼清军主力，因此，发起的第二次战役，仍旧是先把清军吸引出松岭的想法。
事实证明，虽然李肇基的统帅部出现在了小凌河谷方向，近卫师也随即出现，但大凌河方向才是主要进攻。
李肇基把给了赵大河整个第三军和第二军的一个旅，外加骑兵师，在渡过大凌河后，快速向前挺近，迫使阿济格向大凌河谷一路彻底，一路丢失义州城和大康堡，最后连九官台都丢失，把阿济格所部封锁在了大凌河谷后，赵大河立刻派遣骑兵师和两个步兵旅继续东进，摆出了要进攻辽东的架势。
起先多尔衮等人并不相信，毕竟东方军团的补给线在己方的威胁之下，而且赵大河所部东进的速度并不快。
但随着一系列的消息传递到了坐镇朝阳的多尔衮手中，多尔衮不得不相信了。
首先清军发现，东方军团在女儿河、小凌河和大凌河的河谷地带修筑炮垒、挖掘壕沟，似乎是长期堵塞清军于河谷地带的意图。
其次，阿巴泰所部发现，海军陆战队再次占领了盖州海口处的连云岛，而且大兴土木。
这让多尔衮不敢怠慢，假如东方军团忽然撤退，从海上转移至盖州登陆，亦或者直接放弃后勤补给，一路从辽西走廊打过去，再以大军镇守辽西走廊东口，岂不是把清军主力堵在了辽西？
于是多尔衮只能命令多铎方面支援阿济格，并且让博洛迅速出击，争取突破女儿河口，再次威胁东方军团后路。
多尔衮的命令得到了很好的执行，多铎派遣一万五千人翻山越岭，支援阿济格，而多尔衮也抽调朝阳一带的后备部队增调给了阿济格，让阿济格麾下的军队超过了六万。
此后，在女儿河谷口和义州方向，发生了大规模的攻防战，形成了清军主动进攻占据地理优势的东方军团的局面，清军的伤亡极为惨重。
但这也迫使了赵大河停下了东进的脚步，在义州方向鏖战二十余日后，赵大河被迫选择撤退，再次退回了大凌河西岸，而阿济格率领主力立刻追击。
赵大河所部边打边退，一路丢弃补给和弹药，让阿济格不断的强突猛进，一度让多尔衮以为此战要取胜了。
但却不知道，他们已经掉进了李肇基的陷阱之中。
处于小凌河谷的李肇基并未率军后撤支援赵大河，甚至抽调自围城部队陈平所部也没有增援。
李肇基集结近卫师，淡水旅一个团和陈平所部，一共一万四千人，发起了对正面多铎部的冲击，李肇基把各部队里的掷弹兵和猎兵这些精锐部队组织起来，不断派遣他们从侧翼绕击清军后侧，迫使多铎所部不断后撤。
多铎部四万人，原本在第一次战役之中伤亡就最大，又抽调了一万五千人支援阿济格，麾下能打的不足万人，面对东方军团的精锐进攻，招架不住，只能从栈道撤往朝阳。
但李肇基并未追击，而是舍弃本部的辎重、重炮，直接沿着多铎部支援阿济格的山路，一路向东，顺利进入了大凌河谷地，沿着这片已经被满清开发的富饶谷地一路向东，直接切断了阿济格指挥的清军主力的退路。
并且于七月二日，与正面的赵大河部形成了夹击的态势。
阿济格左支右绌无法抵达，最终选择向小凌河谷地突围，但为时已晚，只有两万骑兵和四千步兵逃入了小凌河河谷地带，其余主力除了被歼灭击溃，大约有一万七千人退入了锦州要塞之中。
虽然第二次战役没有取得大规模的歼灭战，东方军团在运动之中，产生了大量的溃兵和俘虏，导致东方军团折损七千多人，但清军的损失明显更大，尤其是清军大规模进攻东方军团在河谷一带的坚固工事，导致了大量士兵伤亡。
而对于清军来说，最不利的还是大队清军退入了锦州要塞之中，连续两拨的军队退入，让锦州要塞的守军超过了四万人，这大大超过了锦州要塞的承受能力。
当然，粮草的耗尽暂时不是问题，关键在于，四万人在锦州要塞，成为了不可挪动的死棋。
当初为了把金州要塞打造成不可陷落的要塞，岳乐穷尽心思，精心挑选了地址，让要塞三面环水。岳乐曾经自豪的宣称，锦州要塞可以挡住十万东番贼的围攻，但问题在于，这座要塞也因为选址问题导致少量兵力就可以围困住里面的所有守军。
在前两次战役期间，都是陈平负责围困要塞，其本部三千人外加第二军的一个团，各舰上的陆战队加起来一千多人，以及一些临时武装的水手，另有七百多骑兵，兵力总计七千多人，就困住了两倍的守军。
现如今守军变成了四万人，李肇基只需要稍微调遣一些部队，就可以围住守军。
实际上，在后面的两次战役之中，东方军团都是以一万人就围困住了这四万人，而且，东方军团还得到了援军。
半岛的第三军送来了五个营，组成了一个步兵旅，而海军把从去年编成训练的三个团送来，加上一些武装水手，组成了一个新的师。
这些新到的部队，以新兵为主，李肇基对其进行了分配，将其配属给一些伤亡比较大的步兵旅，负责执行驻守宁远要塞，封堵锦州要塞，封锁女儿河谷口三个任务。